Тяги, обеспечивающие передачу усилий от рулевой колонки и педалей второго управления, были изготовлены из дюраля и оказались недостаточно прочными. Быстро сработались втулки осей, и управление "разболталось". Уже в марте пришлось признать, что в предъявленном виде эксплуатация двойного управления невозможна. Оба самолета вернули на .завод. Переделки свелись к замене дюралевых труб стальными, установке шарикоподшипников на осях, перекомпоновке приборной доски пилота (правой) и некоторому улучшению обзора у штурмана за счет поднятия его кресла. Но эти изменения не устранили главный недостаток – с места инструктора практически невозможно было посадить самолет, поскольку бронеспинка пилота закрывала сидящему сзади инструктору обзор вперед-влево и вперед- вниз. Повторные испытания, которые самолет Пе-2 № 5/2 с двойным управлением проходил в мае-июне 1941 г. в НИИ ВВС, закончились отрицательными выводами.
С началом войны основное внимание заводов переключилось на выпуск боевых машин в максимально возможных количествах. Обучение в запасных авиабригадах и полках проводилось на самолетах УСБ. Как известно, сроки подготовки пилотов, особенно в начальный период войны, резко сократились. Трехступенчатая система подготовки – самолет первоначального обучения У-2, затем УСБ, а уже после этого боевой Пе-2 – была довольно громоздкой и требовала от обучаемых умения быстро перестраиваться на машины, совершенно различные по технике пилотирования.
Налет на Пе-2 в запасных авиачастях был сравнительно невелик, в связи с чем уровень подготовки летчиков, приходящих во фронтовые части, оказался невысоким. В определенной мере эту проблему можно было решить, создав полноценный учебный вариант Пе-2, использование которого позволило бы изменить структуру налета у вновь подготавливаемых летчиков.
В июле-августе 1942 г. на заводе № 22 изготовили два новых учебных самолета. Один из них, с заводским № 1/102, передали на испытания в НИИ ВВС. Основным отличием новой учебной машины от серийной боевой стала установка кабины второго пилота на месте бензобака № 1. Старые рабочие места летчика и штурмана остались почти без изменений, однако стрелковая установка ФТ демонтировалась, а поверх фюзеляжа за фонарем основной кабины крепился фанерный гаргрот. Над центропланом размещалась кабина инструктора, прикрытая прозрачным фонарем с подобным же фанерным обтекателем в задней части. Такая компоновка обеспечивала решение двух задач: сохраняла почти неизменными рабочие места членов экипажа боевой машины и улучшала обзор для инструктора. Вход в кабину последнего осуществлялся сверху через сдвижную часть фонаря.
Помимо дублирующего управления рулями и элеронами у инструктора имелись переключатели посадочных щитков и триммеров руля высоты и рулей направления. На штурвале второго управления установили кнопку вывода из пикирования, нажатием которой приводился в движение триммер руля высоты, обеспечивающий вывод с перегрузкой 3,5-4 единицы. Тормоза колес управлялись из передней кабины и кабины инструктора. Последний имел также дублированное управление моторами (но не регуляторами шага винтов Р-7), соединенное тягами и рычагами с основным управлением в кабине ученика. Приборное управление в кабине инструктора (довольно скудное) включало указатели скорости и поворота, высотомер, вариометр, гиромагнитный компас и два тахометра. Авиагоризонт и приборы контроля температурного режима винтомоторной группы отсутствовали.
По сравнению со старым учебным вариантом конструкция самолета № 1/101 являлась, несомненно, более удачной – такой вывод сделали в НИИ ВВС. Было рекомендовано выполнить ряд мелких доработок, направленных на повышение надежности второго управления и улучшение условий работы инструктора. С осени 1942 г. учебные Пе- 2 стали малыми партиями изготавливаться на заводе № 22. Их месячный выпуск вначале составлял 2-5 машин, а в марте 1942 г. ВВС заказали уже 100 самолетов Пе-2 в учебном варианте с темпом производства 10 машин в месяц.