Реактивный пассажирский самолет для местных воздушных линий (МВЛ) — это было нечто новое для того времени. Здесь «яковлевцы» выступили в роли первопроходцев. Специалисты фирмы справедливо полагали, что на местных линиях невыгодно эксплуатировать большие реактивные самолеты: они требуют современных аэропортов с дорогостоящими длинными ВПП и больших эксплуатационных расходов. В то же время в СССР существовало много аэродромов, с которых использовались поршневые самолеты Ли-2 и Ил-14. Следовательно, и Як-40 должен базироваться там же. Это позволило бы без существенной модернизации аэродромной сети обеспечить современный комфорт для пассажиров, значительно повысить рейсовую скорость самолета и тем самым увеличить количественные показатели перевозок.
Несколько позже этот проект был переработан под модную для того времени концепцию, которая с позиций сегодняшнего дня может показаться неоправданной. Я ковлевп редложил п ревратить Я к-40 в самолет вертикального взлета и посадки (СВВП). В дополнение к маршевой силовой установке из трех форсированных двигателей Р19-300 тягой по 1200 кгс предусматривалось использование шести подъемных двигателей РД35-36 в двух блоках — по три в специальных гондолах на каждом полукрыле. В такой конфигурации самолет мог перевозить до 10 пассажиров на расстояние до 600 км с крейсерской скоростью 500–550 км/ч. Число пассажиров могло быть увеличено до 20 в случае использования режима короткого взлета, при котором потребная длина ВПП чуть превышала 100 м.
Это предложение рассматривалось в Главном управлении ГВФ в сентябре 1963 г и нашло благоприятный отклик. Работа над Як-40 в варианте СВВП продолжалась еще некоторое время. Был разработан еще один проект. Он предусматривал использование двух маршевых ТРДД по бокам хвостовой части фюзеляжа в сочетании с восемью подъемными двигателями РД-36-35, которые размещались в фюзеляже двумя группами по четыре впереди и позади 15-местной пассажирской кабины. Однако затем концепция пассажирского СВВП была отставлена в сторону.
В августе 1964 г ЦК КПСС и Совмин СССР совместным постановлением поручили ОКБ-473 О. К. Антонова и ОКБ-40 ГМ. Бериева заняться совместной разработкой регионального 24-местного пассажирского самолета, получившего обозначение Ан-Бе-20. Его силовую установку должны были составить три ТРДД АИ-25, расположенные в хвостовой части фюзеляжа. Этот двухконтурный двигатель взлетной тягой 1500 кгс находился в тот момент на стадии разработки в Запорожском КБ А.Г. Ивченко.
Аналогичное задание было выдано в ту пору и ОКБ-115, которое тоже занялось проектированием самолета под три двигателя АИ-25. В архиве яковлевской фирмы хранится «Эскизный проект пассажирского самолета Як-40 для местных линий. Техническое описание», утвержденный А.С. Яковлевым 15 августа 1964 г, т. е. в том же месяце, когда все три ОКБ получили вышеупомянутое задание. Вероятно, разработка эскизного проекта велась еще до его выхода.
В проекте в качестве силовой установки указаны три двигателя АИ-25, однако на рисунках изображен самолет, почти идентичный будущему Як-40, но с мотогондолами небольшого диаметра, которые скорее годятся для Р19-300. В более поздней графике вид мотогондол изменился. Интересны и такие детали, как плавный переход от воздухозаборника среднего двигателя к килю, отсутствие пулеобразного обтекателя на вершине киля и носовой конус большей длины по сравнению с более поздним реальным вариантом. Важно подчеркнуть, что в этот проект уже заложена фирменная черта будущего Як-40 — встроенный хвостовой трап. В целом неудивительно, что уже 9 сентября 1964 г был издан приказ ГКАТ, который предписывал ОКБ-115 начать разработку рабочих чертежей самолета и оснастки с параллельной доработкой макета (отсюда следует, что макет к тому времени уже был готов).
Имеет хождение мнение, что в ОКБ- 115 была передана документация по проекту Ан-Бе-20, который так и не получил «зеленый свет» от МАП, пришедшего на смену ГКАТ. Несмотря на внешнюю схожесть двух проектов, некоторые исследователи считают эту версию сомнительной и утверждают, что ОКБ А.С. Яковлева при создании Як-40 шло своим путем. В частности, в пользу этой версии говорит то, что макет Ан-Бе-20 был построен в 1965 г., на год позже, чем первый макет Як-40.