Летом 1940 года в результате политических маневров и силового давления, предпринятого высшим руководством ВКП(б), в состав СССР вошли Бессарабия, Буковина, Латвия, Литва и Эстония.
«В начале и середине 1930-х годов, — вспоминал П.А. Судоплатов, — Берзину, Урицкому, Артузову, Боро-вичу (по линии Разведупра Красной Армии), Слуцкому, Шпигельгласу, Серебрянскому, Каминскому, Париарову, Эйтингону (по линии ОГПУ НКВД) удалось создать в Западной Европе и на Дальнем Востоке (Китай — Япония) мощный агентурно-диверсионный аппарат, располагавший более чем 300 источниками информации. Особую роль в создании этого аппарата сыграли так называемые специальные агенты-нелегалы: Арнольд Дейч (Ланг), австриец, привлекший к сотрудничеству известную “кембриджскую пятёрку”: Кима Филби, Дональда Маклина, Энтони Бланта, Джона Кернкросса и Гая Бёрджеса в Англии; Теодор Малли, венгр, бывший католический священник, работал в Англии и Франции; Богуславский, поляк, бывший сотрудник разведки Генштаба Польши; Шандор Радо, Леопольд Треппер, Рихард Зорге, Эрнст Волльвебер».
20 августа 1940 года на своей вилле в Мексике был убит ярый противник Сталина Лев Троцкий (Бронштейн). За эту операцию отвечал Павел Судоплатов. Согласно воспоминаниям Судоплатова, Сталин говорил:
«В троцкистском движении нет важных политических фигур, кроме самого Троцкого. Если с Троцким будет покончено, угроза Коминтерну будет устранена. Без ликвидации Троцкого мы не можем быть уверены — в случае нападения на Советский Союз — в поддержке наших союзников по международному коммунистическому движению. Им будет очень трудно выполнить свой интернациональный долг по дестабилизации тылов противника, развернуть партизанскую войну».
Троцкого убил Рамон дель Рио Меркадер. Однако нападение группы Сикейроса на виллу Троцкого в Койоакане (предместье Мехико) 24 мая 1940 года оказалось неудачным. В майском покушении принимал участие один из выдающихся советских разведчиков-нелегалов Иосиф Ромуальдович Гри-гулевич. Находясь в 1936 году в Испании, он по ходатайству посла Розенберга становится сотрудником советского посольства. Именно там он попадает в поле зрения резидента НКВД Орлова и его заместителя Котова (Эйтингона) и не колеблясь становится агентом советской разведки. По косвенным признакам можно предположить, что одновременно Григулевич был секретным сотрудником группы Серебрянского. В Испании Григулевич участвовал в подавлении барселонского мятежа и ликвидации ряда активистов Рабочей партии марксистского единства (ПОУМ), в том числе и Андреса Нина.
В преддверии большой войны с Советским Союзом немецкое военное командование привлекло под свои знамена всех, кто по каким-либо обстоятельствам имел свои счёты с советской властью. Армянские, азербайджанские, грузинские, латышские, литовские, румынские, эстонские и другие националистические группировки рассматривались руководством спецслужб Германии в качестве основы для формирования «пятой колонны» на территории СССР. Спецслужбы Третьего рейха, используя противников советской власти, руководствовались древним принципом: «В разведке нет отбросов, в разведке есть только кадры».
Тем временем следствие по «делу врага народа» Я. Серебрянского было завершено. 4 октября 1940 г. следователь Следственной части ГУГБ НКВД П. А. Перепелица составил два обвинительных заключения.
Первое касалось лично Якова Серебрянского:
«10 ноября 1938 г. органами НКВД был арестован подозреваемый в шпионской деятельности Серебрянский Я.И. Следствием установлено, что Серебрянский в прошлом эсер, дважды подвергался аресту органами ОПТУ и при содействии разоблачённых врагов народа проник в органы НКВД.
В 1924 году, будучи в Палестине, был завербован эмигрантом Покровским для шпионской деятельности в пользу Англии.
В 1927 г. Серебрянский по заданию английской разведки перебросил из Палестины в СССР группу террористов в лице Турыжникова, Волкова, Ананьева, Захарова и Эске, которые впоследствии были подготовлены к диверсионной и террористической деятельности на территории СССР. Через Турыжникова Серебрянский передавал английской разведке шпионские сведения о политическом и экономическом положении Советского Союза.
В 1933 году Яков Серебрянский был завербован врагом народа Ягодой в антисоветскую заговорщическую организацию НКВД.
По заданию Ягоды Серебрянский устанавливал шпионскую связь с французской разведкой, добывал сильнодействующие яды для совершения террористических актов над руководителями партии и советского правительства.
В предъявленном обвинении виновным себя признал. На основании изложенного Серебрянский Яков Исаакович обвиняется в том, что:
1. С 1924 г. являлся агентом английской разведки.
2. С 1933 года по день ареста являлся активным участником антисоветского заговора в НКВД и проводил шпионскую работу в пользу Франции, т. е. в преступлениях, предусмотренных ст.п. 1-а и 11 УК РСФСР».
Второе касалось Полины Серебрянской:
«10 июня 1938 года органами НКВД СССР была арестована за соучастие во враждебной деятельности своего мужа Серебрянская Полина Натановна.