Практически за всеми обнаруженными ПЛ выполнялось слежение различной продолжительности. Имеется возможность проанализировать его качественные показатели, допуская, что донесения экипажей самолетов и записи бортовых средств объективны. При таких условиях на час слежения за ПЛ, скорость которой не превышает 10 узлов (18,5 км/ч), экипажи расходовали до 40 буев (до 1970 г.). В последующие годы средний часовой расход снизился на 25-30% и составил 28-30 буев. В это количество включены и РГБ, которые выставляли охватывающим барьером относительно точки первичного обнаружения. Периодичность гидроакустических контактов составляла 15-30 мин. Час слежения, без учета расхода топлива, обходился в 22,4-30 тыс. руб. (стоимость буя РГБ-НМ - 800 руб.). Для сравнения: час слежения самолетами Ил-38, расходовавшими за это время до 20 буев, составлял 64 тыс. руб.
О вкладе экипажей Бе-12 в боевую службу свидетельствует следующий показатель. Налет авиации флотов на боевую службу по поиску ПЛ с 1965 по 1981 гг. составил 81124 ч, из которых 37205 ч - на Бе-12. Последний пик активности применения Бе-12 на боевой службе приходится на 1989-1990 гг. Так, в 1989 г. экипажи Бе-12 обнаружили 29 иностранных ПЛ. Степень достоверности осталась на прежнем уровне. После 1991 г. количество вылетов на боевую службу резко сократилось.
В целом самолет-амфибия, не отличавшийся передовыми технологиями, относится к изделиям, о которых принято говорить: "неладно скроен, но крепко сшит". В пользу подобного утверждения свидетельствуют статистические данные за 15 лет эксплуатации Бе-12 в авиации ВМФ (с 1974 по 1988 гг.). Налет за этот период составил более 182 тыс. ч при очень малом числе летных происшествий.
Первая катастрофа произошла 26 сентября 1969 г. на ТОФ. Ночью в сложных метеоусловиях при выходе на бомбардировочный полигон после полета по маршруту в море Бе-12 врезался в сопку Авачинскую (высотой 2750 м) вблизи Петропавловска-Камчатского вследствие неудовлетворительной организации руководства полетами. Вторая катастрофа Бе-12 не была летным происшествием в полном смысле. 3 июня 1971 г. на полевом аэродроме Леонидово командир отряда, военный летчик 1 класса м-р А.И.Жиляков при переруливании с одного места стоянки на другое допустил спешку, не включил систему торможения и не проверил работоспособность управления хвостовым колесом. В результате амфибия развернулась на 180° и столкнулась с рядом стоящим самолетом. Обе машины сгорели, экипаж рулившего Бе-12 получил ожоги различной степени, а штурман скончался в госпитале.
20 июля 1972 г. днем в штиль потерпел катастрофу Бе-12, пилотируемый командиром 318-го ОПЛАПДД летчиком 1 класса п/п-ком Ф.И.Пономаренко. Выполнив упражнение по слежению за ПЛ, командир принял решение произвести тренировочные посадку и взлет в море в районе боевой подготовки флота. После плавного приводнения на пробеге при скорости 160 км/ч самолет носовой частью столкнулся с плавающим предметом и получил пробоину. Под напором поступающей воды передняя кабина разрушилась, самолет перевернулся. Четыре члена экипажа погибли, а воздушного радиста, находившегося в кормовой кабине, подобрали моряки. В районе происшествия была найдена полузатопленная дубовая колода для разделки мяса, окованная железными обручами.
Известны и другие случаи разрушения лодки Бе-12. Впервые это произошло еще в период испытаний амфибии. Экипажу летчика-испытателя Е.Никитина предстояло определить предельное состояние водной поверхности, при котором возможно взлететь. Машина то зарывалась носом в воду, то поднималась на гребень волны. Обнаружив, что вода стала заполнять один из отсеков, Никитин мгновенно прервал взлет, что позволило предотвратить катастрофу. В 1970 г. из-за повреждения корпуса лодки потерпел аварию самолет, пилотируемый командиром эскадрильи авиации СФ м-ром Шатило. Посчитали, что причиной послужило бревно, которое, правда, обнаружить не удалось. На том же флоте 27 августа 1984 г. Бе-12 к-на Наумова при взлете с воды стал резко уклоняться вправо, затем развернулся влево на 160° сначала с правым, а затем с левым креном и отбил оба поплавка. В лодку начала поступать вода, но Бе-12 осталась на плаву. Гипотетическое "бревно" и на этот раз не обнаружили.