20 января в Балте банда ограбила содержателя ссудной кассы Акивисона (около 200 рублей и на 2000 рублей драгоценностей). В конце февраля 1916 года Котовский перенес свою "деятельность" в Винницу.
Больше "трофеев" давали нападения на бессарабских дорогах. В начале 1916 года котовцы захватили трофеев на общую сумму в 1030 рублей. Последний грабеж на большой дороге у Кишинева состоялся 28 мая 1916 года, тогда Котовский напал на двух еврейских купцов и обобрал их до нитки.
Генерал-губернатор Херсонской губернии М. Эбелов бросил на поимку котовцев крупные силы полиции. Ведь продолжалась мировая война, рядом проходил Румынский фронт, а котовцы подрывали надежность тыла. Снова во всех населенных пунктах появились листовки с предложением награды в 2000 рублей за указание места, где скрывается Котовский. С конца января 1916 года начались "провалы" членов банды. Первыми были арестованы: Ивченко, Афанасьев и известный лидер преступного мира Исаак Рутгайзер. При выезде из Тирасполя повозку, в которой ехали эти преступники, нагнала полиция, завязалась перестрелка, и бандиты были захвачены. Помощник начальника одесского сыска Дон-Донцов задержал 12 котовцев, но сам атаман скрылся...
В начале июня 1916 года Котовский объявился на хуторе Кайнары, в Бессарабии. Вскоре выяснилось, что он скрывается под именем Ромашкана и работает надсмотрщиком над сельскохозяйственными работниками на хуторе помещика Стаматова. 25 июня полицейский пристав Хаджи-Коли, который уже три раза арестовывал знаменитого главаря банды, начинает операцию по его задержанию. Хутор был окружен тридцатью полицейскими и жандармами. При аресте Котовский оказал сопротивление, пытался бежать, за ним гнались 12 верст... Как загнанный зверь, он прятался в высоких хлебах, но был ранен в грудь двумя пулями, схвачен и закован в ручные и ножные кандалы.
Выяснилось, что за полгода до своего ареста Котовский, чтобы легализоваться, нанялся надсмотрщиком в имение, но часто отлучался с хутора на несколько недель. В эти "отпуска" он и руководил налетами своей банды.
При обыске комнаты в имении, где проживал Котовский, был найден браунинг с единственным патроном в стволе, рядом лежала записка: "Сия пуля при трудном положении принадлежала для меня лично. Людей я не стрелял и стрелять не буду. Гр. Котовский".
В аресте Котовского принимал участие его товарищ по учебе, ставший помощником пристава, - Петр Чеманский. Интересно, что через двадцать четыре года, когда войска Красной Армии вошли в Бессарабию, старика Чеманского судил военный трибунал и приговорил к расстрелу за участие в аресте Котовского.
В одесской тюрьме Котовский сошелся с уголовниками. Особая дружба у него завязалась с местными "королями" - Тыртычным ("Чертом"), Жареновым ("Яшей-Железняком"), Имерцаки.
В октябре 1916 года проходил суд над "атаманом Ада". Зная, что ему неминуемо грозит казнь, Котовский полностью раскаялся в "исповеди" на суде. В свое оправдание он заявил, что часть захваченных денег он отдавал бедным и в Красный Крест, на помощь раненным на войне. Однако никаких доказательств этих благородных деяний не предъявил.
Котовский оправдывался тем, что он не только не убивал людей, Но и никогда из оружия не стрелял, а носил его ради форса, потому что "уважал человека, его человеческое достоинство... не совершая никаких физических насилий потому, что всегда с любовью относился к человеческой жизни". Просил Григорий отправить его "штрафником" на фронт, где он "с радостью погибнет за царя"... Однако в середине октября 1916 года он был приговорен к повешенью Одесским военно-окружным судом. Но власти почему-то не спешили исполнить приговор. А тем временем Котовский забросал царскую канцелярию прошениями о помиловании. Одновременно он отослал в местную администрацию просьбу заменить повешение расстрелом.
Любопытно, что за разбойника хлопотали популярный тогда командующий Юго-Западным фронтом, генерал Брусилов и его жена Надежда Брусилова-Желиховская. Котовский, зная, что мадам Брусилова занимается благотворительностью и опекает осужденных, пишет ей письмо, умоляя спасти его.
Вот строчки из этого письма: "...поставленный своими преступлениями перед лицом позорной смерти, потрясенный сознанием, что, уходя из этой жизни, оставляю после себя такой ужасный нравственный багаж, такую позорную память и испытывая страстную, жгучую потребность и жажду исправить и загладить содеянное зло... чувствуя в себе силы, которые помогут мне снова возродиться и стать снова в полном и абсолютном смысле честным человеком и полезным для своего Великого Отечества, которое я так всегда горячо, страстно и беззаветно любил, я осмеливаюсь обратиться к Вашему Превосходительству и коленопреклоненно умоляю заступиться за меня и спасти мне жизнь".