К концу 1944 г моторостроительные заводы изготовляли ряд образцов двигателей воздушного охлаждения, имевших относительно небольшой диаметр, чтобы смонтировать на истребителе без серьезных изменений в конструкции планера, так как фюзеляж Ки-61 для этого был слишком высоким и узким. В результате конструкторы Каваниси были вынуждены искать подходящий двигателей среди моторов, выпускавшихся для бомбардировщиков. Наиболее подходящим с точки зрения надежности и мощности оказался только Мицубиси На- 112-II - 14-цилиндровая двойная "звезда" мощностью 1500 л.с. Первоначально было неясно, как поставить двигатель диаметром 1,2 м на самолет с шириной фюзеляжа 0,84 м, но конструкторы Каваниси тем не менее продолжили работы, ознакомившись с купленным Фокке-Вульфом Fw 190А, который также имел "лобастый" двигатель с узким фюзеляжем, а также с опытом переделки Айчи D4Y3 под двигатель Мицубиси На-112-II вместо стоявшего ранее двигателя жидкостного охлаждения. Немедленно началась работа по переделке трех Ки-61-И КАИ, первый из которых полетел 1 февраля 1945 г под обозначением Ки-100.
По сравнению со своим предшественником Ки- 100 оказался легче -пустой вес сократился на 315 кг, а взлетный - на 285 кг. В результате маневренность самолета и его управляемость заметно улучшились. Так как двигатели Ки-61-II и Ки-100 имели практически одинаковую мощность, последний несколько потерял в скорости, зато превосходил предшественника во всех остальных аспектах. Но Ки-61-II КАИ был способен достигать высоких скоростей в те редкие минуты, когда двигатель работал надежно, а Ки-100 имел полностью доведенный мотор. Спешно проведенные испытания показали характеристики даже более высокие, чем ожидалось, и в феврале 1945 г был переделан четвертый Ки-61-II КАИ, который стал прототипом для серийного варианта, получившего обозначение "истребитель армейский тип 5 модель 1А" (Ки-100-Ia). По его образцу были переделаны 271 Ки-61-II КАИ, стоявшие без двигателей на заводе в Кагамигахара. Они практически сразу поступили на вооружение строевых частей. В боях Ки-100-Ia показал себя отличным истребителем, способным как перехватывать высотные В- 29, так и крутить "карусель" воздушного боя с истребителем Грумман F6F "Хэллкэт" американского флота, появляющимися в небе Японии. Для самолетов союзников это было неприятным сюрпризом. Японские пилоты, как и наземный технический персонал, считали Ки-100 лучшим и наиболее надежным истребителем имперских армейских ВВС. Легкость в управлении позволяла успешно вести бой даже молодым пилотам, имеющим меньше 100 часов налета.
Успех летных испытаний Ки-100-Ia позволил Кавасаки начать работы над двумя новыми проектами. Так, Ки-100-Ib получил фонарь кругового обзора, планировавшийся для Ки-61-III и испытанный на Ки-61- II КАИ. Новый самолет уже не был переделкой Ки-61 - его производство было развернуто на заводе в Кагамигахаре и Ичиномия в мае 1945 г. Но бомбежки американцев задерживали освоение новой машины. На заводе в Ичиномии работы были прекращены в июле 1945 г, а на заводе Кагамигахара производство осуществлялось малыми темпами. Всего завод в Кагамигахаре поставил 106 Ки-100-Ib, а в Ичиномии - чуть больше десятка.
Для улучшения высотных характеристик в марте 1945 г начались работы над Ки-100-II с двигателем Мицубиси На-112-II Ru с турбокомпрессором Ru-102 и системой впрыска водно-метаноловой смеси. Из-за недостатка места в фюзеляже турбокомпрессор гнал воздух прямо в карбюратор без промежуточного охлаждения. Установка турбокомпрессора заставила перепроектировать топливную систему, а в корне левого крыла был установлен дополнительный воздухозаборник. Первый Ки-100-II полетел в мае 1945 г. Вскоре были облетаны еще два опытных самолета. По сравнению с Ки-100-1 новый Ки-100-II был немного тяжелее и несколько уступал в летных данных на высотах менее 8000 м. Несмотря на отсутствие промежуточного охладителя, установка турбокомпрессора позволила поднять высотные характеристики Ки-100-II. На высоте полета американских В-29 10000 м скорость достигала 590 км/ч. Запуск Ки-100-II в серию планировался в сентябре 1945 г, но война закончилась раньше.
Так получилось, что последним полетом самолетов имперских армейских ВВС стал перелет двух Ки- 100-1Ь, принадлежавших 111-му сентаю, из Комачи в Йокосоку, откуда их направили для испытаний в США.