6 января 1919 года Днепровская дивизия самораспустилась (Зеленый отправил бойцов по домам, на отдых), и 10 января командующий Левобережным фронтом армии УНР полковник Болбочан докладывал в штаб Петлюры о военной катастрофе Запорожского корпуса и отходе войск на Полтаву. В свое оправдание он писал, что подкрепления, которые шлет в Киев Петлюра, «...я не имею времени разоружать, потому что это сброд, а не войско». После отвода корпуса Болбочана с Харьковщины и Полтавщины Киев прикрывали около 7 тысячи бойцов (в резерве в Киеве — 5 тысяч бойцов). Этого было явно недостаточно для противодействия частям Украинского советского фронта в 17 тысяч красноармейцев, к тому же к ним присоединились еще 3–4 тысячи крестьян — повстанцев и перебежчиков из армии УНР. Опасность для Директории представляла и возможность большевистского восстания в рабочих районах Киева. Петлюра еще в конце 1918 года требовал от Директории немедленно объявить войну Советской России, но это было сделано только 16 января 1918 года, после трех недель наступления красных на Киев.
Хороший организатор и самостоятельный атаман, Зеленый фактически стал главой независимой Приднепровской республики, включавшей несколько волостей Киевщины. Атаман изгнал администрацию Директории из района, утвердив в селах свои ревкомы и сельские советы.
В ответ на эти действия Петлюра издал приказ об аресте Зеленого «за измену». 15 января атаманы Зеленый и Данченко заявили об окончательном разрыве с Директорией. Зеленый наладил связь с соседним городом Переяславом, где уже началось восстание против Директории.
Уездный крестьянско-казачий съезд поддержал выступление Зеленого, проголосовав за создание в Украине «трудовой власти». Тогда, на съезде, атаман заявил, что его устремления разошлись с политикой Директории и он вступает с ней в конфронтацию. Через несколько дней в Григорьевке на втором уездном съезде (80 делегатов) был избран уездный исполком и командующий войсками Трипольской республики атаман Зеленый.
Понимая шаткость своего положения, Зеленый вновь собирает тысячу бывших повстанцев — свою «гвардию» — для сопротивления Директории. Вчерашний союзник атамана большевик Христич со своим отрядом обосновался в городке Ржищев и долго сохранял нейтралитет по отношению к Зеленому, считая его при этом петлюровцем. Вскоре отряд Христича вошел в состав Красной армии.
Интересно, что тогда по Триполью разносились (очевидно, агентами большевиков) провокационные слухи о том, что Петлюра якобы приказал расстрелять Зеленого и возвратить власть помещиков в Украине и что он уже арестовал главу Директории, «борца за мужицкие права» Владимира Винниченко.
21 января гвардия Зеленого выступила в поход на Фастов. Генерал армии Директории Капустянский писал: «Атаман Зеленый во главе Днепровской повстанческой дивизии в разгар ожесточенных боев за Киев врезался клином в нашу армию между Киевом и Кременчугом и этим ускорил оставление нами Левобережья и Киева».
Но 24 января под Обуховом отряду войск Директории — Сечевым стрельцам Думина (1100 штыков и сабель, 8 легких пушек, 8 пулеметов) — удалось разгромить и распылить тысячу зеленых, не проявивших особого желания сражаться. Сечевые стрельцы направили в Триполье своих парламентеров на переговоры о разоружении села. Атаман Зеленый собрал в Триполье крестьянский сход, на котором принял предложение о капитуляции. 26 января Сечевые стрельцы захватили село и разоружили местных крестьян, собрав 600 винтовок. Впрочем, победа бойцов Директории над повстанцами была относительной — антибольшевистский фронт оголился, зеленовцы затаились и могли в любой момент вновь поднять восстание.
Атаман Зеленый бежал в район Переяслава, где против Директории уже выступили повстанческие атаманы Богунский и Грудницкий. Именно в Переяславе Зеленого убедили в необходимости продолжить восстание против Директории и «предателя народа Петлюры» и снабдили двумя сотнями винтовок и пулеметом. Вскоре он объявился в Ржищеве, где вновь образованный ревком провозгласил Директорию вне закона.
В начале февраля 1919 года в Триполье был созван уездный крестьянско-казачий съезд, который принял решение не признавать власти Директории. После съезда Зеленый снова поднял свою вольницу. Местные крестьяне пошли за атаманом, так как не хотели быть мобилизованными в армию Директории, не хотели воевать против Советов. Повстанцы Зеленого вновь захватили Обухов и Триполье.