Вместо "бомбардировочной" радиостанции РСБ-бис в кабине штурмана установили станцию РСИ-4, обычную для истребителей. Это "нововведение" также вряд ли можно признать удачным. При боевом радиусе 700…800 км дальность связи самолета с землей составляла всего 110 км, а с другими самолетами и того меньше – 50-60 км. Положение еще более ухудшилось из-за снятия с истребительного варианта "пешки" радиополукомпаса, что было сделано с целью облегчения конструкции.
Опытный самолет, переделанный из уже законченного производством серийного бомбардировщика Пе-2 заводской № 391606 (что означало – шестой самолет шестнадцатой серии завода № 39), весил при нормальной загрузке 7860 кг. Масса пустого составляла 5890 кг. На испытаниях в НИИ ВВС Красной Армии удалось получить следующие основные летно-технические характеристики: максимальную скорость на высоте 5000 м – 530 км/ч, потолок – 8800 м и максимальную дальность полета – 2150 км. Эти данные признали удовлетворительными, и уже 14 августа завод № 39 получил распоряжение развернуть серийное производство Пе-3. Сроки внедрения вновь установили очень жесткие. К 25 августа завод должен был собрать пять самолетов по образцу опытного, а начиная с этого дня – полностью перейти на производство Пе 3.
Головной серийный истребитель Пе-3 проходил испытания в НИИ ВВС с 29 августа по 7 сентября 1941 г. Заводские номера самолетов продолжали уже использованные на Пе-2: так, первый серийный истребитель имел № 391902. Полеты производились на Центральном аэродроме в Москве. Они выявили примерно такие же летные характеристики, как и у опытного самолета. Максимальная скорость серийной машины, полученная на испытаниях, составила 535 км/ч.
Интересно сравнить летно-технические данные Пе-3 с характеристиками близкого по конструкции и назначению немецкого истребителя Мессершмитт Bf 110C. При практически одинаковой дальности, скорости полета у земли (445 км/ч) и времени набора высоты 5000 м (8,5…9 мин), "мессер" был на 1350 кг легче и обладал лучшей маневренностью в горизонтальной плоскости (он выполнял вираж на высоте 1000 м за 30 с, а Пе-3 – за 34-35 с). Носовая батарея оружия из четырех пулеметов MG 17 и двух пушек MG FF обеспечивала массу секундного залпа, заметно большую, чем у Пе-3. Вместе с тем, на границе высотности мотора советский истребитель был несколько быстроходнее своего германского оппонента.
Серийное производство Пе-3 разворачивалось с большими трудностями. Комплекты чертежей на ряд узлов подготовить не успели, поэтому первые машины собирались по эскизам, а детали подгонялись по месту. Новые крупные сборочные единицы – бензобаки, носовая установка дополнительного пулемета БК и хвостовая установка ШКАС не были в достаточной степени отработаны, что приводило к сбоям в серийном производстве.
В процессе отстрела носовой установки выяснилось, что плексигласовый кок носка фюзеляжа не выдерживает давления дульных газов и разрушается. Его заменили сначала дюралевым, а позднее стальным. Заметим, что отличия, связанные с ликвидацией части остекления в передней нижней части фюзеляжа, являются важнейшими признаками, позволяющими опознать Пе-3 среди пикирующих бомбардировщиков Пе-2, ведь внешне самолеты были очень похожими.
Наблюдались и некоторые другие дефекты. Гильзы и звенья крупнокалиберных пулеметов, выбрасываемые при ведении огня в воздушный поток, били по передней кромке крыла, нижней поверхности фюзеляжа, образуя царапины, вмятины и рваные отверстия в обшивке. В отдельных случаях гильзы залетали даже в тоннели водорадиаторов. Эксперименты с изменением формы гильзо- и звеньеотводов практически ничего не давали. В итоге решили просто собирать гильзы и звенья в ящики боекомплекта.
По оценке ведущего инженера Макарова и летчика Степанчонка, серийный самолет Пе-3 нуждался в доработках, важнейшими из которых должны были стать:
– увеличение огневой мощи наступательного вооружения за счет установки пушки ШВАК в дополнение к двум пулеметам БК;
– усиление оборонительного вооружения путем замены турельного ШКАСа штурмана на крупнокалиберный пулемет БТ;
– введение бронирования экипажа спереди и увеличение размеров задней бронеплиты штурмана;
– замена радиостанции РСИ-4 на другую, с большим радиусом действия;
– установка на часть машин фотоаппаратов для использования Пе-3 в качестве разведчика.
Однако все эти изменения невозможно было внедрить в серию немедленно, поэтому самолеты пошли в строевые части в том виде, в каком головной серийный Пе-3 проходил испытания. Всего в 1941 г. построили 196 Пе-3 (16 – в августе, 98 – в сентябре и 82 – в октябре). Кроме того, завод фактически изготовил еще один истребитель – тот самый первый опытный заводской № 391606, но во всех документах, относившихся к августу и сентябрю 1941 г., он проходил как "Пе-2 в варианте истребителя". В ноябре завод эвакуировался в Иркутск, поэтому вплоть до апреля 1942 г. выпуск Пе-3 прекратился.