Пока самолеты бомбардировочного командования в Юго-Восточной Азии совершало тактические бомбометания, командование ВВС США готовило план стратегических бомбардировок целей на севере Кореи. Среди целей фигурировали Пхеньян (армейские склады и железнодорожный узел), Вонсан (нефтеперегонный завод и порт), Хыннам (химические и металлургические предприятия), Чжонджин (сталелитейный завод и железнодорожный узел), Наджин (морская база и нефтехранилище). Среди целей второй очереди значились пять ГЭС на восточном побережье страны. Вскоре было решено усилить авиационную группировку. В Японию перебазировались 98-е и 30-е бомбардировочные крылья. Налеты на стратегические цели начались 30 июля 1950 года дневной прицельной бомбардировкой промышленного комплекса в Хыннани. К началу сентября по всем запланированным объектам был нанесен удар. Лишь Наджин оставили в покое, город находился всего в 27 км от советской границы, и Трумэн благоразумно решил его не трогать. Затем американцы приступили к бомбардировке гидроэлектростанций, начав с Фузенской ГЭС, которую бомбили 26 сентября.
В октябре 1950 года войска ООН (фактически американские войска) начали наступление. Стратегические налеты приостановили, так как целей для них попросту не осталось. 27 октября, когда победа американцев ни у кого не вызывала сомнения, поступил приказ отправить 22-е и 92-е крылья обратно в Соединенные Штаты. Но в этот момент в войну вмешался Китай, отправив в Корею своих добровольцев. Ситуация на фронте резко изменилась. 1 ноября американцы впервые столкнулись с реактивными истребителями МиГ-15. Но бомбардировок целей на территории Китая не последовало. Америка не пошла на открытую войну с КНР, поскольку это повлекло бы вступление в войну Советского Союза, то есть, фактически, к началу Третьей Мировой войны.
Первой задачей, поставленной перед В-29 в новой обстановке, было разбомбить мосты через реку Ялуцзян, по которой проходила корейско-китайская граница. Операция продолжалась с 8 по 25 ноября. Были уничтожены южные пролеты (находившиеся на корейской территории) мостов в Чонсонджине, Хесанджине, Манподжине, Синыйджу и Уйджу. Мосты были разрушены на 65 %, потери американцев составили один В-29 сбитый и несколько сильно поврежденных. Но переброска войск из Китая в Корею продолжалась. Разрушенные пролеты ночью заменили понтонами. Вскоре наступили холода, на реке образовался толстый лед, по которому даже проложили железнодорожную колею.
В конце 1950 года армия северян снова перешла в наступление. Американские бомбардировщики В-29 использовались для тактических бомбардировок. В феврале 1951 года американцы снова предприняли ряд налетов на цели, расположенные далеко на севере. На этот раз бомбардировщиков встретили китайские реактивные истребители и мощная ПВО. Во время вылетов В-29 сопровождали реактивные истребители «Локхид F-8 °C Шутинг Стар» и «Рипаблик F-84E Тандерджет». 25 февраля четыре В-29, бомбившие Сунчхон были атакованы восемью МиГ-15. Через четыре дня, 29 февраля девять МиГов атаковали группу В-29 вскоре после того, как истребители сопровождения ушли к себе на базу. 12 апреля 48 В-29 из 19-й группы, а также 98-го и 307-го крыльев бомбили железнодорожный мост на ветке, ведущей в Ман-чжурию. Американцев атаковало более 70 МиГов. В результате три В-29 были сбиты, а 7 получили тяжелые повреждения. Американские бортстрелки заявили 9 подтвержденных и 6 вероятных побед, а также 6 повреждений истребителей противника. После этого боя В-29 перестали использовать для бомбардировки целей в далеком тылу противника, перенацелив их на выполнение тактических задач в районе 38-й параллели.
Для повышения точности ночных бомбардировок, бомбардировщики В-29 оснастили навигационным устройством ближнего действия «Шоран» (SHORAN — SHOrt RAnge Navigation). Первыми «Шораны» получили самолеты 98-го крыла, а затем 19-й группы и 307-го крыла. До ноября 1951 года, когда ночные налеты стали основным видом деятельности бомбардировочной авиации, уже все самолеты были оборудованы этой системой.