Хвостовая часть фюзеляжа Су-17М2 оставалась практически такой же, как и у Су-17М, а вот головная подверглась значительным переделкам. Изменилась конструкция и расположение шпангоутов с № 1 до № 22 (практически до середины самолета), а от шпангоута № 18 нос фюзеляжа был немного опущен вниз относительно строительной горизонтали и удлинен на 250 мм (на 200 мм от переднего обреза козырька фонаря летчика и на 50 мм за кабиной) с уменьшением площади входа в воздухозаборник двигателя. Эти изменения были вызваны необходимостью улучшения обзора, а также приведения в соответствие пропускной способности воздухозаборника с потребным расходом воздуха через двигатель, поскольку у АЛ-21Ф-3, несмотря на большую тягу, секундный расход воздуха был на 10 % меньше, чем у АЛ-7Ф-1. Ранее, на Су-17М, на который двигатель "вживили" без изменений самого канала воздухозаборника, на земле и в полете до скорости М=1,35 для согласования пропускной способности воздухозаборника и двигателя конус сразу выдвигался на 65 % (так называемое "нулевое положение"). С этой же целью на С-32М2 были уменьшены размеры и изменена форма и конструкция воздухоподводящих каналов, проходивших между кабиной экипажа и обшивкой фюзеляжа, вследствие чего размеры "рабочего кабинета" летчика значительно увеличились. Под носом самолета для установки нового оборудования ввели обтекатель характерной формы, прозванный "бородой".
Кроме удлинения, носовая часть получила измененные по конструкции створки перепуска воздуха и доработанный выдвижной конус воздухозаборника. Также несколько изменили конструкцию гаргрота, схему раскроя и толщину листов наружной обшивки, конструкцию и расположение некоторых отсеков и люков фюзеляжа, доработали конструкцию балки навески двигателя, кронштейнов для установки крыла и ряд других узлов и деталей. Как и на предыдущих модификациях, для защиты летчика от
поражения спереди лобовое стекло состояло из прозрачного двуслойного блока толщиной 25 мм, а стенка шпангоута № 4 (по переднему обрезу неподвижной части фонаря кабины летчика) выполнялась из стального бронелиста. Передняя броня стала мощнее и весила 59 кг, бортовые алюминиевые бронелисты, напротив, сократили и сделали полегче, весом 21 кг.
Много это или мало для машины ударного назначения, можно судить по тому, что на Су-7 Б, соответственно тогдашним требованиям, летчик был защищен в передней и задней проекциях получше, будучи прикрытым спереди бронестеклом толщиной 102,5 мм и пятимиллиметровым стальным козырьком фонаря, а также передними стальными бронелистами толщиной 8 мм и внушительной броней сзади из 20-мм листа дюралевой брони на шпангоуте и 36-мм бронеспинки и заголовника кресла. При этом у МиГ-21 ПФ, использовавшихся в истребительнобомбардировочной авиации, летчику приходилось довольствоваться бронестеклом толщиной 62 мм, трехкилограммовым дюралевым "фиговым листочком" спереди кабины и пятикилограммовым щитком сзади. Между тем по опыту использования авиации в локальных войнах оказалось, что у самолетов ударного назначения одним из наиболее уязвимых "элементов" является летчик, и потребность в улучшении его защищенности в дальнейшем была учтена в организации более эффективной бронезащиты кабины новых модификаций истребителей-бомбардировщиков. Такая направленность в организации защищенности самолетов диктовалась отнюдь не только задачами гуманного характера, но и вполне рационалитстическими соображениями — дееспособный летчик мог спасти даже поврежденную машину, тогда как при его гибели или потере работоспособности при ранении самолет был обречен (не говоря уже о шансах на выполнение задания), даже не имей он повреждений функциональных систем.