Троя II (2600–2300 годы до н. э.) была крепостью с трехметровыми стенами и мощными башнями. Горожане жили в однокомнатных домах с каменными очагами, занимались скотоводством и земледелием. Город стоял прямо на берегу моря, уровень которого был тогда выше, чем сейчас. В центре города появился царский дворец. Именно в этой Трое Шлиман нашел золотой клад, названный им «сокровищами Приама» (потом выяснилось, что клад на тысячу лет «старше» Приама). Троя II также погибла в результате завоевания и пожара.
Последовали Троя III, IV и V (2300–1900 годы до н. э.). Эти слои свидетельствуют о периоде упадка в истории древнего города. Город оставался крепостью, кварталы становились все теснее, население беднело. В ту эпоху культуры раннего бронзового века охватил кризис. В Греции и на островах Эгейского моря происходят беспорядки и мятежи, многочисленные племена начинают мигрировать. Меняются торговые пути в восточной части Средиземного моря. Около 1900 года начинается возвышение Крита. В это время индоевропейские племена вторгаются в Анатолию, возникает Хеттская держава.
После разрушения Трои V на это место пришло новое население, имевшее прирученных лошадей, владевшее новыми методами строительства и изготовления керамики. Именно Троя VI, как считают ученые в последнее время, и является гомеровской. В этот период город достиг наибольшего расцвета. Его площадь составила 18 га (для сравнения: площадь Московского Кремля 27,5 га), что больше всех предыдущих и последующих реинкарнаций Трои. Город становится торговыми воротами из Азии в Европу. Идет интенсивный обмен идеями и новациями. Около 1600 года появляются легкие, маневренные колесницы, таран, бронзовое оружие, эффективно поражающее противника на большом расстоянии.
Мощная крепость, господствовавшая над окружающими землями, была разрушена около 1250 года до н. э. в результате сильного землетрясения и войны, описанной Гомером. Лучше всего сохранились восточные стены с воротами в шестом городе: длина стен около 300, а толщина около 4 м. В высоту они достигают 5 м, а местами, по-видимому, были и вдвое выше.
Троя VII (1250–950 годы до н. э) несколько раз частично восстанавливалась и снова разрушалась войнами и пожарами. Начались «темные века». Рушатся державы бронзового века. Война сокрушает и пелопоннесские Микены, и хеттскую Хаттусу, и левантийские города-государства, в частности Угарит. Происходит массовое переселение народов. В восточной части Средиземноморья культура приходит в упадок. Культура прошлых лет во многом была утрачена, письменность забыта. Был забыт и гончарный круг — снова появились грубые, слепленные вручную горшки. Около 950 года до н. э. на холм Гиссарлык пришли греки, снова отстроившие город и назвавшие его Новый Илион (Троя VIII). В 85 году до н. э. его завоевали и разрушили римляне, чтобы позже восстановить, придав ему новый облик (Троя IX) и переделав имя на свой лад — Илиум. В городе появились непременные атрибуты римской культуры — стадион, театр и акведук. После гибели Римской империи Троя стала глухой провинцией, а с падением Византии в 1453 году люди перестали селиться на Гиссарлыкском холме, и вскоре даже местоположение знаменитого города было забыто — вплоть до открытия Шлимана.
Надо отметить, что ни один археолог и ни одно археологическое открытие не пользовались такой широкой популярностью, как Генрих Шлиман и его находки. Шлимана знали все — от коронованных особ до уличных мальчишек. Но на его долю выпало столько же восторженных похвал, сколько и уничижительных порицаний, и следует признать, что и те и другие вполне заслужены. Он действительно открыл гомеровскую Трою, но, открыв, сам ее и разрушил.
Да и судьба самого Генриха Шлимана — это интереснейший роман, полный приключений, героизма, страшных падений и головокружительных взлетов. Сын бедного, а под конец жизни совершенно разорившегося пастора, Шлиман с малых лет жил самостоятельно. В поисках средств на пропитание он служит помощником в лавке, юнгой на корабле, путешествует пешком из города в город, просит милостыню, попадает в самые отчаянные и безвыходные положения. Наконец устраивается агентом в торговый дом в Амстердаме. В 1846 году судьба забросила Генриха в Россию, где ему в конце концов улыбнулась удача. Здесь он ведет самостоятельные коммерческие операции и на поставках селитры в русскую армию во время Крымской войны наживает миллионное состояние. Сделавшись миллионером, совершает путешествия в Америку, Африку, Индию, Китай и Японию. Но и прося подаяние, и наживая миллионы, Шлиман ни на минуту не забывает о своей мечте. Мечта эта — найти гомеровскую Трою. Идея эта вынашивалась Шлиманом, если верить его автобиографии, с восьмилетнего возраста, когда он впервые прочитал Гомера и увидел изображение Трои. И хотя картинка была чистым вымыслом художника, Шлиман всю жизнь представлял Трою именно такой — и такую ее искал.