В отличие от подавляющего большинства японских кораблей «Акицусима» ещё во время приёмных испытаний была окрашена в очень оригинальную, экспериментальную камуфляжную окраску, разработанную инженер-капитаном 3 ранга (кораблестроителем) Фукуи Сидзуо. Её основной задачей было сделать корабль менее заметным на фоне берега, для чего на носовую треть корпуса поверх обычного «гункан иро» наносились камуфляжные полосы светло-зелёной («усумидори иро») краски [16 Одна полоса с левого борта была тёмно-серого («нохай иро») цвета.], а носовая оконечность, верхняя часть надстройки, пост управления зенитным огнём, мачта, труба, кормовой кран и часть борта, находившаяся в тени от крыльев стоящей на палубе корабля летающей лодки, покрывались светло-зелёными пятнами небольшого размера. Кроме того, у ватерлинии на носу и корме белой краской были нарисованы буруны, которые должны были создать видимость того, что «Акицусима» движется с большой скоростью. При этом камуфляж был нанесён только на вертикальные поверхности, включая фок-мачту и башню крана, а палубы его не получили.
Металлические палубы и артиллерийские установки целиком окрашивались тёмно-шаровой краской. Подводная часть корпуса окрашивалась в тёмно-красный цвет. Ватерлиния и верхушка дымовой трубы красились в чёрный цвет. 25-мм автоматы не окрашивались и были цвета воронённого металла. Парусиновые обвесы мостиков и чехлы на орудиях и приборах были белого или очень светлого серого цвета.
Палуба полубака от носового флагштока до волноотвода перед носовой артустановкой имела металлический рифлёный настил, а за волноотводом и до среза полубака она была покрыта широкими поперечными полосами линолеума, характерного для японского флота красно-коричневого цвета. Полосы закреплялись на палубе узкими латунными планками. Верхняя палуба от среза полубака и до самой кормы имела металлический рифлёный настил.
Тыльная открытая часть компасного мостика была застелена линолеумом, а мостик зенитных автоматов имел металлическую рифлёную палубу.
На носу корабля, над форштевнем, устанавливался императорский герб - золотая шестнадцатилепестковая хризантема.
Вскоре после ввода в строй на «Акицусима» была уменьшена высота дымовой трубы, чтобы увеличить углы обстрела 12,7- см артустановки № 2.
Модернизация «Акицусима» была проведена в марте 1944 г., на верфи арсенала флота Йокосука. На корабле были проведены следующие работы:
а) на марсе фок-мачты была установлена антенна РЛС ОВНЦ № 2-1, а между опорами фок-мачты было оборудовано помещение для размещения аппаратуры станции;
б) на крыше компасного мостика был оборудован КП ПВО;
в) спаренные зенитные автоматы на крыльях мостика были заменены строенными. Дополнительно, один строенный автомат был установлен непосредственно за дымовой трубой, и ещё три таких же - на надстройке кормового крана. Два одноствольных автомата были установлены на КП ПВО и ещё один - на полубаке, в самом носу корабля. Всего стало шесть строенных и три одиночных 25-мм автомата;
г) оборудование для размещения летающей лодки было снято, а между дымовой трубой и кормовым краном были установлены три рельсовые дорожки, на которых могло разместиться пять торпедных катеров или танкодесантных катеров типа «Дайхацу», установленных на специальные тележки [17 Вероятнее всего, после этой модернизации «Акицусима» могла не просто перевозить ТКа, но и служить их плавучей базой, благо всё необходимое для этого оснащение (моторная и торпедная мастерские, торпедный погреб, цистерны для бензина) на её борту уже имелось.].
Затем, в августе 1944 г., на верфи арсенала флота Курэ «Акицусима» была переоборудована в импровизированную плавучую мастерскую. Необходимость такого переоборудования была вызвана потерей 30 марта 1944 г. плавмастерской «Акаси», а японский флот остро нуждался в корабле, способном оперативно проводить аварийные ремонты повреждённых кораблей в передовой зоне. Точные мотивы выбора для этой задачи именно «Акицусима» неизвестны, но можно предположить, что немалую роль сыграло наличие на борту ремонтных мастерских и особенно тяжёлого крана.