Бегство Карла V в Нидерланды, предварявшее его официальный уход из политики, пошло на пользу делу религиозного примирения в империи. Более покладистый и дипломатичный Фердинанд после нескольких лет раздоров, охвативших Германию, сумел договориться с протестантами о мире, который был заключен в Аугсбурге в 1555 г. По выражению немецкого историка Ф. Ангермайера, это была «победа политики над религией», поскольку практическая необходимость и неизбежность сосуществования обеих конфессий заставила даже самых непримиримых католиков и протестантов поступиться принципами. Главным положением Аугсбургского мира стало Cujus regio, ejus religio («Чья власть, того и вера») — что означало необходимость для подданных каждого из субъектов империи избрать ту конфессию, к которой принадлежал глава этого субъекта. Фактически свобода вероисповедания была предоставлена не всем подданным империи, а только имперским князьям — однако без соединения религиозного и территориального принципов никакой почвы для компромиссов вообще не было бы.
Аугсбургский мир оказался долговечным: империя жила в соответствии с его положениями вплоть до 1618 г., когда новое обострение религиозных и политических противоречий привело к началу Тридцатилетней войны. Для Карла V мир с протестантами, однако, был признанием поражения, которое потерпела его универсалистская политика. Несомненно, именно поэтому император возложил на брата ответственность за ведение мирных переговоров — а сам «умыл руки». Мир с протестантами означал «спасение ограниченной императорской власти, основанной на компромиссах с субъектами империи»
25 октября 1555 г. в три часа пополудни по приказу Карла V представители нидерландских сословий собрались в большом зале императорского дворца в Брюсселе. Здесь когда-то был провозглашен совершеннолетним юный габсбургский принц, ставший теперь пожилым, явно нездоровым мужчиной с вытянутым усталым лицом, характерной выступающей вперед «габсбургской» нижней губой и седеющей бородой. Негромким голосом Карл V произнес речь, в которой подвел итог своего многолетнего правления. Ноты смирения и бегства от мирской суеты, к чему так стремился усталый монарх, слышались в его словах, которые, по свидетельствам современников, произвели большое впечатление на присутствовавших в зале брюссельского дворца. Формально речь Карла V была отречением от власти в пользу сына только в бургундских владениях Габсбургов, т. е. в Нидерландах. Тремя днями раньше, однако, произошло другое знаменательное событие: император сложил с себя полномочия великого магистра ордена Золотого Руна, которые были привилегией главы габсбургского дома, и передал их опять-таки сыну Филиппу — что было весьма спорным шагом, учитывая запутанность вопроса о преемнике Карла, на котором мы остановимся ниже. Позднее, в январе 1556 г., Филиппу II была отдана власть в испанских и итальянских владениях Габсбургов. Императорская корона формально оставалась у Карла, хотя все полномочия главы империи давно уже были в руках Фердинанда. Только в марте 1558 г., когда его старшему брату оставалось жить лишь несколько месяцев, Фердинанд I (1558—1564) с согласия курфюрстов был провозглашен новым римско-германским императором. Эпоха Карла V завершилась.