Далее Никита Сергеевич уже не сдерживал себя. «Как смеете вы, т. Байбаков, такие вещи говорить… Вы давно ходите с этими гнилыми настроениями. Я знаю, что вы питали Шепилова материалами, который приходил ко мне со схемами и пытался доказать, что перестройка управления нанесет вред, так как все заводы зависят друг от друга, — обрушился он на Байбакова, когда тот давал пояснения по поводу новой структуры республиканского Госплана. — Если исходить только из этого, то нужно нашу промышленность объединять с промышленностью капиталистических стран… Вы вылезли с гнилым нутром…» Чисто хозяйственный вопрос уже грозил перейти в идеологическую плоскость!
Масла в огонь подлил и председатель Госплана СССР Иосиф Иосифович Кузьмин, который заменил на этой должности Байбакова: «Как же вы, не считаясь с элементарными обязанностями и чувством долга перед партией, как вы можете вести параллельную деятельность… Правильно Никита Сергеевич сказал о том, что во время перестройки руководства промышленностью т. Байбаков не был согласен с этим делом. Я непосредственный участник этого и видел, как вся его деятельность была направлена на составление различных схем. Сколько, Никита Сергеевич, приносил Вам т. Байбаков схем — что ни утро, то новая схема: то сохранить сырьевое министерство, создать Наркомтяж, создать Госснаб; он говорил: вы провалите народное хозяйство. Но, как видите, ничего не провалилось…» (РГАНИ. Ф. 17. Оп. 165. Д. 150).
На всю жизнь запомнил Николай Константинович те минуты. Вот он сходит с трибуны, идет к своему месту, а сидящие в зале либо отводят глаза, либо смотрят на него как на приговоренного…
«Совещание в Кремле предопределило мою дальнейшую судьбу», — вспоминал Н. К. Байбаков. Примерно через месяц первым его заместителем бы назначен председатель ленинградского совнархоза В. Н. Новиков. Никто не поинтересовался, согласен ли он с этой кандидатурой. «Володя, тебя „подсадили“ под меня?» — однажды за чашкой чая поинтересовался Байбаков. «Да, Николай. Так мне сказали наверху».
А в мае 1958 года его вызвали к секретарю ЦК КПСС А. Б. Аристову и предложили занять должность председателя Куйбышевского совнархоза.
— Почему туда собираетесь меня направить? — поинтересовался Николай Константинович.
— Ведь ты нефтяник, а там большие перспективы в развитии нефтяной промышленности. Ты же принимал активное участие в создании «Второго Баку», — ответил Аристов.
— Нефть есть на Сахалине. Я готов поехать туда.
— Ну зачем же так далеко? — примирительно улыбнулся собеседник.
— Если есть право выбора, то я просил бы направить меня в Краснодарский край.
«Именно в этом крае я бывал очень часто в качестве и начальника Главного управления Наркомата топливной промышленности, и заместителя наркома, и министра, — объяснял Байбаков свой выбор. — Мне пришлось и уничтожать, и восстанавливать краснодарские нефтепромыслы». А еще в Краснодаре жила семья сестры Натальи. Если уж ехать в ссылку, то поближе к родным.