Если в первый период войны, когда шло формирование Азовской флотилии и резко изменилась военная обстановка в результате вынужденного отступления наших войск, слабо подготовленные и недостаточно окрепшие органы управления не обеспечивали должного взаимодействия сил флотилии и сухопутных войск, что приводило нередко к потере управления, низкой эффективности применения сил и излишним потерям, то в дальнейшем планирование, организация, всестороннее обеспечение и непосредственное руководство все больше сосредоточивалось в руках командующего и штаба флотилии. Это обеспечивало высокую оперативность применения сил и рост эффективности их использования.
Непрерывное и результативное управление силами достигалось также благодаря постоянно действующему флагманскому командному пункту командующего и его штабу и командному или вспомогательному пункту управления с оперативной группой штаба в районе непосредственных боевых действий.
Этому же способствовало сосредоточение на одном командном пункте командующих родов сил, привлеченных к участию в операции. В сочетании с эшелонированной системой командных пунктов и штабов это обеспечивало своевременное и эффективное выполнение поставленных задач.
Успешной деятельности сухопутных войск на приморских флангах способствовали боевые действия Азовской флотилии на переправах через крупные водные преграды — реки Дон и Кубань, при форсировании и переправе в Керченском проливе. За два с половиной года ее кораблями и судами было переброшено свыше 400 тысяч воинов с тяжелой техникой и вооружением, с необходимым снабжением.
На всем протяжении военных действий Азовская флотилия вела борьбу с боевыми кораблями и конвоями противника. Лишь в 1943 году АВФ провела 15 морских боев, в том числе 4 во время десантных операций. Ее кораблями и авиацией было уничтожено 120 судов и кораблей противника. Кроме того, 17 гитлеровских судов подорвались на минах, выставленных азовскими моряками в 1942 и 1943 годах.
Однако значительные потерн были и у Азовской флотилии. Только в боях за Керченский полуостров и Крым погибло более 80 ее кораблей и судов. Вместе с ними ушли из жизни сотни моряков-азовцев. А сколько погибло их при освобождении Таманского полуострова, Восточного и Северного Приазовья?!
Победа давалась дорогой ценой.
В боевых успехах Азовской флотилии, росте мастерства ее офицеров, в мужественном исполнении моряками-азовцами воинского долга большая заслуга командного состава АВФ: командующего С. Г. Горшкова, начальника штаба А. В. Свердлова, военкома С. С. Прокофьева, начальника политотдела B. А. Лизарского, командира Донского отряда и Ейской ВМБ C. Ф. Белоусова, начальника Новороссийской ВМБ и исполняющего обязанности командующего АВФ на завершающем ее этапе Г. Н. Холостякова и др.
На протяжении всего периода своего существования Азовская флотилия, ее командование получали постоянную помощь и поддержку со стороны наркома ВМФ Н. Г. Кузнецова, его заместителя и начальника штаба И. С. Исакова, командующих Черноморским флотом Ф. С Октябрьского и Л. А. Владимирского. Командование флотилии во многом обогащалось от совместной деятельности с такими полководцами как А. А. Гречко, А. И. Еременко, И. Е. Петров, Ф. И. Толбухин. Азовская флотилия была школой, своеобразной академией, в которой прошли необходимую подготовку будущие крупные военачальники. Так, командующий Азовской флотилией С. Г. Горшков постоянно принимал участие в разработке и проведении боевых операций, проявляя гибкость мышления, инициативе и самостоятельность. Под его руководством зимой 1941–1942 гг. более 80 раз разведывательные и штурмовые отряды моряков совершали рейды в тыл врага на занятый противником берег. В целях более эффективного использования этих отрядов он глубоко изучал уставы и наставления сухопутных войск. Это помогло и впоследствии: при защите Таманского полуострова и Новороссийска, во время командования 47-й армией, при освобождении городов Приазовья и Крыма.
И на новом, дунайском, театре боевых действий контр-адмирал С. Г. Горшков продолжал использовать испытанный метод — внезапность, совершенствовал управление силами, постоянно углублял их взаимодействие.
Действия соединений и частей Дунайской флотилии, руководимой С. Г. Горшковым, высоко оценивались командованием. Его имя многократно упоминалось в приказах Главнокомандующего.
С января 1945 года по 1956 год вице-адмирал С. Г. Горшков — командир эскадры кораблей, начальник штаба и командующий Черноморским флотом.