В канун операции «Барбаросса» (по всей вероятности, опасаясь ударов советской авиации) авианосцу вновь изменили место стоянки — 19 июня начинается его перебазирование, в котором принимают участие буксиры Danzig и Albert Forster, в Штеттен, где он и ошвартовался 21 июня, у пирса прямо перед улицей Хакенштрассе (именно к этому периоду относятся многочисленные сохранившиеся любительские фотоснимки авианосца). Здесь он простоял до ноября, когда Готенхафен снова посчитали безопасным. 10 ноября авианосец покинул Штеттен и после семидневного перехода вернулся в Готенхафен, где он и простоял в доке V до весны 1942 года — в течение этого времени его порой использовали в качестве … плавучего склада ценной древесины.
К началу 1942 года у немецких адмиралов уже не оставалось никаких сомнений в высокой эффективности авианосцев, которая была наглядно и неоднократно продемонстрирована. Например, в ходе британского рейда против базы итальянского флота Таранто, на время парализовавшего итальянские ВМС; успешных действий британской палубной авиации при уничтожении немецкого линкора Bismarck и против кораблей снабжения в Атлантике и, наконец, атаки японскими палубными самолетами американского флота в Перл-Харборе.
Учитывая это, морское руководство неоднократно пыталось убедить Гитлера как главнокомандующего вооруженными силами Германии все же разрешить достройку авианосца Graf Zeppelin и поставку необходимых ему палубных самолетов. Дело сдвинулось с места после доклада фюреру «Об окончании строительства авианосца», который состоялся 13 апреля 1942 года в его ставке «Вольфшанце». Вице-адмирал Кранке доложил фюреру, что постройку корпуса авианосца и монтаж главных механизмов возможно закончить уже летом 1943 года. Наиболее же трудной задачей для полного завершения работ станет оптимизация авиационного оборудования, необходимого для использования на авианосце новых палубных самолетов — истребителей Bf109F и бомбардировщиков Ju 87D. Здесь нужно отметить, что в ходе затянувшейся постройки авианосца состав его авиагруппы несколько раз претерпевал изменения. Первоначально палубным истребителем должен был стать Bf 109T, разработанный на базе Bf 109E, а штурмовиком — Ju 87С, созданный на основе Ju 87B. В качестве легких бомбардировщиков-торпедоносцев предполагалось использовать самолеты Fi 167 и Аг 195.