Впрочем, ЧШО отстранил его от командования и назначил «высшим военным руководителем» на Кубани Снесарева, находившегося в Царицыне. Далее события происходили так, как писалось в советском донесении, отосланном из большевистского штаб Екатеринодара: «Бывший главнокомандующий Автономов, смещенный от 19 мая ЦИКом, не подчинился распоряжению, издал приказ об аресте некоторых членов ЧШО и объявил их провокаторами и германскими шпионами, угрожая пойти войною на Екатеринодар (оголив, таким образом, фронт)...» Автономов заявлял: «Если Чрезвычайный штаб не примет тех условий, которые я предложил ему, то прольется кровь, которая падет на головы провокаторов и предателей общего святого дела. Если я не получу ответа к четырем часам дня, то вышлю в Екатеринодар войска для занятия города и для наведения в нем истинного революционного порядка... Будем бороться и на деле выясним, кто является изменником революции».
Автономов бежал из Екатеринодара в станицу Тихорецкую, где находился штаб группы Сорокина. В разговоре по телефону с членом ЧШО А. Турецким Александр Исидорович заявил, что не считает себя смещенным с поста и не будет передавать командование ЧШО, который «...идет за некоторыми лицами, которые не являются даже выборными, делают позорное и кошмарное дело на руку немецким империалистам. Мне придется силою святого оружия заставить понять, до какой гибельной мысли, до какого позора дошла власть Кубанской республики...» Фронтовые части на съезде в станице Кущевской поддержали бывшего главкома, а вот красные войска в Екатеринодаре оказались на стороне ЦИК и ЧШО.
Это было уже объявлением войны! Автономов требовал вывести из Чрезвычайного штаба «проходимцев, которые не являются выборными Кубано-Черноморской республики», разграничить функции исполкома, ЧШО и командного состава. Сорокин предлагал Автономову силой своей группы взять Екатеринодар, разогнать «еврейский УК» и созвать съезд для избрания «народной власти» на Кубани.
Александр Исидорович опасался ехать в Екатеринодар, а члены ЧШО и ЦИКа боялись выехать из Екатеринодара на фронт. И не зря боялись... Представители ЦИКа, прибывшие для переговоров, были арестованы. 23 мая по телеграфу в советские войска Северного Кавказа было послано циркулярное распоряжение: не выполнять приказов Автономова и арестовать главкома. ЦИК Кубано-Черноморской республики и ЧШО объявили атамана изменником и предателем революции: «...поведение Автономова связано с авантюрой и движением германо-гайдамацких банд на вольную Кубань... С целью предания великой рабоче-крестьянской революции... На случай выяснения его преступности он объявляется предателем революции и вне закона».
23 мая 1918 года был образован единый Кубано-Черноморский Совнарком под председательством Абрама Рубина, который также был большим недругом Автономова.
Чрезвычайный комиссар юга России Г. Орджоникидзе приказал Автономову «подчиниться постановлению Штаба обороны, сложить звание главнокомандующего... Всякое противодействие и междоусобица будут рассматриваться как измена и предательство революции». Александр Исидорович подчинился и, сдав командование, приехал в Екатеринодар. В то же время, 26 мая 1918 года, ЧШО был упразднен и вместо него на основании декрета ВЦИК РСФСР был сформирован военный комиссариат.
28 июня Автономов прибыл на III съезд Советов Кубани и Черноморья. Хотя съезд был собран для ареста и суда над Автономовым, он так и не был задержан и его «вопрос» остался нерешенным. Причиной тому была его поддержка представителей армии, составлявших четверть делегатов съезда. На съезде Орджоникидзе от имени Совнаркома предложил Автономову отправиться в Москву для доклада правительству о военном положении на Северном Кавказе и о произошедшем конфликте. Понимая шаткость своего положения, Александр Исидорович подчинился и выехал «за правдой» в Москву.
Там Автономов встретился с Троцким, от которого получил новый мандат на формирование воинских частей из кавказских горцев. В августе 1918 года Автономов уже участвует в обороне Владикавказа (ныне — г. Орджоникидзе) — командовал бронепоездом. Его даже назначили командующим формирующейся 12-й армии, состоявшей, правда, из одной дивизии. Но занять новый пост он не успел. Отступая с 11-й армией через горы, Александр Автономов умер от тифа в начале 1919 года и был похоронен в осетинском ауле Пуй.
Драма неистового командарма Сорокина была показана А. Толстым в трилогии «Хождение по мукам». В июне — начале августа 1918 года он — помощник командующего войсками Кубанской Советской республики, а уже 4 августа Сорокин сменил на посту главнокомандующего Красной армии Северного Кавказа А. Снесарева, обвиненного в контрреволюции. Армия Северного Кавказа (с октября 1918 года — 11-я Красная армия) составляла тогда мощную силу до 40 тысяч бойцов при 80 орудиях и двух бронепоездах. Она воевала с переменным успехом против Донской и Добровольческой армий.