Эксплуатация строевых машин не выявила неожиданностей. Для летчиков новый самолет был в целом подобен хорошо знакомому L-39, а использование компьютерной диагностики бортовых систем облегчило жизнь техникам. Крупные ЧП случились дважды: 14 ноября 2001 г. после отказа БРЭО на двух самолетах была временно приостановлена эксплуатация всего парка машин, а в январю 2004 г в летном происшествии был потерян один самолет. В настоящее время все 71 L-159А базируются на авиабазе Часлав и организационно входят в состав 212-й АЭ из 21-го тактического авиакрыла. В активной эксплуатации находятся 47 самолетов, а оставшиеся составляют резерв. В июле 2004 г. ВВС Чехии объявили о планируемом сокращении парка L-159A – до 18 в эксплуатации и до 6 в резерве Высвободившиеся самолеты планируется продать. К сожалению, отсутствует информация, насколько реализовались эти планы.
После поступления на вооружение испытания L-159A не окончились. Так, осенью 2001 г. на французской авиабазе Казу (Cazaux) прошли практические пуски УР AGM-65B, AIM-9M и AIM-9L. а также бомбометание с кабрирования с использованием корректируемых авиабомб (КАБ) GBU-12 (масса 227 кг) и GBU-16 (454 кг). При сбросе GBU-16 самолет с высоты 300 м снижался до 90 м, разгоняясь до скорости 796 км/ч. На удалении от цели в 4300 м самолет делал «горку с перегрузкой от 3 до 4 g (при этом наблюдалась некоторая нестабильность по курсу). На высоте 210 м при угле набора высоты 25" и скорости 720 км/ч производился сброс бомбы. После чего самолет, увеличив угол набора высоты до 60', начинал выполнять левый вираж. Через 15 с после сброса производилось лазерное целеуказание и коррекция траектории полета КАБ. Падение бомбы было зарегистрировано в 0,5 м от цели. Сброс более легкой GBU-12 поначалу оказался менее удачным – бомба упала со значительным недолетом. После увеличения скорости самолета в момент сброса удалось добиться приемлемых результатов.
В марте 2004 г. на первом прототипе L-159A испытывался французский пушечный контейнер GIAT NC 621, оснащенный 20-мм пушкой 20М621, а в августе 2004 г. прошли успешные испытания по отработке эксплуатации самолета с грунтовых аэродромов, в том числе – после дождя.
L-159A многократно принимали участие в различных авиашоу (CIAF-2002. CIAF-2004 и CIAF-2005) и учениях НАТО. В частности они использовались в ходе учений IDEE-2002, Clean Hunter 2004 и Flying Rhino 2004 в Чехии, NATO Air Meet 2003 в Польше, NATO Air Meet 2004 в Турции и NATO Air Meet 2005 в Норвегии. В Турции ввиду больших расстояний между авиабазой и полигонами проявился врожденный недостаток самолета – отсутствие системы дозаправки в воздухе, из-за чего летчикам L-159A не планировали миссии длительностью более двух часов. В остальном к качеству самолета и его систем нареканий не было. Наиболее свежий факт из биографии «Алки» – участие в программе TLP 2006-4 (Tactical Leadership Program), направленной на отработку элементов тактического управления. В ходе этих учений в июне-июле текущего года два самолета из 21-го авиакрыла находились на бельгийской авиабазе Флореннес.
Первоначальный контракт между «Аэро Водоходами» и Министерством обороны Чешской Республики не предусматривал создания двухместного варианта L-159. Однако позже ВВС Чехии проявили интерес и к этой машине. Одна из особенностей -спарки» – отсутствие бронирования с целью снижения массы конструкции.