Постановлением ГКО СССР путем объединения трех институтов (НИИ ВВС, НИИ СС ВВС, НИИ АВ ВВС), в мае 1944 г. был создан Государственный Научно-испытательный институт ВВС КА (ГосНИИ ВВС КА). Общая численность личного состава ГосНИИ ВВС, (без учета авиабазы) составляла 2524 военнослужащих (в том числе 105 человек летно-штурманского и 939 человек инженерно-технического состава) и 1050 человек вольнонаемных. В завершающий период Великой Отечественной войны институтом выполнено 1787 заданий, испытаны 245 самолетов, включая отечественные И-220, Як-8, Як-10, Як-13, Як-9В, Ла-7Р, Ту-2Д, Ту-10, иностранные – Р-47, Р-63, «Спитфайр», Bf-109, Fw-190 различных модификаций, а также 554 объекта спецоборудования и 405 систем вооружения.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 1 июля 1944 г. ГНИИ ВВС КА награжден орденом Красного Знамени и стал именоваться Государственным Краснознаменным научно-испытательным институтом ВВС.
Первый послевоенный период (1945-1953 г.г.) в деятельности Института был характерен испытаниями модернизированных отечественных, иностранных и трофейных самолетов, а также первых образцов реактивной техники и вертолетов. За период 1945-50 г.г. в ГК НИИ ВВС было испытано более 50 опытных и модернизированных отечественных самолетов и вертолетов. В 1950 г. начались испытания перехватчиков И-320 и Ла-200. В Институте также проходили испытания транспортные и пассажирские самолеты Ил-12, Ил-14, Ил-18, Ту-70. В конце 40- х годов на испытания поступили первые вертолеты Г-3 и Г-4 несколько позже – Ми-1, Як-100, Ка-15, Ми-4, Як-24. Испытания вертолетов в НИИ ВВС заслуживает отдельной статьи, тем более, что испытания вертолетов проводились и по сей день проводятся, в основном, в Подмосковье, а не на основной базе Института в Ахтубинске.
Большой вклад в испытание новой техники внесли летчики: А.Г.Кочетков, А.Г.Кубышкин, Ю.А.Антипов, И.М.Дзюба, Л.М.Кувшинов, Г.А.Седов, Г.А.Тиняков, А.Г.Тереньтьев, А.А.Манучаров, Д.Г.Пикуленко, Трофимов и Б.С.Кладов.
15 августа 1945 года инженер- летчик А.Г.Кочетков вылетел на трофейном Ме-262, это был первый в СССР полет на самолете с ТРД. Мессершмитт был восстановлен на опытном заводе ГК НИИ ВВС. Всего Кочетков выполнил на нем 18 полетов, последовательно наращивая скорость, скороподъемность, высоту. Первая жертва реактивной авиации в ГК НИИ ВВС также связана с Ме-262 – 17 сентября 1946 г. на этом самолете разбился заместитель командира опытной эскадрильи Ф.Ф. Демиза. Позже были восстановлены Me-163 и Ар-234, на ракетном «Мессере» первый полет выполнил В.Е. Голофастов, на «Арадо» – А.Г. Кубышкин. Испытания Ар-234 проводились в Рехлине, бывшем испытательном центре люфтваффе. В феврале 1946 г. у А.Г. Кубышкина в его третьем полете на «Арадо» произошел пожар двигателя. Летчик посадил бомбардировщик на одном двигателе точно на ВПП.
Полеты на трофейных самолетах позволили получить первый опыт эксплуатации реактивной техники. Уже к ноябрю 1946 года была сформирована первая группа испытателей советских серийных реактивных самолетов из девяти летчиков, а 28 по доводке истребителей Р-39 «Аэрокобра» и Р-61 «Кингкобра». Для проведения испытаний самолета Р-61 на штопор в 1944 г. в США были командированы летчики- испытатели А.Г. Кочетков и Ф.П. Супрун. В кабине «Кингкобры» А.Г. Кочетков. Буффало, США, 1944 г.
октября 1946 г. завершились испытания самолета И-310, принятого на вооружение под названием МиГ-9. Ведущим инженером по испытаниям МиГ-9 был Л.С. Розанов, ведущим летчиком Ю.А. Антипов, в испытаниях принимали участие А.Г .Прошаков, А.Т.Кубышкин и Г.А.Седов. Для проведения испытаний на высший пилотаж и прочность серийный истребитель МиГ-9 № 106001 прибыл в ГК НИИ ВВС из Раменс- кого 6 мая 1947 г. Ответственными за проведение данного этапа госиспытаний были назначены ведущий инженер И.Г.Рабкин и летчик- испытатель П.М.Стефановский. В облете машины принимали участие летчики А.Г.Кочетков, А.Г.Прошаков, Ю.А.Антипов, Д.Г.Пикуленко и Л.М.Кувшинов. С июля по декабрь 1947 г. в ГК НИИ ВВС были проведены воздушные бои серийного истребителя МиГ-9 №106005 с самолетами Ла-9, Р-63С-1 «Кингкобра», «Спитфайр IX», Як-15, «156» и Ту-2. В тридцати воздушных боях МиГ-9 продемонстрировал худшую, в сравнении с этими истребителями, маневренность. «Противники» заходили МиГу в хвост на втором- третьем вираже. Уйти МиГ-9 мог, только имея преимущество в скорости. Тем не менее, выполнять свою главную задачу, а именно борьбу с бомбардировщиками противника, МиГ-9 мог вполне успешно, что подтвердили воздушные бои с Ту-2. С 4 по 17 сентября 1947 г. испытания прошел УТИ МиГ-9.