В августе и сентябре 1944 года, пока на Сайпане полным ходом шло строительство, в Канзасе сформировали новую часть, оснащенную В-29, - 73-е бомбардировочное крыло. В состав крыла входили четыре группы: 497-я, 498-я, 499-я и 500-я. В каждой группе было по три эс-кадрильи из десяти бомбардировщиков. Первоначально планировалось перебросить 73-е крыло в Индию и подчинить штабу XX корпуса, но захват Марианских островов изменил планы. Крыло передали под командование XXI корпуса, который возглавлял бригадный генерал Хейвуд С. Ханселл-младший, который до августа 1944 года выполнял обязанности начальника штаба 20-й воздушной армии. Генерал Арнольд приказал Ханселлу приступить к налетам на территорию Японии с баз на Марианских островах.
18 октября 1944 года на Айли-Филд приземлился первый В-29, который пилотировал сам Ханселл. Аэродром еще не был достроен. Тяжелые бомбардировщики могла принимать лишь одна ВПП длиной 6000 футов (1828 м твердого покрытия). Условия жизни были спартанские, ангары или укрытия для самолетов отсутствовали. Несмотря на это, до конца ноября 1944 года на Сайпан перебазировалось более ста бомбардировщиков В-29 из 73-го крыла.
Покидая Штаты, Ханселл получил четкую инструкцию. В ней говорилось, что главная задача XXI корпуса — уничтожать промышленные объекты на территории Японии. Но первые операции, проведенные с Мариан, носили тактический характер. 28 октября 1944 года 18 бомбардировщиков В-29 вылетели бомбить базу японских подводных лодок на острове Дублон-Айленд, расположенном в 1000 км к юго-востоку от Марианских островов. Четыре самолета вернулись на базу из-за проблем с двигателями. Остальные сбросили бомбы, но результаты бомбометания оказались минимальны. Особого успеха не принесли и два последующих налета на Дублон-Айленд, проведенные 30 октября и 2 ноября. Японцы нанесли ответный удар в день третьего налета на базу подлодок. Бомбардировщики с Иводзимы бомбили Сайпан 2 ноября. Более десяти В-29 получили повреждения. Это заставило американцев совершить несколько налетов на Иводзиму. Налеты 5 и 11 ноября заметного результата не принесли.
После первых безрезультатных налетов, Арнольд начал торопить Ханселла с началом стратегических налетов на Японию. В это время еще не удалось повысить надежность двигателей, а прибывающие из Штатов экипажи не имели боевого опыта. Первый налет на Японию назначили на 17 ноября 1944 года. Но нелетная погода помешала провести его в назначенный день. Зато паузой воспользовались механики, которые активно исправляли систему охлаждения двигателей.
Наконец 24 ноября 1944 года с Сайпана вылетел отряд из 111 бомбардировщиков В-29. Вел отряд командир 73-го крыла бригадный генерал Эмметт О'Доннелл. О'Доннелл летел на В-29 «Dauntless Dotty», пилотированном майором Робертом К. Морганом, ветераном 8й воздушной армии, участвовавшем в налетах на Германию. Целью американцев был завод авиадвигателей фирмы «Накадзима» в Мусаси под Токио. По оценкам разведки этот завод давал до трети всех японских авиадвигателей. Это был первый налет на столицу Японии после налета пол-ковника Дулиттла. 17 бомбардировщиков вернулось с полдороги из-за отказов двигателей. Остальные самолеты, шедшие на высоте 8200–9700 м, неожиданно попали в зону неизвестного до той поры атмосферного явления — высотную бурю. Сильный ветер в субстратосферных слоях атмосферы рассеял американские бомбардировщики, в результате точной бомбардировки не получилось.
Кроме того, в районе цели сгустилась облачность. Поэтому на завод бомбы сбросили только 24 самолета. Остальные бомбардировщики отбомбились над Токио. Один В-29 был сбит японским истребителем.
Через три дня — 27 ноября 1944 года -81 «Суперфортресс» вылетели бомбить промышленные зоны и доки в Токио и Хамамацу. В тот же день 17 японских истребителей А6М «Зеро» с Иводзимы совершило отчаянный налет на Сайпан, захватив американцев врасплох. В результате семь В-29 было уничтожено или получило тяжелые повреждения. Несмотря на этот случай, через два дня В-29 совершили налет на Токио, Иокогаму и Нумазу, бомбя расположенные там промышленные объекты. Несмотря на ясную погоду, бомбометание с высоты 27000 футов (8230 м) оказалось не слишком успешным. Японские истребители сбили 6 бомбардировщиков. 3 декабря 70 бомбардировщиков вылетели бомбить Токио. 8 декабря более 60 В-29 бомбардировало японские аэродромы на Иводзиме.