Однако передача И-250 на Госиспытания вновь задержалась по причине отсутствия силовой установки с требуемым ресурсом. 28 июля с завода №466 поступили два мотора ВК-107Р с 25-часовым ресурсом, которые планировали установить на самолеты №3810108 и №3810109, после чего передать первый на ЛИС завода №155 для подготовки к участию в воздушном параде 18 августа. Но только 8 августа, после устранения выявленных дефектов представители ОТК завода №155 приняли эту машину у завода №381. Таким образом, сроки были вновь сорваны. Лишь 11 августа летчик-испытатель И.Т.Иващенко впервые поднял И-250 №3810108 в воздух, но в полете из-за пробоя прокладки выхлопных коллекторов прогорели провода зажигания. В результате три дня самолет простоял в ремонте. А вскоре машину пришлось вернуть на завод №381 для установки нового мотора и усиленного маслорадиатора. В связи с этим вопрос об участии в воздушном параде по случаю Дня авиации отпал сам собой. Работы планировали завершить к 15 сентября, и после контрольных полетов все же передать машину в ГК НИИ ВВС. Приказом МАП №606 от 5 сентября для проведения летных испытаний первого самолета И-250 из числа опытной серии был утвержден экипаж в составе летчика-испытателя И.Т.Иващенко, ведущего инженера В.Н.Сорокина, механика В.М.Белякова и моториста М.М.Анисимова.
Между тем, завершалась сборка И-250 №3810109, который после облета тоже собрались передать на Госиспытания с целью сокращения сроков их проведения, а также машины №3810105. Но если последней с силовой установкой повезло – на земле с включением ВРДК она работала удовлетворительно, и самолет передали в окраску, то у №3810109 возникла проблема. 21 сентября при гонке на земле не работал весь левый блок цилиндров ВК-107Р. При осмотре фильтров карбюратора обнаружили их сильное загрязнение ржавчиной, окалиной и песком. Причем, после проверки других машин в таком состоянии оказались моторы еще на двух самолетах, находившихся в сборочном цехе. В связи с этим с завода №466 пришлось вызвать бригаду для проверки и отладки моторов.
А тем временем приказом МАП №576/к от 20 августа 1946 г. директором завода №381 назначили Л.П.Соколова, который с 20 сентября приступил к выполнению новых обязанностей. К началу октября на самолетах №3810105 и №3810109 летчики-испытатели завода №381 Н.К.Федоров и С.Г.Петухов выполнили по три полета. Поскольку матчасть работала удовлетворительно, было решено отправить самолеты в ЛИИ для подготовки летного состава ВВС к ноябрьскому воздушному параду. 2 октября Федоров перегнал борт №3810105 на аэродром ЛИИ. Однако при посадке из-за плохой видимости и сильного бокового ветра самолет в конце пробега задел крылом за поверхность ВПП, получив при этом незначительные повреждения. В связи с этим перелет №3810109 отложили на следующий день, а в ЛИИ направили ремонтную бригаду. Плохая погода помешала и началу летных испытаний машины №3810108, у которой 30 сентября завершили отработку ВМГ. Кроме того, к 1 октября на заводскую ЛИС поступила машина №3810106, а остальные находились в процессе окончательной сборки.
9 октября на аэродроме завода №381 уже находились три самолета: №№ 3810103, 3810106 и 3810108. Перегон последнего в ЛИИ задерживался, так как в контрольном полете накануне Федоров перед посадкой попытался открыть фонарь, но замок заело, и ему пришлось использовать аварийный сброс.
К 30 октября все восемь самолетов опытной серии наконец сдали представителям ВВС. Таким образом, даже пересмотренный план выпуска И-250 на 1946 г., предусматривавший выпуск 21-й машины, был выполнен только на 38%. Фактическая стоимость изготовленных самолетов составила 3057000 рублей за единицу. В итоге деятельность завода №381 в 1946 г. тоже признали неудовлетворительной.
Попутно отметим, что на 1946 г. было запланировано форсировать силовую установку Э-30-20, увеличив ее тягу у земли на скорости 720 км/ч с 680 до 820 кгс. Однако создание Э-30-20Ф так и не начали по причине недостаточного количества конструкторов в КБ и пропажи интереса к комбинированным силовым установкам у руководства ЦИАМ.
5