22 апреля 1988 года при заступлении в боевое дежурство по ПВО ГБ КСФ на БПК «Адмирал Исаченков» произошла несанкционированная стрельба тремя снарядами установки АК-630М № 3. 10 июня 1988 года в 3 часа 30 минут на ТАВКР «Баку», во время несения им первой боевой службы в Средиземном море, прозвучала «Аврийная тревога». Все внутренние помещения надстройки: каюты командира, его заместителей, командиров боевых частей и посты – находились в дыму. Источник пожара смогли определили не сразу. Как выяснилось, горела шахта газохода носовой машины. Температура была такой высокой, что расплавились алюминиевые конструкции внутри дымовой трубы – трапы и пайолы. Потушить пожар смогли только через два с половиной часа, когда для понижения температуры отходящих газов снизили ход корабля. К счастью, в шахте и в прилегающих помещениях не было корабельного оборудования, поэтому нечему было сгореть, и отделались «легким испугом», хотя была опасность распространения огня по всей надстройке. От более тяжелых последствий пожара спасло то обстоятельство, что только часть самых верхних ярусов надстройки, начиная с пятого, была сделана из алюминиевого сплава АМГ. Если бы вся надстройка на «Баку» была выполнена из этого сплава, то последствия пожара могли быть более тяжелыми. Расследование выявило причину пожара. Перед уходом корабля с завода экипаж заполнил шахты газоходов дымовой трубы всем, что сумел добыть в цехах – краской, фанерой, досками, посудой, люминесцентными лампами и т. д. Когда корабль развил полный ход, в шахте повысилась температура, и произошло возгорание. Горело дерево, краска, сотни запасных ламп начали взрываться, и их люминесцентное покрытие способствовало высокой температуре пожара. К счастью, пожар обошелся без жертв и пострадавших. Но беда не приходит одна. На следующий день утром после пожара повесился матрос из боевой части связи, родом из Донецка, пришедший служить на корабль в апреле этого года. Откачать матроса не удалось. Во время пожара он обеспечивал связь в ходовой рубке корабля. В его тумбочке нашли письмо от бабушки, которая желала ему хорошей службы и была рада, что он попал служить на корабль, а не в Афганистан. Одна из причин суицида – стрессовое состояние, вызванное случившимся пожаром.
В июле 1988 года во время перехода БПК «Адмирал Макаров» в Средиземное море в районе южной оконечности Англии во время штормовой погоды в связи с неисправностью успокоителей качки и неправильными действиями боцманской команды грузовой стрелой с закрепленным на ней трапом были повреждены командирский и рабочий катера, частично разрушены волноводы станций «Гурзуф» на грот мачте. Повреждения были устранены с приходом в Средиземное море.
12 июля 1988 года на ТАВКР «Баку» произошла авария самолета Як-38У. Командир экипажа – командир отряда, военный летчик 1 класса майор В. А. Светашов, инструктор – заместитель командира полка, военный летчик 2 класса подполковник Н. П. Руденко. Причиной авиационного происшествия явилась ошибка летчика в эксплуатации авиационной техники при взлете с коротким разбегом, выразившейся в непреднамеренном переводе реактивного сопла подъемно-маршевого двигателя в положение «Горизонт», что привело к потере подъемной силы и сваливанию самолета. Летчики успели катапультироваться в те мгновения, что самолет падал от спонсона до воды. Погрузившись на глубину 6–7 метров, летчики вынырнули в паутине парашютных стропов. Командир корабля капитан 2 ранга В. Ф. Лякин мгновенно сориентировался и дал команду на резкий разворот корабля, иначе оба летчика могли бы оказаться под винтами. Корабль шел со скоростью 18 узлов и не сразу остановил инерцию. К месту падения летчиков приближался фал бурунной мишени, как хлыст, стреляя по воде, и Руденко, изловчившись и нырнув, перебросил его через голову. Спасательный вертолет пытался спустить летчикам на тросе водолаза, но оказалось, что этого не нужно. Летчикам трудно подниматься в тяжелых спасательных костюмах в висящий над ними вертолет. Они сообщили, что телесных повреждений не имеют и были подобраны корабельным спасательным катером. Они оба получили небольшие ожоги от подрыва пиропатрона катапульты.