Уничтожение нейтрального самолета с дипкурьерами -опять международный скандал! Не многовато ли для «жизнедеятельности» одного полка всего лишь за полгода? И Политуправление Балтфлота оперативно «назначило виноватого»: «… командир полка не способен контролировать подчиненных должным образом. Бидзинашвили в прошлом году получил строгий выговор за партийную невоздержанность – был не согласен с мнением парткомиссии в кадровых вопросах, сильно разгорячился и выложил свой партбилет… Оказался прав, поэтому взыскание недавно снято. Однако все же следует подумать о его замене более сознательным и перспективным командиром…». В октябре 1940 г. приказом Наркома Военно-Морского Флота п-к Бидзинашвили был уволен в запас по статье 43.
18 февраля 1941 г. он стал летчиком-испытателем иркутского авиазавода №125. Весной на этом предприятии начали разворачивать производство пикировщика Пе-2. Для его скорейшего освоения решили одну из первых «пешек» московского выпуска перегнать в Иркутск своим ходом. В перелете для разработки методик серийных заводских испытаний требовалось оценить пилотажные и посадочные характеристики, удобство эксплуатации и т.п. Кроме того, было желательно, чтобы летчик-перегонщик имел боевой опыт и мог предсказать возможные «детские болезни» машины, которые могут проявиться только на войне. В то время на иркутском авиазаводе такой летчик был один – Бидзинашвили. В конце весны он был направлен в Москву вместе с бортинженером П.Немшиловым и радистом П.Крейсиком. Перелет совершили с несколькими промежуточными посадками. Уже после первых двух Бидзинашвили отмечал, что для строевых летчиков новый самолет будет проблемным на посадке, т.к. база шасси не обеспечивает достаточной устойчивости. Кроме того, компоновка штурманской турели не позволяет установить крупнокалиберный пулемет, а он скорее всего потребуется. Его прогнозы полностью подтвердились всего лишь через два месяца.
С первых же дней войны Бидзинашвили стал настойчиво требовать отправки на фронт, но его опыт был очень нужен заводу, и рапорты неизменно отклонялись. В октябре в Иркутск эвакуировали московский завод №39. Объединенному предприятию, получившему этот номер, требовалось не только увеличить выпуск бомбардировщиков, но и начать производство дальних истребителей Пе-3, причем доработать их конструкцию с учетом боевого опыта первых месяцев войны. Пе-3 предполагалось активно применять во флотской авиации, а особенности морского самолета вряд ли кто-то знал лучше Бидзинашвили. В феврале 1942 г. Шио Бидзиновича назначили начальником заводской летно-испытательной службы.
Во многом благодаря ему сибиряки не побоялись пойти на серьезные конструктивные доработки самолета без всяких переходных серий, на которых потеряли время казанские коллеги. Обновленные Пе-3 получали турель с крупнокалиберным пулеметом, усиленное бронирование, шасси с увеличенной базой, предкрылки. Большинство новшеств параллельно внедрялось и на Пе-2.
Бидзинашвили делился с заводскими летчиками и специалистами ЛИСа своими знаниями и умением выявлять «будущие фронтовые болезни» самолетов. Великолепный специалист, до тонкостей знающий свое дело, он был человеком высокой принципиальности и требовательности, необычайной силы воли и хладнокровия. Твердо зная, что в авиации мелочей не бывает, он был суров к тем, кто допускал в работе спешку, которая могла привести к непростительным ошибкам и соответствующим последствиям. Был случай, когда Бидзинашвили чуть не отдал под суд авиатехника, который зачерпнул бензин из цистерны грязным ведром. После этого аэродромная братия за глаза называла его «Бензиныч». Впрочем, ходила байка, что это прозвище он сам и придумал – «для простоты произношения отчества». Товарищи по работе ценили его тонкий юмор, он умел создать атмосферу, в которой царили взаимопонимание и дружеская поддержка.