Около полудня в бой пошли ударные машины: 15 «Бленхеймов» и 14 «Веллингтонов» получили строгое указание не пролетать над материковой частью Германии. Это, вкупе с плохой погодой, заставило все пять бомбардировщиков 139-й эскадрильи и одну машину из 107-й вернуться домой с бомбами. Другие показали себя не лучше — все «Веллингтоны» 149-й эскадрильи тоже вернулись ни с чем. Несмотря на запреты бомбить мирных граждан, один из «Веллингтонов», посланных атаковать «Гнейзенау» и «Шарнхорст» в Брунсбюттеле, ухитрился сбросить бомбы на датский Эсбьерг, при этом погибла одна женщина. Еще один бомбил безрезультатно бомбил Куксхафен. Линкоры не пострадали, зато два «Веллингтона» из 9- й эскадрильи были сбиты «Мессершмиттами» из II./JG 77.
Возглавляемые флайт-лейтенантом Дораном «Бленхеймы» 110-й эскадрильи провели атаку на Шиллиг, где на рейде стояли «карманный линкор» «Адмирал Шеер» и эсминец «Дитер фон Редер». Пользуясь внезапностью, два ведущих самолета (№6024 Дорана и N96201 пайлот-офицера Дж. Лингса) пролетели над «карманником» на высоте верхушек мачт и попали в него тремя 500-фунтовыми фугасными бомбами. Увы, новые взрыватели, установленные на задержку 11 секунд, подвели — бомбы просто отскочили от брони и упали в воду, взорвавшись без вреда для корабля. Третий самолет атаковал стоявший недалеко от «Шеера» лихтер, но промазал, четвертый нацелился на эсминец, но под зенитным огнем сбросил бомбы где попало и вскоре рухнул в воду. Пятый самолет, встретив мощный отпор, вовсе отказался от атаки и улетел восвояси.
Следующими были пять бомбардировщиков 107-й эскадрильи, сначала пролетевшие на юг в сторону Вильгельмсхафена и обстрелянные по дороге крейсерами «Нюрнберг», «Лейпциг» и эсминцем «Пауль Якоби». После этого англичане развернулись, попытавшись атаковать «Шеер» с юга. Ведущий самолет смог сбросить бомбы в 30 м от корабля и упал в воду — весь экипаж погиб. Следующий «Бленхейм» сбили в 4 км от цели, и он рухнул около Меллума. Третий попытался уйти: пролетая над охотником за подлодками, он обстрелял его и ранил 3 членов экипажа, однако затем сам получив сполна, упал в море. Наконец, последний, четвертый «Бленхейм», видимо, устрашенный мощью зенитного огня, еще раз повернул на юг. Возможно, он собирался атаковать арсенал или плавучий док (запасные цели). В процессе этих эволюций самолет («Бленхейм-IV», серийный номер №6189) даже пролетел над строящимся «Тирпицем», но, в конце концов, поврежденный немецкими зенитчиками, нацелился на жертву: это был крейсер «Эмден». За штурвалом самолета находился флаинг-офицер Херберт Лайтоллер...
В день объявления войны «Эмден» в составе отряда кораблей произвел постановку заграждения и на следующий день около полудня снова встал на рейде Вильгельмсхафена. В планах командования было продолжение постановок, и для приема «рогатой смерти» в 16:52 4 сентября пара буксиров начала перевод крейсера к Висбаденскому мосту для швартовки. В процессе буксировки была получена радиограмма о том, что объявляется тревога: «Шеер» атакован на рейде Шиллига тремя вражескими самолетами. Зенитчики заняли посты. В 17:55 Командующий морскими силами на Западе просигналил семафором с «Газелле»: «Еще два вражеских самолета подлетают с северо-востока!»
В 18:05 над крепостью на высоте примерно 1000 м появился одиночный вражеский самолет, который не успели толком разглядеть. Обстреливаемый зенитками, он немедленно провел атаку с пологого пикирования прямо на «Эмден», двигаясь с направления 300’. Автоматы С/30 открыли огонь. Лучше всех ложились очереди зенитки с мостика. На дистанции 200 м и высоте 30-50 м самолет получил попадания 20-мм снарядов в правый мотор, в тот же момент он отвалился от крыла и упал на пирс Висбаденского моста. Самолет немедленно перевернулся через правое крыло и, продолжая полет, превратившийся в падение, врезался в левый борт «Эмдена» в районе XVIII-XIX отсеков на высоте 1 м над ватерлинией. Пропеллер оставшегося мотора залетел в смотровую корабельного лазарета.
От удара обшивка вдоль ватерлинии была вдавлена, поперечная переборка погнута. В лазарете, где находился врач и санитары, от выплеснувшегося из баков самолета бензина начался пожар. В кубрике унтер-офицеров, который находился рядом со смотровой в сторону кормы, в тот момент отдыхали два радиста. Один из них был смертельно ранен; там тоже начался пожар. Очаги горения на корабле потушили собственными средствами.