Однако новоиспеченный правитель находился в полной изоляции: против его националистической политики восстали немадьярские народы Венгрии – хорваты, сербы, румыны, словаки; императорские войска под командованием генерала Хайнау наступали с запада; наконец, в мае в Венгрию по просьбе Франца Иосифа, действовавшего под давлением Шварценберга, вторгся русский экспедиционный корпус фельдмаршала Паскевича. Отчаянное сопротивление венгерских войск не могло увенчаться успехом; силы оказались слишком неравными. Летом Кошут попытался достичь примирения со славянами и румынами, объявив о согласии венгерского правительства с принципом равноправия наций, но было слишком поздно. Передав власть генералу Гёргеи, вождь революции бежал в Турцию, а оттуда – в Англию. До конца своих дней он не вернулся на родину, не примирился с Габсбургами и мечтал о возобновлении борьбы за независимость.
13 августа 1849 года венгерская армия под командованием Гёргеи капитулировала перед русскими войками в Вилагоше. Сдаваясь Паскевичу, Гёргеи рассчитывал, что русские смягчат удар, который австрийцы неизбежно обрушат на Венгрию. Однако ни Паскевич, ни тем более Николай I не испытывали ни малейшего сочувствия к венгерским «смутьянам». Хайнау, известный своей жестокостью, стал хозяином в побежденной стране. Репрессиям подверглись тысячи участников национально-освободительного движения – не только сторонники Кошута, но и вполне умеренные политики вроде графа Баттяни. В свое время он был утвержден императором Фердинандом в должности главы правительства Венгрии, но это не спасло графа от смерти 6 октября 1849 года – смерти мужественной и красивой: он сам отдал команду расстрельному взводу. В тот же день в Араде были казнены 13 венгерских генералов («мученики Арада»). Исключение сделали только для Гёргеи, который отделался 20 годами тюрьмы. На три года в Венгрии было введено военное положение. Несколько сотен сторонников независимости, которым удалось бежать за границу, были приговорены к смерти заочно.
Несколькими месяцами ранее, в марте 1849 года, 83-летнему фельдмаршалу Радецкому опять пришлось выступить в поход – после того как Пьемонт, решив воспользоваться обострением ситуации в Венгрии и непрекращавшимися волнениями в Ломбардии, вновь объявил войну Австрии. И на сей раз престарелому полководцу сопутствовал успех: уже 23 марта он разбил пьемонтцев под Новарой, что вынудило короля Карла Альберта отречься от престола. Его наследник Виктор Эммануил II немедленно заключил с австрийцами мир.
Подавление венгерской революции и победа Радецкого в Италии позволили молодому императору и Шварценбергу, ставшему его главным политическим советником, приступить к преобразованию системы управления империей в духе конституции Штадиона, которая была куда менее либеральной, нежели кромержижский проект. Отныне Австрия представляла собой унитарное государство, разделенное на провинции, которые располагали весьма ограниченной автономией. Один венгр, современник этих событий, иронически заметил своему хорватскому приятелю: «То, что мы получили в наказание, вам дали в качестве награды». Вся исполнительная власть принадлежала императору, законодательная – двухпалатному парламенту, верхнюю палату которого составляли представители провинций, нижнюю – депутаты, избиравшиеся всеми подданными императора, заплатившими специальный налог. Монарх обладал правом абсолютного вето на решения парламента, назначал министров, губернаторов провинций и других высших чиновников. При императоре существовал совещательный орган – имперский совет (рейхсрат), решения которого, однако, нуждались в одобрении парламента. Равенство всех австрийцев перед законом и всех народов между собой подтверждалось, равно как и важнейшие гражданские свободы. Окончательно уничтожались внутренние таможни, в первую очередь барьер между Венгрией и остальными габсбургскими землями.