В июле 1935 г. был отменен «закон о Габсбургах», династии вернули конфискованную собственность, а ее членам было позволено вернуться в Австрию. Однако преемник авторитарного канцлера Э. Дольфуса, убежденный монархист К. Шушниг не спешил с реставрацией, поскольку опасался, что в этом случае «третий рейх» немедленно атакует Австрию, о чем прямо предупреждал Вену Гитлер. 12 февраля 1938 г. 25-лет-ний Отто обратился к Шушнигу с предложением, формально сохранив республику, объявить его, Отто, австрийским канцлером. Шушниг ответил отказом, справедливо рассудив, что, учитывая ярую ненависть нацистов к габсбургско-лотарингскому дому, такой шаг «со стопроцентной уверенностью означал бы конец Австрии». Впрочем, судьба альпийской республики уже была решена: под давлением Гитлера Шушниг был вынужден передать власть австрийским нацистам, и в марте 1938 г. произошел аншлюс — оккупация Австрии войсками Германии и ее присоединение к «третьему рейху». Стоит отметить, что монархисты были одними из немногих австрийцев, протестовавших против этого. Впоследствии сотни сторонников Отто оказались в нацистских тюрьмах и концлагерях; среди них были и сыновья эрцгерцога Франца Фердинанда — Макс и Эрнст фон Гогенберги, которые провели несколько лет в Дахау.
В годы Второй мировой войны Зита, Отто и другие члены императорской семьи активно боролись за то, чтобы после освобождения Австрия была воссоздана как суверенное государство. Не в последнюю очередь благодаря связям Габсбургов с американскими правящими кругами восстановление независимости Австрии было объявлено одной из целей антигитлеровской коалиции в Московской декларации союзников, принятой 30 октября 1943 г. Габсбурги способствовали и налаживанию контактов между Западом и Венгрией, лидеры которой
М. Хорти и М. Каллаи предпринимали в 1943—1944 гг. попытки договориться с Великобританией и США о сепаратном мире. Однако по окончании войны, когда к власти в Австрии вернулись левые силы во главе с К.Реннером, Отто, прибывший на родину, спустя несколько месяцев был вынужден снова уехать, поскольку новое правительство восстановило «закон о Габсбургах». В 1955 г. этот закон был включен в конституцию Австрийской республики. К тому времени остальные земли, находившиеся некогда под властью Габсбургов, оказались по ту сторону «железного занавеса», под властью коммунистических режимов, установленных в Венгрии, Чехословакии, Польше, Румынии и Югославии при прямой или косвенной поддержке сталинского СССР. Габсбургам пришлось распрощаться с мечтами о реставрации.
31 мая 1961 г. доктор Отто фон Габсбург (отныне он именовался только так) объявил об отказе от претензий на трон. Он также обязался не участвовать в какой-либо политической деятельности в Австрии. Его сестра Адельгейд так описывала мотивы этого решения: «Мы стремились к реставрации, к восстановлению монархии. Однако республика уже стала частью жизни двух поколений австрийцев, и мы должны были трезво и реалистически оценить ситуацию. Коль скоро, в духе семейной традиции, мы хотели сделать что-то полезное для Австрии, нам следовало приспособиться к особенностям ее развития. Декларация об отречении... стала предпосылкой для возвращения на родину». Но лишь спустя пять лет австрийский конституционный суд разрешил Отто приехать в Австрию.
Тем не менее социалистическое правительство республики смотрело на бывшего наследника престола и его близких с некоторым подозрением. Возможно, поэтому Отто выбрал в качестве постоянного местожительства Баварию и в 1978 г. получил гражданство ФРГ. О. фон Габсбург неоднократно избирался депутатом Европарламента от баварского Христианско-социального союза. Он стал одним из основателей Паневропейского союза — общественной организации, ставящей своей целью содействие интеграции европейских стран и народов на основе христианских ценностей и умеренного консерватизма. Эти идеи Отто развивал в своих трудах по истории и социальной философии.