Пока «Де Рюйтер» занимался боевой подготовкой, в штабе голландского флота кипела работа - разрабатывались планы обороны колоний в случае нападения Японии. Из Ост-Индских владений Нидерландов шел в Японию поток сырья, но принимая во внимание ограниченность валютных резервов Империи и господствующие политические взгляды, было ясно, что им проще захватить месторождения полезных ископаемых, чем покупать их у законных владельцев. Этому способствовало и то, что перевес сил у агрессора был впечатляющим, а голландские вооруженные силы не могли рассчитывать на пополнения, так как метрополия была оккупирована. Так же было ясно, что вторжение в голландские Ост-Индии будет не единственным агрессивным шагом Японии, вторжение затронет владения Англии, и, скорее всего, в войну вмешаются Соединенные Штаты Америки. То есть у Голландии будут союзники. Работа по выработке общих планов ускорилась в апреле 1941 года, когда министр иностранных дел Японии Ё. Мацуока заключил «Договор о ненападении с СССР». По мнению голландских разведчиков, это означало, что основным направлением экспансии императорской Японии становится Южное направление (Северное - СССР), а одной из главных целей - владения Королевства в Ост-Индии, поэтому переговоры с Великобританией ускорили - уже летом 1941 года удалось договориться о координации усилий. Голландцы обещали выделить силы, которые примут участие в обороне Сингапура, а англичане, в свою очередь, обещали помочь в борьбе за голландские колонии в Ост- Индии.
В августе 1941 года во время одного из заседаний голландского правительства в изгнании было принято важнейшее решение: если в результате движения японских вооруженных сил юго-западной части Тихого океана Великобритания и США окажутся в состоянии войны с Японией, то Нидерланды также вступят в войну. После принятия этого решения контакты между штабными офицерами заинтересованных стран усилились. Для моряков «Де Рюйтера» это означало на первом этапе войны сопровождение конвоев в Сингапур. В случае непосредственной угрозы колониальным владениям, «Де Рюйтер» в качестве флагманского корабля примет участие в их обороне.
В середине ноября на борту «Де Рюйтера» контр-адмирал Доорман инструктировал командира крейсера «Тромп» капитана 2-го ранга Д.Б. де Меестера о возложенной на него задаче - поиске пропавшего без вести австралийского крейсера «Сидней»[* Потоплен 19 декабря 1941 года вспомогательным крейсером «Карморан», весь экипаж австралийского крейсера погиб.].
В конце ноября - начале декабря 1941 года поток информации, свидетельствующей о скором начале войны, все нарастал. 1 декабря «Де Рюйтер», сопровождаемый эскадренными миноносцами, вышел в море на патрулирование в море Флорес. Пытающийся найти какие-либо следы потопленного австралийского крейсера, «Тромп» получил приказ следовать на полном ходу в Сурабаю. Хельфрих приказал как можно быстрее завершить работы на всех кораблях, находившихся в ремонте. Голландский флот начал развертывание по плану на случай начала войны с Японией.
7 декабря 1941 года японская палубная авиация атаковала американскую военно-морскую базу Перл-Харбор. В этот же день, в 17-00 по яванскому времени радисты приняли сигнал «Шершутер» («Стрелок») - боеготовность вооруженных сил на территории Ост-Индии повышалась, война практически неизбежна.
На следующее утро голландское правительство в изгнании объявило войну Японской Империи. После получения радиограммы об этом событии на крейсере, находившемся на стоянке в проливе Алас (между Ломбок и Сумбава), началась подготовка к боевым действиям. Все медные части, бывшие предметом гордости боцмана и старшего помощника, безжалостно закрашивались. Верхняя палуба окрашена в темно-серый цвет. В порт сданы ненужные в военное время вещи. Часть бензина, предназначенного для гидросамолета-разведчика, откачена на подошедший небольшой танкер. Днем экипаж «Де Рюйтера» был построен на верхней палубе и командир зачитал речь генерала-губернатора колонии (для находившихся на вахте она передавалась по трансляции): «Началась война на Тихом океане. Японские вооруженные силы начали военные действия против вооруженных сил США и Англии. Королевство Нидерланды тоже вступило в войну. Наступил Ваш час. Вы должны будете остановить вместе с солдатами Соединенных Штатов, Великобритании и Китая японское наступление. Я знаю, что Вы будете верны славным традициям вооруженных сил Королевства. Вы сражаетесь за Правое дело. Вы сражаетесь за свою Королеву, за мир и благополучие народов колонии и народов всей Восточной и Юго-Восточной Азии. Вы должны спасти их. Да здравствует Королева!».