Еще в начале проектирования Ки-61 фюзеляжные пулеметы планировалось заменить на пару 20-мм пушек. Однако разработка собственных пушек задерживалась, поэтому на 388 серийных Ки-61-1а и Ки-61- Ib в крыле ставились 20-мм пушки Маузер MG 151. При установке пушек над ними монтировались небольшие обтекатели, а крыло было усилено в некоторых местах. Один самолет был доработан для испытания испарительной системы охлаждения, которую Такео Дои планировал использовать на Ки-64. На "Хиене" большой подфюзеляжный радиатор заменили на небольшой убираемый для использования на земле при рулежках, в полете же использовалась испарительная система с поверхностным конденсатором площадью 14 м². Испытания начались в октябре 1942 г. В 35 полетах была достигнута максимальная скорость 630 км/ч - цель испытаний была успешно выполнена.
Использование самолета в боях на Новой Гвинее, Новой Ирландии и Новой Британии показало желательность решения проблем его технического обслуживания. Такео Дои решил облегчить и упростить конструкцию самолета. С появлением 20-мм пушки Но-5 Ки- 61-I КА1с получил пару таких пушек вместо фюзеляжных 12,7-мм пулеметов "тип 1". Конструкция крыла была усилена, что позволило повысить скорость пикирования и подвешивать под крылом бомбы. Фюзеляж был несколько удлинен, а хвостовая часть стала отъемной. Хвостовой костыль стал неубираемым. Производство этого варианта Ки-61-I КАИс началось в январе 1944 г и до августа он вытеснил со сборочной линии предыдущий вариант. Производство "Хиена" быстро набирало обороты и достигло пика в 254 самолета, выпущенных в июле 1944 г. Всего, включая вариант Ки- 61-I KAMd, вооруженный парой крыльевых 30-мм пушек Но-105 и двумя фюзеляжными 12,7-мм пулеметами "тип 1", было выпущено 2654 Ки-64-I и -I КАИ. Если в боях на Новой Гвинее "Хиены" использовались только в двух сентаях, то на Филлипинах уже в трех - 17-м, 18-м и 19-м, а над Формозой и на Окинаве в 19- м, 37-м, 59-м и 105-м. Под конец войны самолет играл важную роль в обороне неба метрополии: 18-й, 23-й, 28-й и 244-й сентай использовались в составе токийской зоны ПВО, 59-й - в Западной и 55-й и 56-й - в Центральной зоне ПВО. Над Японией "Хиены" воевали против американских В-29 и самолетов палубной авиации, а позже против "Мустангов" Р-51. Против В- 29 "Хиен" был малоэффективен из-за недостаточной высотности двигателя, но отсталость японского истребителя окончательно проявилась при встрече с "Мустангами".
Вскоре после начала производства на заводе Акаси двигателя На-40 инженеры "Каваниси" приступили к разработке более мощной версии этого двигателя - На- 140. Главной задачей работ было поднятие высотности, и Такео Дои решил, по настоянию воздушного штаба, установить 1500-сильный На-140 на новый вариант Ки- 61. В декабре 1943 г первый опытный Ки-61-II был поднят в воздух. Площадь его крыла была увеличена на 10%, а переделанный фонарь кабины позволил улучшить обзор пилота. Летные испытания показали низкую даже для опытного образца надежность двигателя На-140. Особенно сказывалась малая прочность коленчатого вала. Не обошлось без поломок даже в конструкции нового крыла. Управляемость также была ниже желаемой. В результате из 11 заложенных Ки-61-II были закончены только восемь. Девятый опытный самолет был закончен в апреле 1944 г уже в варианте Ки-61-II КАИ. Фюзеляж был удлинен с 8,94 до 9,16 м, площадь киля была увеличена, а увеличенное крыло поменяли на обычное. Проблемы с планером таким образом были решены, и когда двигатель работал без проблем Ки-61 - II КАИ мог достигать скорости 610 км/ч на высоте 6000 м, а высоту в 5000 м набирать за шесть минут. Уверенное в возможности решения проблемы с двигателем министерство снабжения приказало Кавасаки запустить самолет в серию под обозначением "истребитель армейский тип 2 модель 2".