"Отважный" оппозиционер покидает Самару как раз в тот момент, когда "каша уже была заварена", когда матросы вместе с анархистами, максималистами, левыми эсерами подготовили восстание. Отъезд Дыбенко лишил их авторитетного лидера. Фактически ценой легализации Дыбенко было предательство. 18 мая 1918 года начавшееся восстание "левых" Самары против ленинского диктата и Брестского мира было потоплено большевиками в крови. Несколько недель после этих событий чекисты еще расстреливали оппозиционеров, которые выступали за власть свободных Советов и верили Дыбенко…
За неделю до восстания в Самаре Дыбенко прибыл в Москву и явился в Кремль на суд партийных "богов". Он пообещал хранить молчание относительно "немецких денег" и прочих тайн Кремля, дал слово не заниматься политикой и никогда более не стремиться в народные трибуны. В обмен на это Дыбенко даровалась жизнь: народный суд, проходивший в провинциальной Гатчине оправдал его, но в партии он так и не был восстановлен.
Речь Дыбенко на суде отличалась революционным пафосом и самолюбованием. Призрак Великой Французской революции витал под сводами гатчинского дворца, где проходил суд. Речь своему "орлу" писало лучшее перо партии – перо литератора Александры Коллонтай: "Я не боюсь приговора надо мной, я боюсь приговора над Октябрьской революцией, над теми завоеваниями, которые добыты дорогой ценой пролетарской крови. Помните, робеспьеровский террор не спас революцию во Франции и не защитил самого Робеспьера, нельзя допустить сведения личных счетов и устранения должностного лица, не согласного с политикой большинства в правительстве… Нарком должен быть избавлен от сведения счетов с ним путем доносов и наветов… Во время революции нет установленных норм. Все мы что-то нарушали… Матросы шли умирать, когда в Смольном царила паника и растерянность…" Эти пассажи из выступления подсудимого проливают свет на склоки в первом советском правительстве и на его неуверенность в завтрашнем дне.
Матросы вынесли Дыбенко из зала суда на руках, и снова начались для Павла дни беспробудных кутежей. Ленин тогда шутил: мол, расстрел для Дыбенко и Коллонтай будет недостаточным наказанием, и предлагал "приговорить их к верности друг другу в течение пяти лет". Как в воду глядел лукавый вождь. Менее пяти лет, с большими перерывами и с изменами продержался их странный "первый советский брак".
Хотя Коллонтай многое сделала для оправдания своего любимого, Дыбенко прятался в то время от формальной жены, которая искала его по всем притонам Москвы. Павел просто убегал, когда ему говорили, что жена где-то близко. Наконец, он и вовсе сбежал из Москвы со своим отрядом "братишек" и уехал в Орел к своему брату Федору, что был в этом городе одним из руководителей местного Совета.
Узнав о бегстве "гражданского мужа", Шура Коллонтай решает порвать с ним. Ленин, встретившись с Коллонтай, упрекнул ее за увлечение "недостойным субъектом". Она согласилась с вождем, пообещав больше не встречаться с Павлом. Четыре месяца Коллонтай не встречалась с Дыбенко, хотя ее постоянно тянуло к нему.
Ленин ломал голову над тем, что делать с пьяным "орлом", засевшим в Орле. Во искупление грехов Дыбенко было решено отправить на подпольную работу в оккупированную немецкими войсками Украину. Под псевдонимом Алексей Воронов Дыбенко оказывается в июле 1918 года в Одессе. Однако, побыв там две недели и не связавшись с подпольем, Дыбенко уезжает в Крым. Там через десять дней "подполья" он был арестован как "большевистский лидер". Его держат в кандалах, так как он пытался бежать из тюрьмы. За массовые убийства офицеров в 1917 году ему грозил расстрел. Но уже через месяц, в конце августа 1918 года, советское правительство обменяло Дыбенко на нескольких пленных немецких офицеров. А ведь еще за четыре месяца до этого освобождения большевистская власть хотела расправиться с ним.
В сентябре 1918 года Дыбенко возвращается в Москву. Через десять дней ему дают новое назначение. Важно было держать "орла" подальше от столицы и Балтийского флота. Его направили в "нейтральную зону", что существовала на границе между РСФСР и Украинским государством, для организации сил, которые должны были быть использованы для, захвата Украины. Он получил "крошечную" должность командира батальона, был даже временно комиссаром полка, … хотя, как известно, его исключили из партии. В то же время Дыбенко постоянно конфликтует с комиссарами, которые пытались ограничить его самовластие. В то время Коллонтай запишет в своем дневнике: "Свердлов не скрывает своей антипатии к такому "типу", как Павел, и Ленин, по-моему, тоже".