Известен случай, когда после марша и отражения первого удара противника в районе Громославки в танковых корпусах второго эшелона было на исходе горючее. Малиновский приказал вывести танки этих корпусов из балок, других укрытий на хорошо просматриваемую местность, показав противнику, что 2-я гвардейская армия еще располагает большой неиспользованной танковой мощью. В результате добился того, что гитлеровское командование замешкалось и решило продолжать атаки после перегруппировки своих войск. Малиновский выиграл крайне необходимое время для подвоза горючего и боеприпасов. Риск был большой, но он был основан на хорошем знании тактики и психологии гитлеровских генералов. За операцию в районе Котельниково военачальник удостоился ордена Суворова I степени.
В результате Сталин в феврале 1943 года вновь вернул Малиновского на должность командующего войсками Южного фронта. На этом посту ему удалось освободить Ростов-на-Дону. С марта 1943 года командовал войсками Юго-Западного фронта, с октября 1943 года переименованного в 3-й Украинский фронт. На этом посту самостоятельно и во взаимодействии с другими фронтами в период с августа 1943 по апрель 1944 года провёл Донбасскую, Нижне-Днепровскую, Запорожскую, Никопольско-Криворожскую, Березнеговато-Снигиревскую, Одесскую наступательные операции. В результате были освобождены Донбасс и вся Южная Украина. 28 апреля 1943 года Малиновскому было присвоено звание генерал армии.
В апреле 1944 года ему довелось освободить свой родной город Одессу. В освобождённой Одессе Малиновский разыскал Михаила Александровича – мужа своей тёти Елены, в семье которых он жил в 1913–1914 гг. Михаил Александрович с трудом узнал в генерале армии Родиона, которого приютил перед 1-й Мировой войной.
В мае 1944 года Малиновский был переведён командующим на 2-й Украинский фронт, который вместе с 3-м Украинским фронтом (под командованием Фёдора Толбухина) продолжил наступление на южном направлении, разгромив войска германской группы армий «Южная Украина» в ходе Ясско-Кишинёвской стратегической операции. После этого Румыния вышла из союза с Германией и объявила последней войну. 10 сентября 1944 года, по представлению Семёна Тимошенко на имя Сталина, Малиновскому было присвоено воинское звание «Маршал Советского Союза».
Вершиной полководческого искусства Малиновского, наиболее ярким проявлением его таланта стала Ясско-Кишиневская операция в 1944 году. К ее началу общая стратегическая обстановка складывалась таким образом, что скрыть подготовку нового наступления было практически невозможно. Обеспечить внезапность можно было только искусным сокрытием истинных намерений и дезинформацией противника относительно сроков перехода в наступление и направлений ударов. Родион Яковлевич учитывал не только оперативно-стратегические, но и военно-политические факторы, связанные с необходимостью отрыва Румынии от Германии. Исходя из этого, главную ставку в этой операции он делал на достижение максимально мощного, сокрушительного первого удара с тем, чтобы в короткие сроки прорвать оборону противника и развить стремительное наступление в глубину.
Этот хорошо продуманный, оригинальный замысел был блестяще осуществлен. Войска замкнули кольцо окружения крупной немецкой группировки в районе Кишинева. Причем одновременно шло наступление на фронте в направлении Плоешти – Бухарест. Весь этот процесс занял всего пять-шесть суток. Румыния была вынуждена капитулировать и объявила войну Германии.
В октябре 1944 года Малиновский нанес противнику вторичное жестокое поражение в восточной Венгрии в ходе Дебреценской операции и вышел на ближние подступы к Будапешту. Однако крайне ожесточённая битва за Будапешт затянулась почти на пять месяцев. В её ходе удалось сначала окружить, а потом уничтожить почти 80-тысячную группировку врага.
Весной 1945 года во взаимодействии с войсками Фёдора Толбухина фронт Родиона Малиновского успешно провёл Венскую операцию, по существу ликвидировав немецкий фронт в Австрии и соединившись с войсками союзников. За полный разгром войск противника в этой операции Малиновский удостоен высшего советского полководческого ордена «Победа». Одновременно войска правого крыла его фронта провели Банска-Быстрицкую наступательную операцию в марте 1945 года.
Закончив Великую Отечественную войну в Австрии и Чехословакии, Родион Малиновский был переведён на Дальний Восток, где в ходе советско-японской войны вступил в командование Забайкальским фронтом, который совершенно неожиданно для японского командования прорвался через пустыню Гоби в центральную часть Маньчжурии, довершив окружение и полный разгром японских войск. Малиновскому за эту операцию было присвоено звание Героя Советского Союза.
Маньчжурская операция – 9.08.1945 – 2.09.1945, против Квантунской армии Японии.