Несмотря на противодействие курфюрстов, старшему сыну Рудольфа, Альбрехту, в конце концов удалось заполучить германскую корону. Этот воинственный человек, чьим девизом было Fugam victoria nescit («Победе чужды отступления»), предпочитал не развязывать, а разрубать гордиевы узлы политических интриг феодальной эпохи. В 1298 г. в битве при Гелльхайме Альбрехт разгромил своего соперника, тогдашнего короля Адольфа фон Нассау, и вынудил курфюрстов избрать себя новым германским монархом. Деятельный Альбрехт заметно усилил позиции своего рода в Австрии, где Габсбургов до сих пор воспринимали как чужаков, и попытался закрепить за своим потомством Чехию, где в 1306 г. пресекся род Пшемысла Отокара. Чешская знать не горела желанием видеть корону св. Вацлава на голове кого-либо из Габсбургов, и начался долгий конфликт. Собирая войска для очередного похода на Чехию, король Альбрехт в начале мая 1308 г. был убит в своих родовых владениях группой заговорщиков во главе с собственным племянником, 18-летним Иоганном.
Иоганн был сыном младшего брата Альбрехта — Рудольфа, умершего молодым. Он родился через несколько месяцев после смерти отца, и, согласно тогдашнему семейному праву, Альбрехт стал опекуном племянника (отсюда прозвище Иоганна — Parricida, Отцеубийца, поскольку с юридической точки зрения убитый Альбрехт был ему отцом). Занятый войнами и политикой, король, впрочем, не слишком заботился об Иоганне, который с юных лет чувствовал себя ущемленным. Он добивался от дяди хотя бы захудалого княжества в лен, но не получил ничего. В 1306 г. юноше была нанесена новая обида: после того как в Чехии пресеклась королевская династия, о кандидатуре Иоганна на чешский трон никто и не заикнулся, хотя он был племянником Пшемысла Отокара II по материнской линии и имел определенные права на корону. Терпение молодого человека лопнуло. Он вступил в контакт с представителями мятежных швейцарских кантонов и другими врагами германского короля. Сложился заговор, результатом которого стало убийство Альбрехта.
Реакция современников на это событие была весьма противоречивой — от проклятий в адрес подлых убийц до нескрываемой радости по поводу смерти слишком уж энергичного и властолюбивого монарха. Иоганну Отцеубийце удалось скрыться, но судьба не была благосклонна к нему. Новый король, Генрих VII Люксембург, предал Иоганна проклятию и отдал приказ о его розыске. Где и как прошли последние годы жизни злосчастного отцеубийцы, точно не известно. Для Габсбургов он стал едва ли не самой темной фигурой в истории рода, поскольку открытый бунт против главы семьи, а тем более убийство последнего, были для этой династии делом исключительным, практически невозможным.
Смерть Альбрехта I имела негативные последствия для могущества Габсбургов. Реализовать свою мечту о создании единого мощного королевства с крепкой наследственной властью Альбрехт не успел. После смерти короля ни одному из его сыновей не удалось добиться римско-германской короны: курфюрсты слишком опасались дальнейшего усиления Габсбургов. Династия оказалась если не отброшена на вторые роли (после Рудольфа I и Альбрехта I это было уже невозможно), то по крайней мере вновь стала лишь одним из нескольких могущественных родов, боровшихся за власть и доминирование в Центральной Европе. Кроме того, владения Габсбургов на юго-западе Германии пришли в упадок, что способствовало концентрации усилий рода на укреплении своих позиций в Австрии, которая теперь уже окончательно стала главной опорой династии.