Основная особенность Як-40К — грузовой люк 1525x1270 мм по левому борту, крышка которого откидывалась вверх при помощи специального механизма и фиксировалась в открытом положении страховочной подпоркой. В комплект оборудования самолета входили: съемные панели для защиты отделки бортов, перегородка, отделявшая грузовой отсек от пассажирского салона в грузо-пассажирском варианте, и швартовочные приспособления.
Первые три самолета Як-40К (СССР- 87383, -87384 и-87385) с 15 июня по 20 сентября 1974 г успешно прошли эксплуатационные испытания в Эстонском, Тюменском и Дальневосточном управлениях ГА. Самолет был рекомендован в серию. Выпустили, по некоторым данным, свыше 120 Як-40К (часть из них — путем переоборудования «простых» Як-40). Позже некоторые Як-40К были переделаны в вариант «Салон», в связи с чем их грузолюк утратил свою функциональность. Например, такой переделке подверглись экземпляры UR-87591, UR- 87592, RA-87906, RA-87912, RA-87952.
Як-40 также выпускался в административных вариантах повышенного комфорта, так называемых «салонах». Впервые такой вариант был опробован на экземпляре № 04 нулевой серии. Два исходных варианта внутренней компоновки такого рода представляли собой «салон 1 — го класса» на 11 пассажиров и «салон 2-го класса» на 16 пассажиров. В обоих случаях запас топлива 4 т. «Салоны» можно опознать по белым заглушкам в передних окнах пассажирской кабины, где размещались гардероб или кухня. Кроме того, машины с компоновкой «салон 1 — го класса» обычно имели дополнительный запасной выход с правого борта в районе шестого окна. Характерной чертой машин, изначально построенных в такой конфигурации, является окно в служебной двери на левом борту, которое обычно отсутствует.
Некоторые «Салоны» оснащали средствами спецсвязи, в частности, аппаратурой «Татра-М» (согласно правительственному решению от 29 марта 1973 г.). В последние два десятилетия стало популярным конвертирование обычных Як-40 в «Салоны» и наоборот, а число индивидуальных VIP-компоновок весьма выросло.
Во исполнение Постановления ЦК КПСС и Совмина СССР № 1966–1055 от 30 ноября 1965 г., а также совместных решений ВВС, МГА и МАП от 27 августа 1969 г. был создан Як-40ДТС (десантный, транспортный и санитарный). Самолет предназначался для транспортировки мелких грузов общей массой до 2500 кг либо 24 человек посадочного десанта с оружием и снаряжением. Кроме того, была предусмотрена перевозка 26 сидячих или 18 носилочных и 2 сидячих раненых с одним медработником; парашютное десантирование 20 десантников с оружием и снаряжением; парашютное десантирование грузов в стандартной таре по одному грузу за один заход.
В процессе изготовления серийного Як-40 № 0915 вместо пассажирского оборудования были установлены несъемные узлы и детали, позволявшие смонтировать на них ДТС оборудование. Машину также оснастили доработанной кислородной системой, дополнительным радио- и электрооборудованием, приборами для обеспечения десантирования.
Государственные испытания этого самолета проводились в ГК НИИ ВВС с 12 июня по 9 сентября 1971 г Акт по их итогам был утвержден 29 октября. В нем отмечалось, что ЯК-40ДТС и его оборудование в основном соответствуют требованиям протокола макетной комиссии. Переоборудование пассажирского самолета в вариант ДТС в аэродромных условиях может осуществить бригада из шести специалистов средней квалификации за 5 рабочих смен.
ОКБ провело работу по устранению отмеченных в акте дефектов и составлению необходимых инструкций. В следующем году было решено, что со второго квартала 1973 г в серии самолеты Як-40 будут выпускаться в варианте ДТС (те., как следует понимать, в варианте, допускавшем переоборудование в ДТС). На практике было построено два ЯК-40ДТС — один на базе 27-местного и другой на базе 32-местного вариантов. Последний (№ 1528) проходил контрольные испытания в ГК НИИ ВВС.