Захватив арсенал с оружием, принадлежавший охране железных дорог в Екатеринославе, Божко вооружает две тысячи восемьсот повстанцев. Кроме винтовок, они также "находят" одиннадцать пулеметов, шесть пушек и бронепоезд. К Божко примкнули и несколько кадровых офицеров гетманской армии, в их числе и поручик князь П. Оболенский. Со своими повстанцами Божко выбивает остатки гетманского 8-го корпуса и "добровольческие отряды" из Екатеринослава.
В декабре 1918 года вольница Ефима Божко обосновалась на острове Хортица на Днепре, где в XVI веке князь Дмитро Байда - Вишневецкий построил первую Запорожскую Сечь. Хортица занимала выгодное стратегическое положение у города Александровска (Запорожье), и Божко мог контролировать, находясь на Хортице, не только передвижения по Днепру, но и весь Александровский уезд.
Однако у Александровского уезда уже был хозяин - крестьянский вождь, авторитет которого вот уже год был непререкаем, - батька Нестор Махно. В конце 1918 года Нестор Махно захватывает губернский центр Екатеринослав. "Сечь" Божко выступает против запорожского батьки, что на несколько дней, стал Главнокомандующим советской революционной армией Екатеринославского района.
1 января 1919 года казаки Божко совместно с регулярными петлюровскими полками - подразделениями атаманов Гулого-Гуленко и Самокиша - с боем, выбили махновцев из Екатеринослава. Тогда Божко "временно политически определился" - решил поддержать Директорию УНР. Но события развивались с молниеносной быстротой, и уже через дней двадцать "красные" с востока подошли к Киеву, а сама Директория начала разваливаться.
Божко решает пробиться с боями к Киеву, на защиту осажденному советскими войсками городу. Однако на станции Знаменка эшелоны с его воинством были остановлены восставшими против Директории УНР отрядами во главе с атаманом Вирко.
Но рядом со Знаменкой, в Кременчуге, еще держались отряды Директории УНР - гайдамацкие формирования "запорожцев" атамана Волоха. После того как отряд Божко пробился с боем в Кременчуг, Волох вызвал кошевого атамана к себе в штаб и арестовал его. Объяснимой причины этого ареста не было. То ли Волох усматривал в Божко серьезного конкурента на власть, то ли посчитал Божко "красным", то ли просто хотел присоединить его отряд к своему... Не помогло даже общее боевое прошлое. Год назад, в январе 1918 года, Божко, тогда сотник армии УНР, вместе с Волохом оборонял Киев от "красных" войск Муравьева.
Однако атаман Божко был предусмотрительным человеком и знал норов Волоха. Он приказал своему командиру артиллерии начать обстрел штаба Волоха из всех 11 пушек "сечевиков" в случае, если он, Божко, не вернется из штаба Волоха через 5 часов. После того как заговорила артиллерия, Божко был немедленно освобожден. Волох понимал только силу... Вернувшись к своим казакам, Божко решил не выступать на антибольшевистский фронт против "красных", а уйти в "спокойный район" - вглубь Украины, в район Балты, где не было соединений "красных" или петлюровцев и можно было спокойно создавать новое "запорожское" общество.
Божко мотивировал бегство с позиций необходимостью пополнить свой отряд и закончить формирование "Сечи", но причина его бегства была другая: он разочаровался как в политике Петлюры, так и в защитниках Директории УНР типа Волоха. Есть свидетельства того, что Божко был взбешен известием об аресте генерала Болбочана, в котором он видел объединяющую силу и талантливого военачальника.
Создание "Сечи" Божко в уездном местечке Балта в феврале - апреле 1919 года напоминало съемки исторического фильма, действие которого происходило в семнадцатом столетии, маскарад или спектакль "Запорожец за Дунаем". Быт божковской "Сечи" воспроизводил быт казаков Хмельничины. Сам Божко писал гусиным пером, приказал всем казакам брить головы, отращивать "осэлэдэць" и длинные висячие усы. Атаман ввел единую форму "Сечи": высокая меховая шапка со шлыком, жупан со стоячим воротником и большими пуговицами, широкие шаровары и широкий пояс. Казакам Божко запретил играть в карты, пьянствовать, грабить, за что были введены телесные наказания "канчуками" (плетками).
Генерал армии УНР Н. Капустянский в книге "Похiд украiнськоi армii на Кiiв - Одесу в 1919 р." так описал Божко: "... интересная личность, типичный атаманчик высокой марки, к тому же не вполне нормальный, мечтал о гетманстве, естественно, что во главе с собой... За Божко носили булаву (он ее взял из музея имени Поля в Екатеринославе), и он совершил множество разных чудачеств... Его окружал целый отряд авантюристов".
Из Балты Божко стремился контролировать местечки Брацлавщины - Бар, Умань, Саврань, Кодыму и районы Одессы - Ананьев и Бирзулу. Сам Божко в ту пору не признавал никакой власти и говорил, что "стал атаманщиком первой категории, как Петлюра!" Контролируя довольно большой и отдаленный от крупных городских центров сельскохозяйственный район, Бежко вступил в острый конфликт с местным крестьянским "атаманом Савранских лесов" Заболотным.