В следующий отрезок времени Дунайская флотилия развила иную деятельность: она осуществляла боевое обеспечение больших перевозок по Дунаю, превратившемуся в важнейшую магистраль, снабжавшую центральные державы зерном из Румынии. Избытки урожая этой плодородной страны, ее естественные богатства и ценные ископаемые, такие как нефть, соль, лес и другие, сулили значительное облегчение нужды этих государств в сырье и продовольствии. В это время Дунай играл значительно более крупную роль, чем это предполагалось в мирное время.
Вследствие того, что противник перед отступлением уничтожил или привел в негодность важнейшие источники сырья, зерновые элеваторы, нефтяные вышки, фабрики и мельницы, требовалось прежде всего создать органы управления страной, приспособленные к восстановительной работе.
В тылу военной зоны, непосредственно подчиненной главнокомандующему фон Макензену, было организовано германское военное управление с военным губернатором во главе. Представительство Австро-Венгрии в этом управлении, как сообщает генерал-полковник Штрауссенбург, осуществлялось путем укомплектования на паритетных началах специально созданного хозяйственного штаба, а также полномочным представительством Австро-Венгрии при генерале Макензене.
Хозяйственный штаб представлял собой группу по управлению хозяйством, работавшую радом с Генеральным штабом военного управления. Обязанности местных румынских властей были возложены на Штаб управления, а политическое руководство — на Политический отдел. Задачи государственной полиции осуществлялись Центральным полицейским управлением.
Исполнительными органами военного управления в районе германской оккупации являлись этапные комендатуры, расположенные соответственно административному делению страны и подчиненные в следующей инстанции этапным инспектурам.
В районах австро-венгерской оккупации вместо них учреждались императорские и королевские управления этапных станций, объединяемые императорскими и королевскими управлениями этапных секций, в свою очередь подчиненными австро-венгерскому главному командованию.
Схема движения грузов по Дунаю:
1 — 420 барж из Румынии до Вуковара с зерном; вниз — германский подвоз, а затем и вывоз гражданских грузов; погрузка и выгрузка заканчиваются в 8 дней, иначе не обеспечивается 14 барж ежедневно. Отбуксировка — автоматическая, без приказаний
2 — 60 барж Милановац — Будапешт и Вена; вверх — серный колчедан, для 7-го отдела Военного министерства, вниз — уголь для военных железных дорог
3 — 70 барж германского подвоза армий Макензена из Вены в Семендрию и Журжево. Обратно зерно
4 — 40 барж из Посцони в Турну-Северин и Калафат с углем для железных дорог. После разгрузки угля и очистки грузятся зерном и отводятся в Вену
5 — 37 барж с сырьем из Русса и Журжева в Будапешт. На обратном пути используются для воинских перевозок или гражданских грузов, но без задержки
6 — 24 наливных баржи для рейсов между Черноводами и Базиасом
Кроме того:
42 баржи — для местного сообщения армий Макензена
33 баржи — для подвоза угля для зафрахтованных пароходов
82 баржи — для оперативных надобностей армий Макензена
Итого — 814 барж, для постоянных рейсов — 117 пароходов
На побережье Дуная и на самой реке взаимодействие властей представлялось менее однообразным, так как здесь работали еще и органы транспорта и сообщений.
В районе военных действий вверх по течению до моста у Журжево главное командование принадлежало Макензену. Сам Дунай обеспечивался австро-венгерской Дунайской флотилией. На суше власть осуществляли на местах войсковые части и этапные органы.
От Журжево до Железных ворот с Орсова руководителем использования путей сообщения являлся германский начальник полевых железных дорог, который в штабе Макензена был представлен особо уполномоченным генералом. На главных пристанях в румынских, болгарских и сербских районах были назначены германские коменданты гаваней, на обязанности которых лежало регулирование судоходства в гавани, сбережение грузов, обеспечение войсковых перевозок, обмен вагонов и решение всех задач, связанных с охраной военных и гражданских перевозок. В подчинении австро-венгерских военных властей находились 32 пристани и гавани. На этапные комендатуры легло обеспечение прибрежных районов, расположенных вне этих гаваней.
Перевозки по Дунаю регулировались следующими органами:
Австро-венгерским центральным управлением портов, находившимся в Вене; на всех пристанях Дуная были организованы подчиненные ему комендатуры станций, с помощью которых осуществлялось управление судоходством и транспортной службой. При штабе Макензена это управление представлял особо уполномоченный офицер Генерального штаба;
Управлением судоходством по Дунаю Германского полевого управления железных дорог, под командованием германского морского офицера в Вене, имевшим свои подразделения — Донау-ост в Журжеве и Турну-Северине, и уполномоченных по судоходству при комендатурах гаваней.