Ту-22 изначально не предназначался для ночных полетов строем и не имел соответствующего оборудования. Однако подобные задания входили в программу боевой подготовки, что было сопряжено со значительным риском. Так, ночью 25 июля 1969 г. уже после выполнения задания над аэродромом 199-го ОГДРАП столкнулись два Ту-22Р: гвардии к-н Феоктистов таранил самолет своего ведущего гвардии подп-ка Лиськова. Экипаж ведущего благополучно катапультировался и уже через 15 мин. объяснялся на КП. Феоктистов катапультировался, не дав команду штурману и оператору, которые до самого столкновения с землей безуспешно запрашивали командира: «Когда же прыгать?...». Их машина врезалась в землю примерное 100 мот ВПП. Поврежденный самолет Лиськова еще 52 минуты продолжал полет на автопилоте, выполняя левые виражи. Постепенно он сместился к Нежину и со все возрастающим креном продолжал свой страшный трюк, направляясь вдоль главной улицы спящего города в сторону железнодорожной станции. Поднятые из Василькова перехватчики сбивать самолет над Нежином не решились. Над вокзалом крен неуправляемой машины достиг критического значения, и она, свалившись в штопор, упала в болото в 500 м от станции.
Летные происшествия случались и, казалось бы, по невероятным причинам, в частности, из- за подрыва на собственных бомбах. Так, в ночь на 2 апреля 1976 г. экипаж гвардии к-на Заики выполнял бомбометание на полигоне Карангайский в 70 км северо-восточнее Кизляра. При сбросе серии из шести ФОТАБ-250-215 одна бомба взорвалась в самолете, разломив его пополам. При катапультировании командир и оператор, неуспев зафиксировать руки, получили травмы. Оператор приземлился в 30 км от Кизляра, перевязал сломанную руку и на попутной машине приехал в больницу, где дежурным врачом в ту ночь был... его родной брат. Для летчика все также закончилось благополучно. Штурман погиб: перед бомбометанием для удобства прицеливания он снял плечевые ремни и во время падения машины не сразу смог их надеть, а когда катапультировался - высота оказалась слишком мала... После этого случая в Ахтубинске провели специальные испытания ФОТАБ-250-215, окончившиеся аналогичной катастрофой. Применение таких бомб в дальнейшем было запрещено.
В ходе боевой учебы каждый экипаж ежегодно должен был выполнить не менее двух полетов на сверхзвуке. Как правило, на этом режиме самолет находился не более 10 мин. Выполнялись маневры, включая крены до 60°, пуски ракет и бомбометание. Обычно ударная волна от летящего на большой высоте самолета не представляет опасности для людей и построек, однако в начале 70-х гг. произошел случай, в прямом смысле «наделавший шума». На высоте 11000 м нежинский Ту-22Р пролетел на сверхзвуковой скорости над г. Сумы. На беду состояние атмосферы в тот вечер оказалось аномальным, и ударная волна сохранила свою разрушительную силу до земли. Вылетели не только стекла в жилых домах, но даже толстые витрины универмага и ресторана в центре города.
У земли полеты на сверхзвуке из-за ограничений по прочности не выполнялись. Однако в программу боевой подготовки экипажей входили маловысотные полеты на больших дозвуковых скоростях. Не имеющий системы следования рельефу местности и строгий в управлении Ту-22 буквально «выматывал» летчика на таких режимах. Естественно, случались летные происшествия. Так, 12 апреля 1978 г. при выполнении полета на сверхмалой высоте над белорусским полигоном Полесское самолет гвардии к- на Михалева отстал от ведущего. При попытке догнать машину командира летчик не справился с управлением и его Ту-22Р врезался в землю.
Как боевой комплекс Ту-22 удалось довести к началу 70-х годов. Надежность самолета значительно возросла, и хорошо освоившие машину летчики, сравнивая ее с Ту-22М, говорили: «Случись что - в бой я бы пошел на Ту-22».