Переход на металл назрел, выпуск дюраля и его поставки по ленд-лизу увеличились, однако большая часть «крылатого металла» шла на бомбардировщики Ил-4, Ту-2 и Пе-2, а также на новые штурмовики Ил-10 и на металлические крылья, с которыми стали сдавать значительную часть Ил-2. С другой стороны, Саратов и Тбилиси и без того не выполнили план. В 1944 г. 292-й завод сдал 2718 Як-1 и Як-3, вместо заданных 2850 машин, а 31-й – 706 Як-3 и ЛаГГ-3 вместо 727. Ни директор завода № 292 Левин, ни руководитель 31-го завода Саладзе не горели желанием осваивать еще и металлический Як-3, под него у них не было штамповочного и гальванического оборудования, даже обычных «гильотин» для резки листового металла и фрезерных станков не хватало. Потому в 1945 год они вступили все с тем же самолетом смешанной конструкции.
Дополнительное снабжение 292-го и 31 -го заводов трудовыми и материальными ресурсами, а также технологическим оборудованием позволило увеличить число выпускаемых Як-3. Если за 1944 г Саратов построил только 1682 штуки Як-3, то за первое полугодие следующего года – 1495, а всего до конца года с учетом снижения выпуска в связи с окончанием войны – 1918. В послевоенном же 1946-м завод № 292 построил лишь 240 Як-3. В Тбилиси же выпуск Як-3 постоянно снижался. 498 в 1944 г., 462 в 1945-м (из них 436 в первом полугодии) и 288 последних в 1946 г. Если в 1944 г. в строевые части Як-3 было поставлено несколько больше, чем Ла-7 (1340 и 1044, соответственно), то в 1945-м (по май) Лавочкин почти вдвое обошел Яковлева: 1913 Ла-7 против 1016 Як-3.
Война кончилась, но проблема недостаточной прочности самолета так и не была решена – на март 1946 г из-за своевременно выявленного отслаивания обшивки были поставлены в ремонт около 800 Як-3. У «конкурента» Ла-7 дела шли лучше – простаивало лишь около ста самолетов этого типа. После неоднократных обращений военного ведомства 10 мая вышел приказ Министерства авиапромышленности № 295 (в апреле 1946 г. наркоматы СССР были преобразованы в министерства), по которому на оренбургском № 47 и харьковском № 135 авиазаводах должны были начать выпуск комплектов металлических крыльев для установки на строевые Як-3 в ходе плановых капремонтов. Но уже 18 июня это распоряжение на заводе в Оренбурге отменил следующий приказ № 384с, а вскоре получил такое же указание и Харьков.
В середине февраля 1946 г. на завод № 292 пришел приказ о снятии с производства Як-3 ВК-105ПФ2 и сокращении производства самолетов с ВК-107А (о них – ниже) и запуске учебного Як-11. 4 июня 1946 г. начались очередные контрольные испытания Як-3. Они шли долго, до 5-го августа, и закончились с обескураживающим результатом: было принято решение о полном прекращении выпуска Як-3 в Саратове и Тбилиси.
Когда в 1944 г Як-3 стал поступать в войска, некоторые командиры полков и дивизий, прежде всего имевшие особые заслуги и собственное мнение, отказались от перевооружения на новый самолет предпочитая Ла-7, а то и делая «непатриотичный» выбор в пользу американской «Аэрокобры». Свое решение чаще всего они мотивировали слабым вооружением нового истребителя Яковлева.
Главными расчетными параметрами, по которым в то время оценивали эффективность стрелкового вооружения самолетов, являлись секундный залп (вес пуль и снарядов, выстреливаемых всем оружием самолета за секунду) и дульная мощность, которая оценивает кинетическую энергию всех этих снарядов.
Вооружение базового варианта Як-3 состояло из одной мотор- пушки ШВАК калибром 20 мм и одного или двух крупнокалиберных синхронных пулеметов УБ-12,7. Яковлев считал моторную установку пушки одним из главных преимуществ своего истребителя: она хороша тем, что позволяет использовать всю скорострельность оружия. Синхронизация же его работы с вращением воздушного винта вызывала снижение темпа стрельбы короткими очередями (основной режим стрельбы) примерно на 35%. На немецких и американских самолетах с трехлопастными винтами снижение достигало 30%. В литературе, даже вполне солидной, это обстоятельство часто не учитывается, и характеристики авиавооружения приводятся. исходя из его стендовой скорострельности. Размещение пушки в валу винта выгодно также тем, что при этом достигается минимальное рассеивание снарядов, тогда как у оружия, установленного в крыле, этот важный параметр страдает больше всего.