На основе ВММТАУ началось формирование 33 учебного центра переучивания и подготовки лётного состава авиации ВМФ (33 уц авиации ВМФ). О назначении центра говорит его название, но объём и сложность задач, которые ему предстояло решать, постоянно расширялись. В центре изучались поступающие на вооружение ЛА и оружие, его представители участвовали в работе различных комиссий по новой технике, готовили инструкции и рекомендации, обобщали опыт работы частей, они стояли у истоков возрождения и развития корабельной авиации, решали множество других проблем, связанных с повышением боевой готовности авиации и снижением аварийности. Они разгрузили штаб авиации ВМФ и множество его отделов не только от рутинной, но и творческой работы, к которой, впрочем, эти органы и не были способны.
Основные здания штаба 33-го центра, научно-исследовательских отделов и учебные классы располагались в живописнейшем месте г. Николаева на берегу реки Ю. Буг. Многочисленные акации и плодовые деревья, выращенные несколькими поколениями курсантов, украшали значительную по площади территорию, где кроме служебных помещений имелись спортивные сооружения, дом офицеров и жилые дома.
Для лётного переучивания, а в дальнейшем и проведения многочисленных исследований от училища оставили несколько частей: базировавшийся на аэродроме Кульбакино 540-й мтап (инструкторский) на самолётах Ту-16 (командир полка полковник Пикаев). В состав 540-го полка входил также отряд транспортных самолётов. Второй 555-й полк на вертолётах Ка-15 и Ми-4 базировался в Очакове и именовался инструкторско-исследовательским. Командовал им полковник А.П. Писаренко. В течение двух лет в составе центра оставался также полк самолётов Ил-28, переданный в конце 1961 г. в состав авиации ЧФ.
Решение задач, не связанных с переучиванием лётного состава, возложили на четыре научно-исследовательских отдела: боевого применения родов авиации ВМФ; использования РТС и средств РЭБ; эксплуатации авиационной техники; лётно-методический. Научно-исследовательские отделы имели ряд подразделений: экспериментальную лабораторию,переводное бюро, фото- и киностудию, типографию.
При комплектовании научно-исследовательских отделов возникли определённые сложности. Штатные категории офицеров отделов по тем временам считались достаточно высокими: старший офицер-исследователь имел категорию подполковника. Должности лётного состава отделов звучали внушительно: старший ведущий офицер- лётчик, старший ведущий офицер-штурман, лётчик-испытатель и т.п. Должности выглядели привлекательно, и для дослуживания и получения более высоких званий стали прибывать различные волонтёры.
Некоторые ВВС флотов действительно направляли сюда лучших, а другие, наоборот, постарались избавиться от неугодных. Больший вред приносили "гастролёры" – представители различных управлений и отделов штаба авиации, назначенные на руководящие должности, но работавшие в Москве.
Научно-исследовательские отделы, должны были в какой-то мере восполнить утраченный научный потенциал вследствие передачи НИИ № 15 ВМФ в состав ВВС, хотя последний, переименованный в филиал ЦНИИ № 30 ВВС, фактически работал в интересах морской авиации.
Несмотря на то, что у руководителей училища имелись время, силы и средства для подготовки помещений с тем, чтобы научно-исследовательские отделы без промедления приступили к работе, ничего в этом направлении сделано не было. В течение нескольких месяцев пришлось размещаться в случайных, неприспособленных помещениях, благо, что обучение слушателей высших офицерских классов началось только 1961 г.
Работа начиналась в сложных условиях, соответствующими навыками, учебно-методической литературой и лабораториями бывшее училище не располагало. И громадная заслуга полковника М.Е. Литвина, который не пришёлся ко двору чванливым адмиралам, руководившим ленинградской Военно-Морской академией, был направлен в Николаев и возглавил научно-исследовательские отделы.
Доктор Военно-морских наук, профессор, человек исключительной эрудиции, способный разобраться с любой проблемой и найти выход из затруднительного положения, оказать помощь и поддержку безусловно оказался даром свыше для только что образованного центра. Прекрасный организатор, он много времени затратил на то, чтобы научить методике планирования и проведения исследований, их оформлению и другим мелочам, о которых многие не имели понятия. Он буквально запустил работу НИО, включая редакционно-издательский отдел, лабораторию, фотокиностудию и другие подразделения.