Король был весьма щедр на поощрения своего брата. Каждый раз, когда дон Хуан проявлял свою сообразительность и отвагу, что случалось нередко, Филипп II вознаграждал его сторицей. Дон Хуан был принят в орден Золотого Руна, членами которого состояли лишь законные члены семьи Габсбургов и особы из высшей знати. В возрасте 21 года он получил звание генерала морей, т. е. стал фактически главнокомандующим испанским флотом. Величайшим достижением дона Хуана стала победа над Османской империей в морской битве при Лепанто 7 октября 1571 года. Правда, более трезво мыслящие историки относят это достижение Священной лиги за счет успешной стратегии генуэзского адмирала Джованни-Андреа Дориа и испанских адмиралов Рекесенса и маркиза Санта-Крус, которые были назначены королем надзирать за действиями его брата. Тем не менее, его поведение вызывало уважение у офицеров и горячую поддержку у рядовых.
Успех и всеобщее прославление ударили в голову молодому человеку. Папа римский Пий V при получении известия о победе при Лепанто произнес строки из Евангелия, несколько переиначив их: «И был человек, посланный Богом, и имя ему было Хуан…». Его святейшество также поздравил героя, назвав его «принцем» и «его высочеством». При этом дон Хуан не пользовался поддержкой знати, да и вряд ли клан Габсбургов принял бы идею посадить на испанский трон побочного отпрыска. У Филиппа II были две дочери, инфанта Изабель Клара Евгения, помолвленная с австрийским эрцгерцогом, и инфанта Каталина-Микаэла, выданная замуж за герцога Савойского. Даже если бы последняя жена не родила королю наследников, в Вене было достаточное количество его двоюродных братьев, которые имели полное право занять испанский трон.
Но дон Хуан Австрийский, подобно всем побочным отпрыскам, жаждал стать суверенным монархом. Папа подал идею назначить его королем либо Албании, либо Греции. Возник также замысел создать отдельное королевство из Туниса, опять-таки с доном Хуаном Австрийским во главе. В 1573 году он отбил это завоевание своего отца Карла V у османов, правда, уже через год блистательная Порта вернула Тунис под свое владычество. Тем не менее, вся Европа восторгалась молодым красавцем, всегда одетым по последней моде. На портретах его часто изображали в доспехах самой искусной работы либо итальянских, либо испанских мастеров и с живым львом, возлежащим у его ног. Большинство людей считали хищника аллегорией, отдававшей дань легендарной отваге победителя при Лепанто. На самом деле история льва намного более удивительна и отражена в хрониках, теперь сильно подзабытых.
По утверждению авторов этих летописей, дон Хуан как-то в сопровождении своей свиты осматривал некую королевскую крепость в Тунисе. Неожиданно навстречу из сада медленно вышел лев и направился к группе людей. Сопровождавшие дона Хуана уже приготовились отразить нападение царя зверей, но тот величаво поднял лапу, как бы призывая к спокойствию, приблизился к дону Хуану, потерся о его ногу и улегся подле молодого человека. Вскоре появился раб, который знаками пояснил, что животное принадлежит королю Хамиду, было приручено и проживало при дворце подобно собаке. Дон Хуан приласкал хищника, который затем ходил за ним по пятам повсюду, принимал пищу из его рук, когда тот ехал верхом, сопровождал его сбоку и при пешей ходьбе следовал за ним подобно пажу. Дон Хуан дал ему кличку «Австрия» и временами даже позволял зверю спать на ложе рядом с ним. Свои письма он иногда подписывал «Рыцарь Льва», так что понятно, почему художники часто изображали его со львом у ног.
В марте 1576 года Филипп II назначил его правителем Нидерландов, но дон Хуан поначалу отказался, ибо собрался свататься к овдовевшей шотландской королеве Марии Стюарт, которая к тому же имела некоторые права на английскую корону. Сторонником этого брака был папа римский, надеявшийся возродить католическую религию на Британских островах. Но Филипп II, которого уже начала раздражать неимоверная популярность брата, настаивал, что тот должен проявить себя в Нидерландах. Дон Хуан прибыл туда из Неаполя, где был вынужден оставить своего неизменного и преданного спутника, льва. После его отъезда Австрия затосковал и вскоре умер. Во Фландрии дон Хуан не добился особых успехов, хотя беспрестанно требовал «золота и денег». Неизвестно, чем бы кончилась эта эпопея, если бы в сентябре 1578 года дон Хуан Австрийский не пал жертвой эпидемии тифа, свирепствовавшей в его военном лагере под Намюром.
Он оставил четверых побочных детей: Анну, дочь испанской дворянки, придворной фрейлины Марии де Мендоза; Хуану, рожденную неаполитанкой Дианой Фалангола из Сорренто, и двух сыновей от Агустины Роблес и Зенобии Сарастрозио. Анну король признал, она постриглась в монахини и закончила свои дни аббатиссой монастыря Уэллас в Бургосе. Хуану не признавали, хотя молча терпели приставку к ее имени «Австрийская». Она вышла замуж за Франческо ди Бранчифорте, князя Пьетраперсия. Что же касается сыновей, те канули в неизвестность.