Учитывая весьма неблагоприятную для СССР международную обстановку, подготовка экипажей Ил-28 велась очень интенсивно. Отрабатывались полеты в любых метеоусловиях, днем и ночью. Много внимания уделялось совершенствованию приемов и тактики боевого применения, слетанности в группах. Летчиков обучали действовать в плотных боевых порядках в составе звена, эскадрильи и полка, при этом дистанция между самолетами в звене не превышала 40 м, а между звеньями - 80 м. По мере роста мастерства пилотов стали практиковать одновременный взлете грунтовых полос от трех до девяти самолетов в боевом порядке клин. Для подготовки экипажей к действиям вне своих баз проводились перелеты на полевые аэродромы и глобальные многодневные рейды, когда, например, Ил-28 63-й АД ПрикВО улетали аж в Среднюю Азию на аэродромы Мары и Карши. По дороге они обслуживались летными экипажами на базах. однотипных самолетов и отрабатывали элементы боевого применения на незнакомых полигонах.
Бомбометание выполнялось с горизонтального полета с высот от 100 м до 10000 м как одиночными экипажами, так и в группе, с индивидуальным прицеливанием и по команде ведущего. Особым пунктом боевой подготовки являлось бомбометание с прицеливанием с помощью ПСБН по специально выложенным радиоконтрастным целям. На плотно заселенной территории европейской части СССР большинство полигонов находилось в относительной близости от населенных пунктов, электростанций, сельскохозяйственных станов и машинных дворов, отметки от которых на экранах бортовых РЛС были схожи с учебными целями. Это становилось причиной ошибок экипажей и сброса бомб на цивильные объекты. Благо, как правило, учебные упражнения выполнялись практическими бомбами, основное содержимое которых составляла сажа. Но однажды ночью жертвой такой ошибки могли стать сотни жителей Львова. Экипаж взлетевшего из Станислава (ныне Ивано-Франковск) Ил-28 перепутал цели и вместо полигона в районе Каменки-Бугской вышел на спящий город. Когда бомболюк был уже открыт и до сброса боевой ФАБ-1000 оставались считанные секунды, штурман оторвался от экрана и взглянул вниз…
Немало места в подготовке летного состава отводилось полетам, в которых отрабатывалось преодоление рубежей наземных средств ПВО, а также отражение атак истребителей вероятного противника. В роли последних выступали МиГ-15 и МиГ-17. Учебные воздушные бои с ними показали, что справиться с "двадцать восьмым" истребителю, оснащенному только пушками, очень сложно. При атаках из передней полусферы большая скорость сближения в сочетании с относительно небольшой прицельной дальностью стрельбы и необходимостью учета возможности попадания под огонь двух неподвижных НР-23 не оставляли летчикам МиГов никаких шансов на успех. Высокие скорость и маневренность Ил-28, наличие эффективной кормовой оборонительной установки позволяли их экипажам успешно отражать атаки и с задней полусферы. С появлением сверхзвуковых МиГ-19 ситуация не изменилась.