Для высадки десантов Ми-6 использовались редко. Очевидно, командование опасалось больших потерь в случае сбития такого вертолета, ведь на борт «шестого» брали в 2 раза больше личного состава, чем на Ми-8. Если все же Ми-6 привлекались к боевым операциям, то шли во второй волне и садились на уже захваченные площадки. Так было в 1982 г. в Панджшере, в 1985 г. в районе Мазари-Шарифа, когда, кроме личного состава, были доставлены артиллерийские орудия, автомобили ГАЗ-66 и УАЗ. Участвовали Ми-6 и в скандальноизвестной высадке в районе Рабати-Джали (1982 г.), когда по ошибке десантники оказались заброшены на территорию Ирана. Уже при возвращении с задания душманы подбили машину м-ра Рыжова, когда та пролетала над зеленой зоной. Экипажу удалось совершить вынужденную посадку. Сразу же пришлось занять круговую оборону -со всех сторон лезли «духи». Надежды на спасение таяли: возвращавшиеся с той же высадки Ми-8 проходили один за другим и не садились. Однако такое поведение объяснялось просто - последней в группе шла машина ПСС, которая и забрала экипаж Рыжова. Оставленный Ми-6 на следующий день был расстрелян парой «восьмерок».
Специфика применения Ми-6 сделала практически бесполезным бортовой пулемет А-12,7. Его углы горизонтальной наводки составляли всего 30° вправо-влево, а обстрелам вертолеты подвергались в основном из задней полусферы. Правда, иногда к помощи пулемета прибегали штурманы для определения направления ветра перед посадкой на необорудованную площадку. По земле давалась короткая очередь, ветер сносил поднимавшуюся пыль, направление движения которой позволяло сориентироваться. Среди тех, кому довелось использовать «главный калибр» Ми-6, оказался и Валерий Леонтьев: после одного из афганских концертов авиаторы дали ему пострелять для полноты ощущений.
Прочная конструкция Ми-6 была весьма устойчива к боевым повреждениям. Большой вертолет, летящий относительно низко и медленно, представлял собой заманчивую мишень. Часто прострелы лопастей и фюзеляжа автоматными пулями обнаруживались лишь после посадки. Попадания же крупнокалиберных пуль не заметить в полете было просто невозможно. Однажды при возвращении из Бамиана в Кабул летчики решили «срезать крюк» и пошли не по ущелью, а через горный ледник. Забравшись на 6000 м и преодолев, казалось бы, самый опасный участок маршрута, они начали снижение и уже видели в дымке Кабул, когда из расположенного на склоне горы кишлака по вертолету выпустили очередь из ДШК. По борту машины забарабанило, словно кто-то с дьявольской силой лупил огромной кувалдой. Дыры от таких попаданий остались внушительные, однако полет закончился благополучной посадкой в афганской столице. Но война есть война, и избежать потерь было невозможно, тем более, что средства ПВО противника из года в год совершенствовались, а действия моджахедов становились все более дерзкими. В 1984 г. Ми-6 (командир экипажа Т.Г.Шевченко) был сбит прямо над аэродромом Кандагар.
Ми-6 на площадке Пули-Хумри. Вдали виден перевал Саланг. Январь 1987 г.
Это произошло во время утреннего построения на глазах у всего полка. Никто не услышал ни выстрелов, ни взрыва. Вдруг от набиравшего высоту вертолета отделились пять парашютистов, после чего машина перевернулась и упала рядом с авиабазой. Из находившихся на борту никто не погиб, но их злоключения на этом не окончились - через некоторое время экипажу Шевченко еще раз пришлось покидать сбитый вертолет.