Помимо боевых «дырок», случались отказы техники, хотя один из наиболее серьезных случаев, приведших к потере машины, фактически стал следствием недостатков обслуживания. На МиГ- 23МЛД №54 с самого начала «выплывал» дефект в работе механизма разворота колеса (МРК), используемого при рулении. Неисправность проявлялась время от времени, будучи обусловленной износом дюралевых роликов направляющей поворотом стойки. Своевременно его не заметили, и 8 ноября истребитель майора В. Кривошапко потянуло на пробеге в сторону и снесло с полосы. Вылетев на приличной скорости на грунт, самолет понесся на пост радиотехнической службы. Чтобы остановить машину, летчик стал убирать шасси, передняя стойка сложилась, и истребитель зарылся носом в землю у самого ограждения. На самолете оказалась полуоторванной носовая часть, а планер деформировался настолько, что ремонту машина не подлежала.
Двумя неделями раньше при заходе на посадку летчик МиГ-23МЛД №38 капитан К. Ворсин в спешке не выпустил закрылки. Сзади поджимала группа, садившаяся на 10-15 секундных интервалах, в небе до 10 км все было забито снижавшимися самолетами, а малый остаток топлива не позволил уйти на второй круг. Касание произошло на скорости 480 км/ч. Тут же оторвался тормозной парашют, самолет без задержки выскочил за пределы полосы и, прорвав сеть аэродромного тормозного устройства, зацепился за его трос. На этой «привязи» он описал дугу и врезался в обваловку сторожевого поста, где стояла БМП охранения. Сидевшие на броне бойцы кубарем полетели в разные стороны. Обошлось без жертв и раненых, но на зарывшемся в каменистый грунт самолете снесло все антенны и датчики на носу, сильно помяло фюзеляж до кабины, подломилась передняя стойка и даже воздухозаборники были набиты землей. Больше всего пострадало крыло, сместившееся в плане на 4° из-за деформации центропланной силовой рамы, коробка которой была смята, а ее стальная диафрагма 5-мм толщины прорвана в нескольких местах, словно бумажная. На восстановление истребителя ушло два месяца и по бумагам он считался возвращенным в строй. После этого его перегнали на ремзавод в Союз, где при более тщательном осмотре помятый самолет признали не подлежащим дальнейшей эксплуатации.
Следующее происшествие случилось в шиндандском звене. При возвращении с сопровождения бомбардировщиков из-под Кандагара 11 января 1989 г. на МиГ-23МЛД №42 капитана С. Лубенцова отказал подкачивающий турбонасос – лопнула рессора, соединявшая его с коробкой приводов. Двигатель стал захлебываться, летчик несколько раз запускал его в воздухе, но самолет быстро терял высоту и в 110 км от Шинданда Лубенцову пришлось катапультироваться. На КП о катапультировании летчика в пустыне узнали сразу же от его ведомого А. Лактионова. Сопровождая спускавшегося на парашюте товарища, он не удержался от комментария: «Ну, красиво ты оттуда вылетел, зрелище – сила!». Для спасения Лубенцова пришлось разворачивать целую операцию с привлечением Су-25 и вертолетов. Спасение летчика прошло успешно, хотя ему и пришлось провести несколько тревожных часов в ожидании поисковых вертолетов. На счастье, места оказались безлюдными, хотя потом Лубенцов и вспоминал, что вот-вот ожидал «новогодних подарков». Штурмовики, тем не менее, разнесли выезжавшую из лежавшего в удалении кишлака машину, направлявшуюся к месту падения самолета. МиГ-23МЛД капитана Лубенцова стал последним советским боевым самолетом, потерянным в Афганистане.
Аналогичный отказ случился «под занавес», через три недели, когда 120-й иап покидал Афганистан. МиГ- 23 задержались в Баграме дольше остальных, прикрывая отлет соседей – 378-го штурмового полка и 263-й разведэскадрильи. Опасность поджидала авиаторов уже по пути домой. В суматохе вывода уже в новогодние дни из Баграма ушли мотострелки. Десантники 345- го полка выдвинулись на блоки вдоль дороги, обеспечивая прикрытие ухода. Аэродром остался почти без охраны, и удачей было то, что противник не решался штурмовать авиабазу в надежде и без того получить ее едва ли не на следующий день после ухода «шурави».