С мая 1985 г. иракские самолеты, в том числе и Ту-22, вновь начали бомбить Тегеран, Исфахан, Шираз и др. иранские города, а также нефтяной терминал на острове Харг. Например, за 16 дней конца мая-начала июня было совершено 23 налета на Тегеран. В ответ Иран подверг Багдад ракетному удару и нескольким авианалетам. Так началась «война городов», продолжавшаяся с перерывами до конца конфликта. Иракские летчики, столкнувшись с усилившейся ПВО противника, смогли убедиться в хорошей боевой живучести Ту-22. Так, известен случай, когда пущенная с иранского «Фантома» ракета разрушила у бомбардировщика половину ГО. Экипаж ощутил удар и некоторое ухудшение продольной управляемости, однако благополучно привел самолет на базу. В другом случае осколками ракеты ЗРК «Хок» был серьезно поврежден низ фюзеляжа, но и эта машина благополучно вернулась домой. В марте 1988 г. Ту-22 включились в «танкерную войну». 19 марта их экипажам удалось поджечь два иранских супертанкера: «Авай» (водоизмещение 316379 т) и «Санандай» (253837 т). Погибло более 50 человек.
Когда во второй половине 1988 г. война окончилась, в составе ВВС Ирака насчитывалось всего 5 Ту-22. В январе 1991 г. средства массовой информации США заявили, что в ходе операции «Буря в пустыне» эти самолеты уничтожены на земле авиацией коалиционных сил. Однако, по данным журнала Flight International, на начало 1995 г. ВВС Ирака располагали четырьмя Ту-22. О техническом состоянии этих машин не сообщалось. В начале нынешнего года иракцы заявили, что им удалось привести свои Ту-22 в боеспособное состояние.
В конце 70-х гг. началась постепенная замена Ту-22 в разведывательных авиаполках ВМФ СССР. Черноморцы перевооружились на Ту-22М2. Летчики Балтфлота, передав старую технику в Зябровку, получили взамен фронтовые бомбардировщики Су-24.
Ту-22 46-й ВА дослужили до распада СССР. В начале 1992 г. соединения дальней авиации на территории Белоруссии перешли под юрисдикцию России. В 1994 г. авиаполки из Зябровки, Барановичей и Мачулищ расформировали, а Ту-22 перебазировали в Энгельс. Там 63 машины из 92 прибывших поставили на консервацию. Остальные, в соответствии с договорами о сокращении наступательных вооружений, постепенно передаются на уничтожение.
Украина унаследовала около 30 ракетоносцев и 30 разведчиков Ту-22[* Маначинський О.Я. та ін. Збройні Сили України. Стан та проблеми розбудови. Київ, Національний ін-т стратегіч. досліджень, 1994 р.]. Самолеты, выработавшие ресурс, в настоящее время передаются на утилизацию. Оставшиеся продолжают состоять на вооружении. Их экипажи укомплектованы настоящими профессионалами, например, в нежинском полку на момент образования Вооруженных Сил Украины большинство летчиков и штурманов имело первый класс. Нехватка топлива, запчастей и другие известные трудности привели к значительному снижению интенсивности полетов. Несмотря на это, авиаторам удается поддерживать высокий уровень подготовки, что подтверждают действия экипажа Ту-22Р в составе: командир подп-к Э.С.Колупанов (из Озерного), штурман - старший штурман полка подп-к Б.Г.Насрутдинов, воздушный оператор - м-р А.Ф.Ковалев. 25 мая 1995 г. после выполнения задания над нейтральными водами Черного моря на их самолете отказал двигатель. По расчетам штурмана долететь до Нежина не удавалось, и летчик мастерски посадил неисправную машину на запасном аэродроме под Одессой.
В современной Украине Ту-22Р выполняют и народнохозяйственные задачи. В сложившейся ситуации воздушные разведчики оказались способны зарабатывать столь недостающие сейчас армии средства, выполняя фотосъемку для картографирования, геодезии и землеустройства, проводя мониторинг стихийных бедствий.
Со дня первого взлета Ту-22 прошло около 40 лет. Из почти десяти типов сверхзвуковых бомбардировщиков, появившихся в мире до середины 60-х гг., только «двадцать второй» до сих пор состоит на вооружении. Сверхзвуковой долгожитель имеет все шансы встретить в строю третье тысячелетие.