Создание перехватчика F-102B подавалось как модернизация «Дельта Даггер», однако количество вносимых в конструкцию изменений стремительно нарастало. Фактически был заново спроектирован фюзеляж, киль, шасси. Воздухозаборники сделали регулируемыми, а воздушные каналы укоротили для уменьшения потерь давления. Значительные изменения претерпела кабина пилота. F-102B унаследовал от «двойки» крыло, но и его во время серийного производства модифицировали - в 1957 г. аэродинамические гребни заменили щелевыми генераторами вихрей.
Первоначальный контракт на постройку 17 машин «Конвэр» получила в ноябре 1955 г. В следующем месяце прошла макетная комиссия, в ходе работы которой военным стало очевидно, что представленная машина не просто модификация «двойки», а практически новый самолет. Поэтому 17 июня 1956 г. «Модель 8-21» получила в USAF «имя собственное» - F-106. В сентябре того же года заказчик уточнил требования к новому перехватчику. Так, его следовало оснастить системой управления огнем МА-1 с первой в США бортовой цифровой вычислительной машиной (БЦВМ), сделать совместимым с полуавтоматической системой ПВО Sage, обеспечить достижение практического потолка 21500 м, скорости полета - не менее 2М на высоте 11000 м, радиуса действия - 700 км. На вооружение самолет должен был поступить в августе 1958 г.
Первый F-106 (сер. № 56-0451) был готов к летным испытаниям к концу 1956 г. 26 декабря на авиабазе Эдварде шеф-пилот Ричард Л. Джонсон (Richard L. Johnson) вместо празднования Рождества поднял новую машину в воздух. Первый полет был прерван досрочно из-за вибрации двигателя. Кроме того, тормозные щитки раскрылись штатно, а вот убираться не захотели. Второй самолет (сер. № 56-0452) подключили к испытаниям через два месяца. Обе машины были оснащены опытными ТРДФ YJ75-P-1. В носовой части самолетов вместо штатной системы МА-1 располагался ее массово-габаритный макет.
К лету 1957 г. F-106 получил наименование Delta Dart и войсковое прозвище «шестерка». В программе испытаний на базе Эдварде уже участвовали 12 машин, получивших обозначение JF-106A. Несмотря на то, что на самолетах стояли более мощные двигатели J75-P-9, результаты полетов не радовали ни разработчиков, ни военных. Максимальная скорость перехватчика не превышала 1,9М, а потолок - 17300 м. Еще хуже обстояло дело с разгонными характеристиками. Для того чтобы от 1М достичь 1,7М требовалось четыре с половиной минуты, а еще одну десятую числа Маха самолет прибавлял за дополнительные две с половиной минуты. Не отличалась надежностью и силовая установка.
Таким образом, для «окончательного» перехватчика сложилась чуть ли не «окончательная» ситуация. Неготовность системы управления огнем, на которую делали основную ставку, сырой двигатель, недобор по основным характеристикам - это с одной стороны. Долгожданное поступление на вооружение потребовавшего дополнительных расходов на доводку F-102, а также достаточно перспективного McDonnell Douglas F-101 Voodoo - это с другой. И еще новые проекты «трехмаховых» перехватчиков YF-12 и XF-108, упорно пытавшиеся «вклиниться» в военный бюджет В результате к концу 1957 г. вместо 40 эскадрилий на «Дельта Дарт» решили перевооружить 26. В сентябре следующего года программу пересмотрели еще раз, урезав количество эскадрилий до 14. В итоге от первоначально запланированных к постройке 1000 новых перехватчиков осталось всего 260, причем в это количество вошли и 35 участвовавших в испытаниях самолетов, которые решили доработать до серийной конфигурации. В ходе серийного производства заказ все же немного увеличили, и в результате построили 277 одноместных F-106А.
Выпускавшиеся серийно F-106 имели доработанные воздухозаборники с более тонкой входной кромкой, перепроектированные воздушные каналы, что вкупе с более мощным и надежным двигателем J75-P-17 позволило достичь летно-технических характеристик, соответствовавших требованиям USAF. Теперь официально заявленная скорость составляла 2.31М, и считалось, что самолету вполне доступен полет с 2,5М. Некоторые источники утверждают, что F-106 мог разогнаться до 2,85М, правда, эти заявления ничем не подтверждены. А вот скорость 2455,301 км/ч самолет реально показал в ходе установления мирового рекорда 15 декабря 1959 г. (летчик Джозеф В. Роджерс - Joseph W. Rogers), побив достижение ГК. Мосолова на микояновском Е-66 (2388 км/ч).