Сообразуясь с благоприятными отзывами о летных испытаниях, 4 февраля 1916 г. завод Щетинина предложил изготовить и поставить 50 М-9 до 5 июня текущего года. Это предложение было принято. Затем последовал заказ еще на 65 машин (со сдачей серии в августе), позже – еще один на 165 М-9 (сдача в ноябре). На Балтике «девятки» первыми поступили в мае 1916 г. на авианесущий корабль «Орлица», затем – на 2-ю авиастанцию в Кильконде.
С появлением М-9 хорошие характеристики летающих лодок Григоровича обратили на себя внимание не только русского морского командования. 30 июня 1916 г. в Петрограде были получены телеграммы от морских агентов из Лондона и Парижа с просьбой о высылке союзникам чертежей и фотографий М-5 и М-9. Дополнительным подтверждением крупного успеха Д.П. Григоровича стало награждение конструктора в апреле 1916 г. за создание летающих лодок М-5 и М-9 орденом св. Владимира 4-й степени.
В ходе изготовления серии в конструкцию М-9 вносились многочисленные изменения, позволяющие различать эти гидропланы как ранние и поздние типы. Лодки первых серийных самолетов имели в районе редана вогнутое днище с боковыми «жабрами», поэтому получили наименование М-9 с «уширенным реданом». Затем стали строить лодки с небольшой килеватостью днища (до 5°), иногда с дополнительными небольшими накладками вдоль скул в районе редана.
Звездообразный двигатель «Сальмсон» водяного охлаждения с толкающим воздушным винтом устанавливался на деревянной моторной раме, укрепленной стойками, связывающими крылья и фюзеляж. Первый экземпляр М-9 имел сферический обтекатель, прикрывающий расходный топливный и масляный баки, размещенные на мотораме перед двигателем. В дальнейшем расходные баки, каждый по 15 л., разместили в пространстве между крыльевыми стойками. Основной топливный бак емкостью 225 л. находился за кабиной пилотов в фюзеляже. Подача бензина, как и на М-5, осуществлялась благодаря избыточному давлению в баке, достигаемому при помощи насоса. Для контроля означенного процесса имелся специальный манометр, который пилот мог наблюдать, слегка повернувшись назад. Радиаторы водяного охлаждения двигателя размещались по бокам моторамы, использовались два основных типа: коробчатые и плоские, секционные «Хазет».
Серьезным недостатком М-9 оказалось большое лобовое сопротивление звездообразного двигателя «Сальмсон», радиаторов охлаждения и всех деталей мотоустановки, не позволяющих рассчитывать на значительное увеличение полетной скорости. Новые машины развивали 110 км/ч, а побывавшие в эксплуатации, и с изношенными двигателями, летали со скоростью, не превышавшей 100 км/ч.
В 1917 г. в носовой части М-9 в качестве эксперимента устанавливали 37-мм пушки производства Обуховского завода, показавшие хорошие результаты. Тогда же в воздухе испытывались первые образцы своеобразных безоткатных трехдюймовых пушек (обративших на себя внимание Григоровича), ракет Ле-Приера, радиостанций различных систем, другого оборудования.
После появления М-9 немцы модернизировали свой поплавковый «Фридрихсгафен» FF (у нас в документах его обозначали как «Альбатрос», а русские летчики называли его «жуком»), и он стал развивать скорость 150-160 км/ч, а с более мощными моторами – до 170 км/ч. Отдельные серии немецких гидропланов, помимо заднего оборонительного пулемета, оснащались еще и синхронным пулеметом. Таким образом, прежде всего на Балтике, русским летчикам противостоял серьезный воздушный противник.
В ноябре 1916 г. русским морякам удалось захватить подбитую и севшую на воду немецкую машину. Ее испытали в воздухе совместно с М-9 на 3-й станции в Ревеле. Результаты оказались неутешительными, о чем немедленно последовало донесение в Морской генеральный штаб: «В течение последних дней были произведены полеты на пленном немецком «Альбатросе» совместно с нашими аппаратами, которые показали, что, во-первых, «Альбатрос» имеет значительные преимущества в скорости по сравнению с ЩС (М-9) как в горизонтальном полете, так и в подъеме на высоту. Превышение скорости равняется, примерно, 15-20 км/ч…».