Всем на удивление, бывший "атаман террористов" выступил с осуждением бесперспективных, антигуманных методов террора и решил навсегда отказаться от "участия в безнадежном предприятии". В 1907 году он фактически порывает с партией эсеров. Одной из причин выхода из партии был серьезный кризис в рядах эсеров, в связи с разоблачением провокаторской роли Азефа.
В 1906-1907 годах Азеф и Гершуни стремились скомпрометировать Савинкова, утверждая, что после нахождения в камере смертников он уже опасался "за свою голову" и страх заставил его отойти от террора. Савинкова обвиняли еще и в "моральном разложении", безнравственности, в увлечении "юбками".
В конце 1907 года он уезжает за границу.
Только в 1908 году Савинков временно возвращается "в строй", приняв участие в подготовке несостоявшегося покушения на Николая Второго на крейсере "Рюрик". Террористы решили осуществить убийство императора во время торжественной встречи корабля в Кронштадте. В июне 1908 года ЦК эсеров решил привлечь к этому теракту Савинкова. Тот, в свою очередь, сумел привлечь несколько русских матросов к планируемому покушению. Крейсер "Рюрик" был построен на верфи в Глазго и именно оттуда выходил в свое первое плавание в Кронштадт. Савинков убедил матросов спрятать на корабле уже в Кронштадте одного боевика, который должен был взорвать палубу во время торжественного смотра или выстрелить в царя. Но Азеф всячески противился реализации этого замысла, и взрыв или выстрел так и не прозвучал... Азеф продлил жизнь царя еще на десять лет.
Уже после разоблачения Азефа, в 1910 году, Савинков напишет: "Горе наше, быть может, в том, что рост нашего Центрального Комитета и нас, Боевой организации, не превышал роста Азефа".
В то время Борис Савинков выглядел так: "Сухое каменное лицо, презрительный взгляд; небольшого роста, одет с иголочки; не улыбается, веет безжалостностью".
В 1909-1911 годах Савинков воссоздал Боевую организацию эсеров и возглавил ее. Хотя сам он обладал нелегким характером и противоречивой репутацией, было решено, что никто лучше не поставит "работу" террора. В новою Боевую организацию Савинков набирает боевиков ему "лично близких", ужесточает в организации дисциплину, утверждает свои особые, почти диктаторские, полномочия. После разоблачения Азефа последовал целый ряд разоблачений более мелких фигур в эсеровской партии. Партию лихорадило, и в каждом партийце виделся провокатор... Атмосфера всеобщий подозрительности приводила к мысли о возможности роспуска партии.
Во второй Боевой организации эсеров было всего 13 человек, включая самого Бориса и его вторую жену - Е. Зильберберг. На английском острове Джерси боевики создали "динамитную лабораторию". В конце 1909 года большая часть боевиков выехала в Россию "на работу"...
Главной задачей, которою поставили перед собой Савинков и его организация, было убийство императора. Планировались также второстепенные задачи: убийство министра юстиции И. Щегловитова, министра внутренних дел П. Столыпина, великого князя Николая Николаевича.
Но террористов преследовали неудачи. Один из них был арестован, за несколькими велась слежка. Савинкову стало ясно, что его "конспирация" раскрыта полицией, и он отзывает своих боевиков из России. Группа считалась "проваленной", и ее руководитель решает создавать новую организацию. Но возрождению новой группы помешало новое громкое разоблачение в среде боевиков - известие о провокаторстве Кирюхина и самоубийство боевика Бердо, которого "затравили" подозрительные товарищи, и сам Савинков в том числе.
На Боевую организацию партия эсеров затратила за два года около 70 тысяч золотых рублей, однако организация ничем себя не проявила. Боевики спокойно и достаточно обеспеченно жили во Франции, Англии и не стремились к опасной борьбе в России.
Тем временем лидеры партии эсеров пришли к выводу, что террор не только бесцелен, но и вреден. Было решено свернуть всю террористическую деятельность партии. В конце 1910 года Савинков запишет: "Меня так-таки вышибают. Деликатно, честью просят. По шеям". В обнародованном партией эсеров "Заключении судебно-следственной комиссии по делу Азефа" виновными в атмосфере провокаций, по логике комиссии, оказались все члены Боевой организации, и прежде всего Савинков. Текст "Заключения" ошеломил его. Он немедленно составил протест, который подписали все боевики. Борис Викторович писал, что заключение ССК - "это удар для террора почище Азефа. Знаете, у меня шевелится подозрение, что члены ССК именно и преследовали цель - убить террор. Гадко, противно".
В начале 1911 года Савинков полностью отошел от эсеров и террора.
Еще будучи студентом, Борис Савинков начал писать и публиковать под псевдонимом "Виктор Ропшин" свои декадентские стихи и поэмы. О смерти, любви, ненависти... Псевдоним придумала Гиппиус, имея в виду местность Ропшу, с царским дворцом, где "террористы восемнадцатого века" задушили императора Петра Третьего.