За освобождение Александра Вайсберга и Фридриха Хоутерманса в 1938 году ходатайствовали четыре нобелевских лауреата: Альберт Эйнштейн в письме Сталину от 16 мая и Жан Перрен, Ирен и Фредерик Жолио-Кюри в письме Генеральному прокурору от 15 июня. Но только в конце декабря 1939 года Особое совещание при НКВД СССР приняло по делу следующее решение: «Вайсберга Александра Семёновича, как нежелательного иностранца, выдворить из пределов Союза ССР». 5 января 1940 года на мосту через Буг в Брест-Литовске он в числе других европейских коммунистов, антифашистских беженцев и прочих нежелательных иностранцев был передан офицерами НКВД офицерам гестапо. Всю войну Вайсберг содержался тюрьмах на территории Польши, оказался в Краковском гетто, а после войны уехал в Швецию.
Лев Ландау к моменту ареста, 28 апреля 1938 года, перебрался в Москву и возглавил теоретическую группу Института физических проблем Петра Капицы. Понятно, что Капица немедленно написал Сталину письмо с просьбой об освобождении. Он указывал, что Ландау – один из самых сильных физиков-теоретиков в стране, что его потеря будет очень ощутимой для мировой науки. «Конечно, ученость и талантливость, как бы велики они ни были, не дают права человеку нарушать законы своей страны, и, если Ландау виноват, он должен ответить, – продолжал Капица. – Но я очень прошу Вас, ввиду его исключительной талантливости, дать соответствующие указания, чтобы к его делу отнеслись очень внимательно». Далее Капица объяснял, каким образом Ландау мог нажить себе врагов: «Следует учесть характер Ландау, который, попросту говоря, скверный. Он задира и забияка, любит искать у других ошибки и когда находит их, в особенности у важных старцев, вроде наших академиков, то начинает непочтительно дразнить». Пётр Капица продолжал прилагать усилия, чтобы защитить коллегу, и в результате добился своего: Ландау был освобожден ровно через год после своего ареста. Для этого Капице пришлось написать короткое письмо на имя Лаврентия Павловича Берии, нового главы НКВД, в котором он поручился за лояльное поведение физика.
Однако далеко не всем так повезло. Сотрудников УФТИ Льва Шубникова, Льва Розенкевича, Конрада Вайсельберга, Валентина Фомина и Вадима Горского расстреляли в ноябре 1937 года за «вредительство» и участие в «контрреволюционной организации». Реабилитированы они были только в 1956 году. Парторг института Пётр Комаров и юный аспирант Иван Гусак погибли в заключении.
Результаты проведенной в институте «чистки» оказались сокрушительными: потенциал УФТИ необычайно понизился, и он утратил то положение исследовательского центра, о котором мечтали ведущие ученые несколькими годами ранее. Получается, что в канун открытия деления ядер атомов чекисты-«ежовцы» разрушили один из наиболее важных физических институтов страны.
Тем не менее именно в Харькове намного раньше остальных был предложен работоспособный проект атомной бомбы. В 1938 году, сразу после «чистки», УФТИ был переименован в Харьковский физико-технический институт (ХФТИ). В таком качестве он и стал известен, но уже не как крупный международный научный центр, а как закрытая организация, занимающаяся секретной военной тематикой.
Поскольку во время войны архивы ХФТИ сильно пострадали, сегодня трудно определить конкретные области, в которых велись изыскания. Более или менее достоверно известно, что часть проектов института была связана с созданием сверхмощных генераторов ультракоротких волн, авиационных двигателей на жидководородном топливе, каких-то «рассеивающих силовых лучей» и… «атомно-молекулярного боезапаса»!
О результатах этого последнего проекта говорит патентная заявка, которую харьковские ученые Фриц Ланге, Владимир Семёнович Шпинель и Виктор Алексеевич Маслов подали в 1940 году. Их изобретение настолько опередило время, что они не смогли получить авторские свидетельства и не скоро стали формальными изобретателями первой в мире атомной бомбы. Еще летом 1940 года Маслов опубликовал в ведомственном сборнике трудов ХФТИ тематический обзор по возможностям использования внутриядерной энергии, в котором утверждал, что «создание атомного боезапаса в значительной степени становится технической проблемой». При этом Маслов выделял две главные проблемы: производство достаточного количества изотопа урана-235 для изготовления сердцевины атомной бомбы и разработку инженерной схемы для комплектации критической массы в момент подрыва боезапаса.