В феврале 1992 г. Б.Н.Ельцин огласил указ о завершении производства бомбардировщиков Ту-95МС и возможности остановки сборки Ту-160 при условии, если США прекратят выпуск бомбардировщиков В-2 (их планировалось построить 100 экз.). Однако это предложение не встретило адекватной реакции. Кроме того, с распадом СССР Россия фактически осталась без новых стратегических бомбардировщиков. Это вынудило ее продолжить выпуск столь дорогостоящих самолетов, начавших поступать на вооружение 1096-го полка тяжелых бомбардировщиков в г. Энгельсе. Туда же стали переводиться офицеры из Прилук (всего в 1992-93 гг. российские ВВС пополнили 720 летчиков с Украины).
Надо отметить, что изначально и планировалось передать первые самолеты в Энгельс, 184-й авиаполк рассматривался как резервный, однако жизнь распорядилась иначе. Ранее 1096-й ТБАП имел на вооружении бомбардировщики конструкции В.М. Мясищева М-4 и ЗМ. Рядом с ним располагался 1230-й полк самолетов-заправщиков ЗМС-2. 16 февраля 1992 г. в Энгельсе приземлился первый Ту-160, который пришлось на полгода законсервировать - некому было летать. К маю 1096-й ТБАП имел уже три Ту-160, но первый вылет состоялся только 29 июля.
Машину поднял в воздух инспектор ДА подполковник Медведев. Параллельно шло переоборудование аэродрома - все наземное имущество, тренажеры и средства подготовки самолетов остались в Прилуках, и теперь требовалось все обустраивать заново.
Четвертая машина поступила в Энгельс в начале 1993 г. Для усиления полка в его «актив» предполагали передать шесть бомбардировщиков туполевской фирмы и ЛИИ, пусть даже и успевших порядком выработать ресурс в испытательных полетах, однако этого не произошло. Первый пуск крылатой ракеты Х-55 выполнил 22 октября 1992 г. экипаж командира полка подполковника А. Жихарева. На следующий день такие же учебные стрельбы провел экипаж подполковника А. Малышева.
Несмотря на все трудности, ДА России сумела сохранить подобие боеспособности. Даже в наиболее тяжелом 1992 г. российские «дальники» поддерживали классность, имея налет 80-90 ч в год - вдвое выше, чем во фронтовой авиации. Что касается Ту-160, то они приняли участие в масштабных учениях «Восход-93» в мае 1993 г., в ходе которых отрабатывался маневр авиационными силами при быстром реагировании на угрозу. Большая дальность Ту-160 позволила им усилить одно из стратегических направлений и поддержать группу Су-24 и Су-27, перебрасывавшихся на Дальний Восток (хотя пуск ракет пришлось лишь обозначить - в Забайкалье не нашлось для них подходящих полигонов). Реальный пуск, притом модернизированной Х-55М с увеличенной дальностью, произвели в ходе учений Стратегических ядерных сил 21-22 июня 1994 г., которые инспектировал президент Ельцин. Помимо группы Ту-160, успешные пуски по полигону Кура на Камчатке произвели наземный комплекс «Тополь» и подводный крейсер Северного флота типа «Тайфун».
Положение Ту-160 в ВВС России представляется небезоблачным. Производство этих машин в Казани, после передачи ангельскому полку пяти самолетов, забуксовало (всего на заводе в разной степени готовности находилось восемь машин). К хозяйственным неурядицам добавились финансовые трудности Министерства обороны, бюджет которого предполагает прежде всего поддержание боеспособности действующей армии и финансирование перспективных разработок. Колоссальные затраты, поглощаемые серийным производством Ту-160, представляется более разумным направить на работы, отвечающие требованиям завтрашнего дня и позволяющие сохранить потенциал «оборонки». Одним из возможных вариантов «семидесятки» может стать тяжелый истребитель сопровождения Ту-160П, вооруженный ракетами класса «воздух-воздух» большого и среднего радиуса действия. На авиасалоне в Париже в 1991 г. был представлен Ту-160СК - вариант гражданского применения самолета. В этом варианте он может использоваться как первая ступень воздушно-космического комплекса «Бурлак», разработанного в НПО «Радуга» (изначально эта военно-космическая программа была направлена на восполнение орбитальной группировки при выводе из строя космодромов в Плесецке и Байконуре). Ракета-носитель подвешивается под фюзеляж и запускается на высоте около 12 км, что позволяет сделать ее более легкой. Система сможет выводить на околоземную орбиту грузы массой от 300 до 700 кг и является ответом на американскую систему «Пегасус».