Бедная, бедная мама… Как измучилась она за годы войны в ежесекундном страхе потерять последнего сына… Говорят, будто бы на фронте год идет за два, но скольких же лет стоит год матери, ожидающей единственного сына с войны? И жалел Сергей Леонидович мать, а, тем не менее, рвался на передовую, не держась за штабные должности и не кланяясь пулям. Любовь к матери была сильна, но сильнее было чувство долга и чести, и им руководствовался Марков всю жизнь. А тогда, в церкви померещилась Сергею Леонидовича фигура матери, облачённая в чёрное платье с мокрым от слёз лицом… И позднее всплывал перед взором этот образ, и сжималось сердце… Вот она – война… Слёзы войны… Родная, не плачь, брат нашел славную долю, верь в то, что я вернусь, верь в Того, Кто сохранит тебе последнего сына…
В несчастную войну с Японией русские офицеры и солдаты творили чудеса, и, Господи Боже, победа была бы неизбежной, если бы не бездумное командование, обратившее победы в поражения! Пытливый ум Сергея Леонидовича искал объяснения постигшей русскую армию катастрофы. Анализируя завершившуюся войну в своей работе «Ещё раз о Сандепу», он рассуждал не только об ошибках, допущенных непосредственно в ходе кампании, но и шире – о состоянии русской армии в целом, и приходил к выводу: «Было бы ошибочно утверждать, что мы вышли на войну с отсталыми теоретическими взглядами, невеждами в военном деле. Все крики о полной непригодности наших уставов, проповедь новой тактики, новых боевых форм – все это лишь крайние мнения, с которыми нужно считаться, но считаться вдумчиво и осторожно. Конечно, характерные особенности войны в Маньчжурии заставили нас кое-чему переучиться, кое-что создать, но основное, главное давно твердилось в мирное время в военной литературе и с профессорских кафедр. Трагедия заключалась не в ложной отсталой теории, а в поверхностном знакомстве большинства строевых офицеров с основными требованиями уставов и в каком-то гипнозе старших начальников. Иногда получались свыше приказания, шедшие в разрез всей обстановке, всему – чему учили, во что верили, что требовал здравый смысл и положительные знания… …При современных огромных армиях и еще больших обозах, при всей неподвижности, неповоротливости столкнувшихся масс, кабинетные тонкости стратегии должны отойти в область предания. Главнокомандующему в будущих наступательных боях из всей массы предлагаемых ему планов надо уметь выбрать самый простой и иметь гражданское мужество довести его до конца. Пусть при выборе плана явится ошибка, и в жизнь толкнут сложную, запутанную идею – это только отдалит успех, увеличит потери, но не лишит победы. Страшны полумеры, полурешения, гибелен страх Главнокомандующего поставить на карту всю свою армию».
На этом Сергей Леонидович не остановился. Обладая широчайшими знаниями в военном деле, собственными взглядами, основанными на них, а к тому – ещё и даром речи, он с жаром взялся за преподавание, стремясь воспитать будущих офицеров, которым через некоторое количество лет, возможно, суждено будет командовать армиями, в духе Суворова и Скобелева, развить в них находчивость, необходимую решимость и широкий кругозор. Быстрота и натиск – вот, одно из главных слагаемых победы, а медлительность и неуверенность гибельны! Война полумер не терпит. Кроме преподавания писал Марков немалое количество учебных пособий по военной географии и истории. В качестве своего курса по последнему предмету Сергей Леонидович издал «Записки по истории Русской армии. 1856-1891», в которых дал анализ проводившихся в России в XIX веке военных реформ и уделил немало места русско-турецкой войне 1877-1878 годов, затрагивая попутно и политическую обстановку, а также причины, вызвавшие войну. Особое внимание он обращал на «самобытные национальные черты нашей армии и русского солдата, гибкие формы боевого порядка, развитие духа». А ещё раз за разом обращался Марков к фигуре своего кумира, «белого генерала» Скобелева, на которого стремился походить. О нём написал Сергей Леонидович памятный очерк по случаю открытия в Москве памятника герою и составил книгу «Приказы Скобелева в 1877-1878 гг.».