Летом 1939 г. два FW 200А «Люфтганза» передала своей бразильской «дочке» — авиакомпании «Синдикате Кондор». После этого «Поммерн» и «Гольштейн» получили бразильскую регистрацию и имена — соответственно, PP-CBI «Абаитара» и PP-CBJ «Арумани». Обе машины обслуживали линии, связывавшие Рио- де-Жанейро с Буэнос-Айресом и Порту- Аллегре, завоевав популярность и уважение как у своих экипажей, так и среди пассажиров. 19 августа 1941 г. авиакомпания «Синдикате Кондор» была переименована в «Крузейро ду Сулл», а немецкий персонал интернировали, заменив бразильцами. Вскоре пришлось поменять и «сердца» у обоих «Фокке-Вульфов»: взамен немецких моторов BMW 132 установили американские «Хорнеты». В таком виде самолеты эксплуатировались вплоть до списания в 1950 г.
Весной 1939 г. «Фокке-Вульф» подписала контракт с японо-маньчжурской авиакомпанией «Дай Ниппон» на поставку пяти FW 200. Еще два «Кондора» заказала финская «Аэро О/Y», а с Нидерландами велись переговоры о продаже сразу пяти машин. Фирма проектировала новый гражданский вариант FW 200В с усиленным фюзеляжем и новыми основными опорами шасси со спаренными колесами. Для модификации FW200B-1 предусматривались двигатели BMW 132Dc (800 л.с.), для FW 200В-2 — BMW 132Н (830 л.с.). Специально для зарубежных заказчиков проектировались самолеты FW 200D-1 и D-2 с увеличенным запасом топлива и моторами «Хорнет». Но в связи с началом Второй мировой войны все эти работы были свернуты.
26 августа 1939 г. в рамках мобилизации «Люфтганза» вынуждена была радикально ограничить пассажирские рейсы, передав большинство самолетов вместе с экипажами в состав транспортной эскадры специального назначения KG z.b.V 172. Четырехмоторные самолеты свели в отряд 10./KG z.b.V 172, вскоре переименованный в 4./KG z.b.V 172. Во время польской кампании «Кондоры» выполнили примерно полтора десятка вылетов, снабжая быстро продвигавшиеся вперед части вермахта. Когда же судьба Польши была решена, часть транспортных самолетов демобилизовали, и с 20 сентября 1939 г. они вернулись на регулярные линии.
Однако еще в августе 1939 г. FW 200V2 поступил в распоряжение испытательного центра в Рехлине. Там машину оборудовали аэрофотоаппаратами и передали в распоряжение «команды Ровеля» — специальной части, занимавшейся дальними разведывательными полетами. 29 августа в Рехлин прибыл еще один люфтганзовский «Кондор» — «Нордмарк», также поставленный на переоборудование в фоторазведчик. Одновременно на заводе «Фокке-Вульф» начали переделку практически готового прототипа серии FW 200В — FW 200V4. Самолет получил новое обозначение FW 200V10, а помимо двух размещенных в фюзеляже перед входной дверью аэрофотоаппаратов Rb 50/30 на нем установили и оборонительное вооружение: пять 7,92-мм пулеметов MG 15 (один в верхней подвижной установке, два в окнах по бортам фюзеляжа и два в небольшой подфюзеляжной гондоле). Оснастили его и усиленным шасси со сдвоенными колесами, которое затем стало типовым для «Кондоров». Карьера FW 200V10 оказалась короткой. 23 ноября 1939 г. ему предстояло отправиться в свой первый разведывательный полет, целью которого была база британского флота Скапа-Флоу. При взлете с аэродрома Евер у «Кондора» отказали оба правых двигателя, и машина, неуспев набрать высоту, разбилась. Экипаж отделался лишь царапинами и ушибами.
Весной 1940 г. вермахт интенсивно готовился к операции «Везерюбунг» — оккупации Дании и Норвегии. На стадии подготовки к ней, 8 марта, «Кондор» из «команды Ровеля» совершил разведывательный полет в район Нарвика и привез ценные фотоснимки. А для обеспечения десантной операции пришлось вновь мобилизовать самолеты «Люфтганзы».
FW 200А свели в отряд 4./KG z.b.V. 107, командиром которого назначили обер- лейтенанта Альфреда Хенке — того самого, который на гражданке пилотировал «Кондор» в рекордных полетах Берлин- Нью-Йорк и Берлин-Токио. Нужда в транспортных самолетах была столь острой, что помимо трех гражданских FW 200 в отряд передали и две машины, ранее переоборудованные в фоторазведчики.