В 1992 г. после сокращения штата назначен старшим офицером-оператором воздушного пункта управления КП СФ.
С 1995 по 2001 год командовал ЭМ «Отличный».
Пятым командиром стал капитан 2 ранга Сергей Алексеевич Малышев, принявший БПК «Адмирал Юмашев» в 1992 году на закате его службы в эскадре и проводивший этот корабль в последний путь – утилизацию.
Но среди выпускников училища был поставлен еще один рекорд. Выпускник училища 1967 года Юрий Гаврилович Устименко стал командиром 7 оперативной эскадры. Он родился 19 мая 1944 года в поселке Владимир Приморского края. В 1967 году окончил ВВМУРЭ им. А. С. Попова, в 1973 году высшие специальные офицерские курсы ВМФ и в 1978 году Военно-морскую академию им. А. А. Гречко. Служил на различных должностях на Черноморском, Балтийском, Тихоокеанском и Северном флоте и прошел путь от командира боевой части до первого заместителя Командующего Северным флотом. Командовал большими противолодочными кораблями «Прозорливый» и «Таллин». С 1991 по 1992 год командовал 7-й оперативной эскадрой, с 1992 по 1994 был первым заместителем Командующего Северным флотом. В истории его восхождения на высшие командные должности есть интересная деталь – он единственный адмирал в ВМФ, который имеет допуск на управление 14 проектами кораблей. Юрий Гаврилович – человек чрезвычайно одаренный и вместе с тем принципиально честный, мужественный, способный на смелые решения, не склонявший голову перед начальственными авторитетами, когда дело касалось его чести и достоинства. Его личность характеризуют два показательных примера.
В декабре 1991 года в после провозглашения Украиной своей независимости Президент Украины Кучма объявил, что ТАВКР «Адмирал Кузнецов» является собственностью Украины и до принятия правительственного решения должен оставаться на Севастопольском рейде. В это время корабль находился в стадии государственных испытаний, но потеря такого корабля лишала флот России нового авианесущего корабля. Судя по произошедшим событиям, руководство Министерства Обороны и ВМФ решили этот корабль вывести из Севастополя и перегнать его на СФ, невзирая на протесты Президента Украины. 1 декабря 1991 года в Севастополь прилетел командир 7 оперативной эскадры контр-адмирал Ю. Г. Устименко. Прибыв на корабль, он обсудил сложившуюся ситуацию с его командиром В. С. Ярыгиным и отдал приказание немедленно сняться с якоря и следовать на Северный флот. В это время корабль еще не закончил Государственные испытания и не был принят Военно-Морским флотом. Ярыгин доложил, что сдаточная команда и 60 % офицеров находятся на берегу. Однако решение Устименко было непреклонным, и в 23.40, не подавая никаких сигналов, авианосец в кромешной темноте покинул Севастопольский рейд и взял курс на Босфор. В данном эпизоде проявилось мужество и решимость Устименко. Он шел на огромный риск, выйдя на такой сложный переход без сдаточной команды на борту и отсутствия большинства офицеров. В случае серьезных аварий или ЧП его карьра немедленно бы закончилась. Но он пошел на этот риск, исходя из высших государственных интересов, и корабль благополучно прибыл на Северный флот.
В декабре 1994 года на Военном Совете Северного флота под председательством Командующего флотом адмирала О. А. Ерофеева рассматривался вопрос о поддержке решения Верховного Главнокомандующего Российской Федерации Б. Н. Ельцина об отправке морской пехоты с Северного флота в Чеченскую республику. Подавляющим числом голосов Военный Совет поддерживает решение Верховного Главнокомандующего, за исключением Первого заместителя Командующего СФ вице-адмирала Ю. Г. Устименко. Он высказывает на Военном Совете свое особое мнение: «Я против посылки морской пехоты в Чечню. Морская пехота имеет свое конкретное предназначение – это действия на прибрежном направлении по защите своей территориям, по захвату плацдарма в первом броске. В необъявленной войне Чеченской республике, тем более, в городе, морская пехота не должна принимать участия. Для этой цели в стране есть внутренние войска».
Вот так, по конкретному факту своей деятельности, он получил «черную метку» от первого Президента Российской Федерации Б. Н. Ельцина. Можно с уверенностью предположить, что это повлияло на его дальнейшую карьеру. В 1995 он был переведен в Санкт-Петербург начальником Высших специальных классов ВМФ. Человек исключительно деятельный, он с большим энтузиазмом взялся за реформирование системы обучения на ВСОК. Благодаря его усилиям при ВСОК ВМФ был открыт диссертационный совет, который он возглавил, а также восстановлена адъюнктура. Он являлся участником локальных войн и военных конфликтов в Египте, Анголе, Сомали, Йемене, Республике Сейшельские острова, Вьетнаме, Красном море, Персидском заливе. Награжден орденом «За службу Родине в ВС СССР» 3-й степени, медалями, жетоном «За боевое траление», именным оружием, иностранными медалями. Доктор военных наук, профессор, почетный радист СССР, почетный работник морского флота СССР.